На эскадре Бутакова учились не только атакам минными шлюпками, но и отрабатывалась стрельба по щиту с помощью прибора, разработанного изобретателем Алексеем Павловичем Давыдовым. В январе 1877 года Лесовский сообщил Григорию Ивановичу, что на основании выводов комиссии, которой руководил Бутаков, по испытаниям аппарата «для автоматической стрельбы отставного поручика Давыдова и журнала артиллерийского отделения Морского технического комитета решено вводить их постепенно на суда». В первую очередь прибор Давыдова решили установить на корабле «Пётр Великий» и на четырёх броненосных башенных фрегатах. Для определения суммы вознаграждения изобретателю и для разработки мер по сохранению в тайне его изобретения создали особую комиссию. Её председателем Лесовский назначил адмирала Ивана Ивановича фон Шанца, а членами — Бутакова, Попова и ряд других представителей морского и военного ведомств. Зимой броненосная эскадра не плавала, и Григорию Ивановичу приходилось участвовать во всевозможных комиссиях и совещаниях. Война была не за горами, и деятельность Морского министерства становилась всё более напряжённой. Предложения изобретателей сыпались, как из рога изобилия. Были среди них полезные, такие как упоминавшийся прибор для автоматической стрельбы, но встречались и довольно необычные. Например, «усовершенствованная судовая машина для подводно-надводного плавания инженер-механика Тверского». Однако жизнь этим не ограничивалась.
В архивных делах того периода сохранилась записка Лесовского о том, что у него в субботу будут танцы. Степан Степанович приглашал Бутаковых, не забыв предупредить, что дамы могут быть в вольных платьях, а вот кавалеры — только в форме с чёрными ботинками и в погонах, а не эполетах. 22 февраля 1877 года великий князь Константин собрал весь цвет российского флота на заседание морского технического комитета в своей резиденции в Мраморном дворце. Перед собравшимися адмиралами он поставил задачу решить, наконец, какие корабли и с какими техническими характеристиками строить на Балтике и Чёрном море в условиях ограниченности бюджетных средств, выделяемых для флота Совещание продолжилось 24-го в помещении морского музея.
В то время весь российский броненосный флот состоял из броненосца «Пётр Великий», броненосных крейсеров «Генерал-Адмирал» и «Герцог Эдинбургский», а также круглых броненосцев береговой обороны «Новгород» и «Вице-адмирал Попов». Андрей Александрович Попов предложил построить ещё один круглый броненосец для Черноморского флота. Его поддержал генерал-адмирал. Когда дошла очередь до Бутакова высказать своё мнение, тот заявил, что если круглое судно будет иметь ход 11 узлов и сможет ходить до Константинополя, тогда у него нет возражений против его строительства. Великий князь заметил, что и 6 узлов удовлетворят требуемой цели, а всё, что будет выше, — прямой выигрыш. Бутаков возразил нужно не круглый броненосец строить, а создавать мощный крейсерский флот, для чего построить на Балтике 16 быстроходных броненосных крейсеров типа английского «Нельсона», а на Чёрном море — два броненосных крейсера типа английского «Агамемнона». Мысль дельная, кто бы возражал, но совершенно невыполнимая в тех обстоятельствах, далёкая от тогдашних реалий российской жизни, от состояния судостроительной промышленности и выделяемых для флота бюджетных средств.
Но Бутакова понесло ещё дальше: в резкой форме он обвинил своего старого севастопольского товарища, Андрея Александровича Попова, в том, что тот при всех своих выдающихся заслугах кораблестроителя тормозит прогресс в кораблестроении. Более того, он подал в морской технический комитет записку с изложением своих взглядов на строительство броненосного флота. В ней Бутаков выдвинул серьёзные обвинения Попову: «Все корабельные инженеры отодвинуты в своей специальности на далёкий задний план, и только юноши, которые слепо подчинялись его требовательности, выдвинуты на первый план. Так что, если подобный порядок вещей продолжится, то у нас останутся только слепые исполнители в вопросе науки кораблестроения, вместо самостоятельных мыслителей науки этой. Блестящие проекты, пропагандируемые безустанно, можно сказать, на всех перекрёстках, и боящиеся света свободной технической критики науки, прикрываясь высоким именем августейшего генерал-адмирала, не суть то, что нужно государству, морские силы которого далеко ниже других».
Это была уже беспрецедентная критика не только Попова, но и генерал-адмирала. Резкостью своего выступления Григорий Иванович не приобрёл сторонников, зато нажил влиятельных врагов. Какая муха его укусила, непонятно. Общее состояние броненосного флота России, обрисованное им в своём выступлении, было незавидным, это все и без него знали, начиная с генерал-адмирала. Ничего нового он не открыл. Вопрос стоял о том, как выкрутиться из создавшегося положения при ничтожных средствах. Бутаков говорил всё правильно, но он ломился в открытые ворота, от него ждали совсем другого. С этого драматического выступления карьера Григория Ивановича бесповоротно покатилась вниз. Грешным делом, я думаю, что его хорошо «подогрела» Амалия Арсеньевна, люто ненавидевшая Попова, — за что, так и осталось неизвестным.
Видимо решив, что терять больше нечего, в марте Бутаков на очередном совещании в Морском министерстве вновь выступил с резким заявлением, которое вызвало бурю возражений. На этот раз он подверг жёсткой критике состояние обороны северных заграждений Кронштадта, утверждая, что противник может направить в Финский залив до 200 паровых баркасов и катеров, которые прорвут оборону Кронштадта. Никого адмирал особенно не убедил в этих страстях-мордастях, но на всякий случай решили оборону усилить. Когда начались боевые действия на Чёрном море, Константин объявил, что принимает на себя командование Балтийским флотом Это был удобный вариант смещения Бутакова с должности. Его назначили начальником отряда броненосной эскадры, состоявшего из двух броненосных батарей, шести мониторов и трёх винтовых деревянных канонерских лодок. Начальником штаба ему прислали старого коллегу по службе морским агентом Александра Егоровича Кроуна.
Отряд базировался в Свеаборге. Что означало такое перемещение по службе, Григорий Иванович и Амалия Арсеньевна уяснили очень быстро — семейный бюджет сократился на десять тысяч рублей. Старый друг Лесовский, как мог, старался смягчить удар, по крайней мере, с моральной стороны. Он просил Константина поручить Бутакову стать помощником управляющего Морским министерством «для разработки коренных вопросов техники», возложить на него оборону портов. Всё бесполезно. Великий князь ничего даже слушать не хотел. В мае Константин вызвал Григория Ивановича только лишь для того, чтобы обсудить с ним вопросы «сочетания плавания наших эскадр с делом минного заграждения наших портов». Генерал-адмирал поручил Бутакову разработать план обороны Кронштадта минными заграждениями, прикрываемыми артиллерией мониторов. Григорию Ивановичу ясно дали понять, что отныне он будет выполнять только отдельные поручения и больше не будет иметь той самостоятельности, какую ощущал в должности начальника броненосной эскадры.
Оскорблённый Бутаков написал рапорт на имя Лесовского с просьбой передать командование мониторами младшему флагману, указав в качестве причины: «здоровье моё было значительно потрясено в текущую зиму». Позже, трезво поразмыслив, он забрал назад этот рапорт. Отныне он получал все указания не лично от генерал-адмирала или управляющего Морским министерством Лесовского, а из инспекторского департамента. В июне Григорию Ивановичу предписали создать команды для минирования балтийских портов. Уже не с вице-адмиралом согласовывали вопросы, а его обязывали действовать «по соглашению с заведующим минной частью флота контр-адмиралом Пилкиным», который был к тому же младше его по званию.
Под руководством генерала Эдуарда Ивановича Тотлебена Бутаков участвовал в разработке плана по усилению обороны Финляндии в случае войны с Англией. На Чёрное море Григория Ивановича не пустили, туда поехали воевать его ученики. Он внимательно следил за всеми перипетиями военных действий на море, подавая время от времени рапорты управляющему Морским министерством Лесовскому со своими замечаниями и предложениями.