Недолгое пребывание в Петербурге после возвращения из Швеции оказалось счастливым Он познакомился с дочерью генерала Николая Александровича Безобразова, Ольгой. Любовь не обходит стороной никого. Свадьба состоялась не в самое удачное время, осенью началась Крымская война Но если выбирать для свадьбы время, да ещё и с учётом внешнеполитических обстоятельств, можно вообще никогда не жениться. К месту службы Алексея Ивановича молодые поехали вместе, ну а там вскоре пришлось расстаться. Бутакову предстояло принять участие в боевых действиях. Пока внимание великих держав было приковано к европейской части, где шла ожесточённая война, завершившаяся потом жестоким поражением России, на Дальнем Востоке бескровно, а в Средней Азии «малой кровью», как говаривал красный маршал Клим Ворошилов, русские войска заняли огромные территории Об этом забывают, когда говорят о поражении России в Крымской войне и скорбят о потерянных территориях в европейской части. Все эти потери — просто копейки по сравнению со сделанными без особого шума новыми приобретениями. В 1853 году Обручева сменил генерал Василий Алексеевич Перовский, который лично возглавил новый поход, на этот раз более удачный. У кокандцев захватили крепость Ак-Мечеть, переименовав её в форт Перовский (генерал особой скромностью не страдал). В результате последующих боёв захватили территорию вдоль нижнего течения Сырдарьи, где возвели несколько укреплений. Успех этих действий подкреплялся огнём и высадкой десанта с парохода, которым командовал Алексей Иванович Бутаков. За боевое отличие его наградили орденом Св. Анны 2-й степени.

Братья Алексея Ивановича, Григорий, Дмитрий и Владимир, воевали в Крыму. Брата Ивана носило ветрами по морям и океанам в экспедиции вице-адмирала Путятина Алексею довелось завоёвывать чужую землю, а не защищать свою. В 1854 году Бутаков командовал отрядом из 300 казаков и 50 башкир, доставляя из Оренбурга в Аральское укрепление обоз с семью разобранными железными гребными судами и прочим военным имуществом. Затем на него навалились обязанности по организации верфи, созданию порта — словом, можно загибать много пальцев, чтобы перечислить, чем он занимался в абсолютно необжитой местности и в условиях постоянной угрозы нападения. Письма он получал нерегулярно и редко. В 1855 году пришло горькое известие о смерти в симферопольском госпитале брата Дмитрия, смертельно раненного на бастионе

В 1856 году Бутаков возобновил исследования, на сей раз Сырдарьи, от устья до урочища Кум-Сухта.

Армейское командование планировало продвижение вдоль реки, где никак было не обойтись без моряков. Но кому неизвестно: не зная брода, не суйся в воду. Предварительно следовало изучить условия плавания по реке. 30 августа Алексею Ивановичу присвоили звание капитана 2-го ранга. Младший брат Григорий к тому времени стал контр-адмиралом Теперь у него, а не у Алексея была приставка к фамилии — Бутаков-1-й. Иван имел приставку 3-й. Стал контр-адмиралом и Геннадий Иванович Невельской. А вот у Алексея Ивановича продвижение в званиях двигалось черепашьими темпами. Одно дело быть на виду у начальства, а другое — совершать подвиги там, где тебя не видят. Правда, иногда бывают и такие начальники, что лучше от них быть подальше. Например, вице-адмирал Павел Иванович Сушёв славился своей строгостью. В бытность начальником 1-й флотской дивизии на вопрос командира брига «Казарский» Николая Потулова, почему он не получил положенной награды, вице-адмирал рявкнул: «Пока я жив, Вы не получите ничего!» На что Потулов, которому уже нечего было терять, ответил: «Не извольте беспокоиться, ваше превосходительство, я подожду». Смысл сказанного дошёл до Сушёва только после того, как нахальный капитан-лейтенант покинул адмиральскую каюту.

Закончилась Крымская война. В Морском министерстве все были заняты послевоенными реформами, и, кроме того, ломали головы, куда пристроить офицеров Черноморского флота, покоившегося на дне Севастопольской бухты. О Бутакове в такой обстановке даже и не вспоминали. Встречи с женой были редкими. Ольга Николаевна подолгу жила в Оренбурге, а когда становилось ясно, что муж опять застрял в Аральском море или на реках на неопределённый срок, уезжала домой в Петербург. Она оказалась талантливой художницей, училась живописи у хороших мастеров.

В Оренбурге Ольга Николаевна открыла для себя красоту степных пейзажей и написала много картин и офортов со степной тематикой. Дочь военного и жена моряка не боялась житейских трудностей, много ездила по степным укреплениям, жила с мужем на Арале, в форте №1. Для европейской женщины в то время такие поездки по пустыням требовали немало храбрости и выдержки. К тому же, помимо постоянной опасности нападения разбойников, была и масса естественных неудобств, которые испытывала молодая женщина, находившаяся в степи в окружении мужчин. Поэт Алексей Плещеев, отправленный, подобно Тарасу Шевченко, осваивать оренбургские степи за участие в кружке петрашевцев, писал о ней: «Говорят, замечательная женщина. Путешествовала, занималась разными предметами, вызывающими на размышления, акварельные портреты пишет…»

К сожалению, приходится довольствоваться вот такими крохами сведений о жене Бутакова, творческая жизнь которой заслуживает своего отдельного исследования. Пока жена рисовала пейзажи, муж воевал и исследовал дикую местность, население которой жило ещё в Средневековье. Оба, и муж, и жена, спали и видели, чтобы вырваться из этих пустынных просторов. Отец Алексея Ивановича давно был не у дел, на пенсии, связей у него не осталось, помочь не мог. Оставалась надежда только на брата, занявшего после войны высокий пост.

Нужно отдать должное Григорию: он предпринял всё от него зависящее, чтобы вырвать брата из песков Средней Азии. Может, вспомнил, что не без его рокового совета тот оказался в песках, но всё было непросто — разные министерства. Вот отрывок из письма Алексея, отправленного 30 ноября 1856 года, в котором тот с отчаянием пишет: «…Грицко, вот и декабрь на дворе, а мы всё здесь…» В 1857 году во главе отряда из 300 казаков Алексей Иванович Бутаков подавил вооружённое восстание населения в урочище Арыкбалык на реке Сырдарье. Может быть, это и бросает тень на светлый облик героя, но что было, то было. В то же время сохранились свидетельства о его дружеских отношениях со многими местными жителями. После этой военной операции ему 6 июня присвоили за отличие звание капитана 1-го ранга и наконец-то вызвали в Петербург. Но радоваться оказалось преждевременно.

А случилось вот что: 16 октября того же года царь согласился с предложением государственного канцлера Александра Михайловича Горчакова отправить посольство в Хиву и Бухару для проведения глубокой разведки, противодействия дипломатическими путями проникновению в Среднюю Азию англичан и с целью усиления влияния России. В январе 1858 года Особый комитет, созданный для рассмотрения этих вопросов, также высказался за отправку посольства, но, кроме того, предложил максимально использовать плавание по Амударье, чтобы проникнуть как можно дальше в глубь территории Средней Азии. Для этого и понадобился Бутаков. Во главе посольства назначили молодого, но уже опытного талантливого разведчика графа Николая Павловича Игнатьева. Полковник Игнатьев служил до своего нового назначения военным агентом, как тогда называли военных атташе в Лондоне, и был хорошо знаком с политикой англичан в Средней Азии. Поводом для дипломатической миссии послужил визит вежливости в ответ на поздравление Александра II делегациями из Хивы и Бухары в связи с коронацией.

Совместно с Игнатьевым Бутаков участвовал в разработке плана и в снаряжении посольства Ему присвоили пышный титул начальника Аральской флотилии. Правда, такое название должности обещало и повышение оклада жалованья. Обговорив с начальством все вопросы, Алексей Иванович вместе с женой в марте возвращался в Оренбург. И, надо же такому случиться, вот уж поистине мир тесен: на почтовой станции во Владимире они встретили Тараса Григорьевича, который уже давно простился с оренбургскими степями. Прошло восемь лет со времени их последней встречи, а кто старое помянет, тому глаз вон! В письмах друзьям Шевченко вспоминал о Бутакове тепло: «Это мой друг, товарищ и командир…» Да и что иного он мог сказать о человеке, который так хорошо к нему отнёсся? Неизвестно, испытывал ли к нему такие же тёплые чувства Алексей Иванович, но всё дурное со временем забывается, а помнится только хорошее. Их связывали общие воспоминания об экспедиции, где обоим пришлось пережить всякое. Беседовали они долго. Бутаков рассказал, что едет с женой в Оренбург, а затем он уже один отправится на Сырдарью. Ольга Николаевна была наслышана о Шевченко и от мрка, и от знакомых в Оренбурге и Петербурге, видела его работы. Сама талантливая художница, она по достоинству оценила картины, написанные Тарасом Григорьевичем.