Первые кадры были отсняты 2 января 1969 года. Они запечатлели Мала Эванса, несущего усилители и устанавливающего аппаратуру, и Пола Маккартни в плаще с поднятым воротником, пробующего рояль на сцене. Это была очаровательная атмосфера предконцертной суеты, и музыканты полностью окунулись в нее, забыв о распрях, неприятностях и ссорах. Пол был счастлив. Он руководил практически всей работой, давал советы, указания. И хотя он уже не был очаровательным юношей с пухлыми щечками и копной пышных волос, ниспадающих на лоб (теперь волосы были зачесаны назад и лицо обрамляла борода), энергия его была такой же, как десять лет назад. Воодушевился и Джон. Вместе с Полом они спели массу песен из своего прежнего репертуара, даже «The Saints», которая была коронным номером «Куорримен». А когда Харрисон стал играть свою новую песню «I, Me, Mine» («Я, мне, мое»), Джон с Йоко, путаясь в проводах от софитов и усилителей, станцевали вальс. «Битлз» опять были вместе.
Однако праздник продолжался недолго. Произошла бурная сцена между Полом и Джорджем, который взбунтовался против указаний Маккартни. Заявив, что «с него хватит», он покинул студию. Это случилось 10 января. Сразу начались и другие распри: Йоко стало холодно на съемочной площадке, Джону не понравилось, что Пол ввел фальцетный контрапункт в его песню «Across The Universe», Ринго был недоволен тем, что ему приходилось часами высиживать, ничего не делая и наблюдая, как остальные «дерутся».
Возобновились съемки только через месяц в студии «Эппл». Пол дал слово Джорджу, что больше не будет учить его играть на гитаре. Но напряженность в отношениях не исчезла. Кроме того, рядом с Джоном все время была Йоко, которая постоянно хотела быть «в кадре», а Пол стал приводить на съемки и записи песен дочь Линды.
Тем не менее работа продолжалась, и все четверо знали, что они доведут ее до конца. Таков был закон «Битлз» — ничего не бросать на полпути. Для записи песен опять был приглашен Джордж Мартин. Битлзы на этот раз просили его не делать никаких технических трюков и показать оригинальное звучание ансамбля, как в первых двух альбомах. Они заявили, что хотят быть «честными».
Всего в январе 1969 года они записали с Мартином 100 песен, в том числе и восемь новых, причем одна из них, «Get Back», была сочинена прямо в студии, как в былые времена. Инструментальное сопровождение песен тоже хотели сделать традиционным: три гитары и ударные, поэтому сначала запись шла только в этом сопровождении.
Поскольку в фильме планировалось «живое» выступление ансамбля «Битлз», то решили произвести съемку на крыше «Эппл». Жители соседних домов и служащие учреждений высыпали на крыши домов и аплодировали музыкантам. А они давали самый последний концерт в истории группы. Пели они так же весело, непосредственно и увлеченно, как когда-то в былые годы. Всего им удалось исполнить в тот день, 30 января 1969 года, пять песен. Потом явились полицейские и запретили продолжать это незапланированное выступление.
Выпуск альбома намечался на август 1969 года, но сроки были перенесены, поскольку нужно было сначала показать фильм.
От музыкальной деятельности битлзов отвлекали другие, далеко не музыкальные проблемы. 12 марта 1969 года поженились Пол Маккартни и Линда Истман, о чем сообщила газета «Таймс». После этого по телевидению в течение недели показывали рыдающих поклонниц Пола.
В марте 1969 года Йоко получила развод от Тони Кокса, и они с Джоном отправились на Гибралтар, где 20 марта сочетались браком.
1969 год принес и неприятности. 13 марта в дом Джорджа Харрисона нагрянула полиция с обыском и обнаружила большое количество марихуаны. Джордж и Патти были привезены в полицейский участок и должны были уплатить штраф 250 фунтов стерлингов. До этого дважды находили наркотики в квартире на площади Монтегю, где жили Джон и Йоко. Оба раза они отделывались штрафом. Владельцы компаний, связанных с «Битлз», почувствовав кризис в делах группы, стали искать выгодные способы покинуть обреченный корабль. Клайв Эпштейн решил продать NEMS, Дик Джеймс задумал продать свою долю в издательской компании «Северные песни».
Положение в «Эппл» совсем ухудшилось без квалифицированного управления и элементарной дисциплины. Отделения компании не давали прибылей, финансы продолжали пребывать в запутанном состоянии, имущество разворовывалось сотрудниками. «Эппл» теряла в неделю 20 тысяч фунтов, фирме грозило банкротство. Рассчитывать на «Эппл-филмз» не приходилось — за все время она выпустила только «Yellow Submarine». «Эппл электроникс» вообще работала вхолостую, фонд помощи и поддержки молодых дарований не мог найти прибыльных групп или солистов.
В конце 1968 года Маккартни отправился в США знакомиться с родственниками Линды и пожаловался им на плохие дела в «Эппл». Через несколько месяцев в Англию приехал брат Линды Джон Истман (По иронии судьбы настоящая фамилия Истманов была Эпштейн. Отношения к компании «Истман и Кодак» семья Линды не имела, хотя Линда утверждала обратное), который стал официальным советчиком у битлзов, подписав с ними соответствующий контракт. И тут началась история совсем не музыкальная, а скорее экономическая или психологическая. Джону и Йоко не понравилось, что делами стал ведать родственник Маккартни, и они пригласили на должность менеджера Аллана Клейна. Харрисон и Ринго не возражали, но Пол выступил категорически против и не признал официального назначения Клейна. Джон же знал Клейна как делового человека, успешно ведущего дела группы «Роллинг стоунз».
Аллан Клейн, бухгалтер по образованию, уже достаточно давно подвизался в американском шоу-бизнесе. Он славился тем, что обеспечивал исполнителям большие авансы в счет будущих гонораров от записей на пластинки. Иногда пластинка вообще не выходила, но по договору, который Клейн заключал между фирмой и исполнителем, артист мог получить аванс. Конечно, такие махинации никогда бы не пришли в голову Брайану Эпштейну, хотя юридически к ним нельзя было придраться.
Клейн сразу взял все бразды правления в свои руки. Он уволил треть сотрудников фирмы, в том числе и ближайших друзей битлзов, затеял судебную тяжбу с EMI, стремясь увеличить гонорары четверки от записей пластинок, пересмотрел и изменил контракт с NEMS, пообещал Леннону спасти компанию от банкротства. По составленному Клейном соглашению никто из битлзов не имел права на самостоятельные действия без согласия остальных музыкантов и руководства «Эппл».
Джон, успокоившись, совсем отошел от дел «Битлз». После свадьбы на Гибралтаре он и Йоко отправились в Париж, затем в Амстердам, где провели свой первый «хэппенинг», или розыгрыш, в отеле «Хилтон». Йоко назвала это мероприятие «Bed-In» («В постели»). Оба сидели в постели в пижамах и давали интервью крупнейшим газетным и телевизионным компаниям. Это была своеобразная демонстрация за мир и против всякого насилия, продолжавшаяся семь дней. Тогда же они сняли короткометражный фильм «Rape» («Насилие»), премьера которого состоялась 31 марта 1969 года по австрийскому телевидению. Перед премьерой Джон и Йоко провели в Вене свой второй «хэппенинг» — пресс-конференцию, сидя в белом мешке. Это мероприятие они назвали «Багизм за мир» (От английского bag — мешок).
Во время путешествия был записан «The Wedding Album» («Свадебный альбом»), в котором отражались события последних месяцев их совместной жизни: поездка на Гибралтар, в Париж и в Вену. Альбом единодушно был признан весьма неудачным.
30 мая 1969 года увидел свет новый сингл с песней «The Ballad Of John And Yoko» («Баллада о Джоне и Йоко»), сразу ставшей очень популярной. На пластинке, как всегда, значились два автора — Леннон и Маккартни, хотя сочинил песню один Джон. Пол участвовал лишь в ее записи, исполнив партии ведущего гитариста и ударника вместо отсутствующих Ринго и Джорджа. В день записи «Баллады» Джон Уинстон Леннон торжественно превратился в Джона Оно Леннона, а Йоко стала Йоко Оно Леннон. Джон говорил, что девять букв «о» в одной семье — это к счастью. В песне же поражали пророческие слова рефрена: «Христос, ты знаешь, как это тяжело, ты знаешь, как это нелегко. Такова жизнь. Они собираются меня распять».