Особенно любил Иоанна и его добродетельную супругу преподобный Антоний Сийский, просиявший святостью жизни в тундре далекого Севера. Он приходил в Москву, беседовал с царем и пользовал его своими поучениями до кончины своей в 1556 году.

Знаменитый московский юродивый Василий Блаженный хаживал к царю, не стеснялся обличать его в рассеянности при молитве, умерял царский гнев ласковым: "Не кипятись, Иванушка…" Блаженный умер на руках у царя, предсказав ему, что наследует государство Российское не старший сын Иван, а младший – Феодор. При погребении святого царь сам с ближними боярами нес его гроб .

Отдельного упоминания стоит история взаимоотношений царя со святым митрополитом Филиппом, принявшим кафедру московских святителей в 1566 году. Царь сам выбрал Филиппа, бывшего тогда Соловецким игуменом. Иоанн знал подвижника с детства, когда он, малолетний царевич, полюбил играть с сыном боярина Степана Ивановича Колычева Федором, будущим митрополитом Московским.

В годы боярских усобиц род Колычевых пострадал за преданность князю Андрею (дяде царя Иоанна). Один из них был повешен, другой пытан и долго содержался в оковах. Горькая судьба родственников подтолкнула Федора на иноческий путь. Тайно, в одежде простолюдина он бежал из Москвы в Соловецкий монастырь, где принял постриг с именем Филиппа и прошел путь от послушника до настоятеля.

Филипп долго отказывался от сана митрополита, отговариваясь немощью и недостоинством. "Не могу принять на себя дело, превышающее силы мои, – говорил он. – Зачем малой ладье поручать тяжесть великую?" Царь все же настоял на своем, и Филипп стал митрополитом. В первое время после его поставления все шло хорошо. Единодушие "священной сугубицы" – царя и митрополита – лишало боярские интриги возможности маневра, достигавшегося в их "лучшие времена" противопоставлением двух центров власти – светского и церковного.

Эту возможность они потеряли во многом благодаря предусмотрительности Грозного и самого митрополита, при поставлении "давшего слово архиепископам и епископам" и царю (как говорится об этом в нарочно составленной грамоте), "в опричнину и царский домовой обиход не вступаться и, по поставлении, из-за опричнины и царского домового обихода митрополии не оставлять". Такой грамотой сама фигура митрополита как бы выносилась за скобки всех дворцовых интриг и, более того, лишала возможности бояр даже требовать его удаления "на покой" под благовидным предлогом "неотмирности" святителя.