Заговорщики стали покидать Лондон еще до получения известия об аресте Фокса. Но весть о неудаче заговора в столице лишила мужества их сообщников в провинции, и они не решились начать подготовленный мятеж. Кетсби и Перси решили бежать в Уэлс, рассчитывая найти поддержку среди довольно многочисленных там католиков. По дороге в графство Страфордшир они сделали короткий привал в доме одного из заговорщиков. Кетсби и его спутники попытались просушить порох, который подмочили, переплывая реку. Искра упала на блюдо, на котором был разложен порох. Раздался взрыв, часть заговорщиков, не получившая серьезных ранений, бежала. Остальные были окружены в доме отрядом, спешно собранным шерифом графства. Кетсби и Перси были смертельно ранены, несколько человек убиты. Бежавших заговорщиков постепенно изловили и бросили в тюрьмы, где их ожидали допросы под пыткой и эшафоты, сооруженные в разных городах для устрашения недовольных. Но материалы дознания не только не прояснили, а скорее запутали историю заговора, неясно только, насколько сознательно это было проделано. Одновременно в средней Англии была раскрыта тайная штаб-квартира «Общества Иисуса», перенесенная сюда во время подготовки заговора из Лондона, и арестован глава английской «провинции» ордена Генри Гарнет. Он и его ближайшие помощники кончили свою жизнь на виселице.

Как уже отмечалось, фактически пороховой заговор состоял из двух частей. Одна из них подготовлялась в Лондоне, другая в графствах, где предполагалось поднять восстание католического джентри (дворянства). О подготовке этого восстания Сесил был подробно осведомлен своими шпионами, тому имеется немало документальных свидетельств. Другой вопрос: когда и в каком объеме он получил информацию о действиях лондонских заговорщиков? Сведение о планах взрыва в палате лордов получил французский посол граф де Бомонд. Он спешно отправился в Париж и предупредил об этом короля Генриха IV, а тот передал через английского посла во Франции сэра Томаса Парри эти сведения в Лондон. Но откуда получил свою информацию де Бомонд — от заговорщиков или осведомленных об их действиях служащих правительственных канцелярий — остается неизвестным.

Официальная версия истории порохового заговора, которая была изложена в самых общих чертах выше, уже при своем появлении должна была противостоять возникшей одновременно с нею католической версии, которая была значительно более развитой и обоснованной, чем аналогичные версии других противоправительственных конспираций времен правления Елизаветы и Якова. Уже 25 ноября 1605 г. английский посол в Брюсселе при испанском вице-короле Томас Эдмондс доносил главному министру, что «ему стыдно сообщать графу Солсбери ежедневно изобретаемые здешним двором небылицы, дабы спасти католиков от злословия». А 5 декабря того же года в письме за границу другой современник прямо указывал на то, что Сесил «сумел сплести сеть, чтобы запутать тех бедных джентльменов». Слухи об этом получили столь большое распространение, что Сесил счел целесообразным даже написать памфлет, озаглавленный «Ответ на некоторые клеветнические писания, распространяемые за границей под предлогом предостережения католиков». Вместе с тем, в памфлете указывалось, что министр не выполнил бы своего долга «часового, защищающего жизнь короля и безопасность государства», если бы не противопоставлял «контрмины минам измены». Известно, что это министерское сочинение уже широко читали еще до февраля 1606 г. На процессе главы английских иезуитов Гарнета генеральный прокурор Кок говорил о том, что инкриминируемое обвиняемому одобрение убийств лживо изображают за границей «как вымысел и как политику нашего государства с целью вызвать презрение и навлечь немилость на папистскую религию». В Риме по указанию папы был позднее, в 1608 г., опубликован специальный меморандум, в котором отмечалось, что заговор был составлен группой мирян; что они не получали совета ни от одного католического священника; что заговор был спровоцирован властями, или они, по меньшей мере, способствовали его организации и позаботились, чтобы главные свидетели исчезли до того, как были выдвинуты обвинения против иезуитов.

Подозрения против Роберта Сесила упорно сохранялись на протяжении всего XVII века, когда они имели большое политическое значение. Так, епископ Годфри Гудмен, которому в момент раскрытия порохового заговора было около 20 лет, писал в своих «Мемуарах», что «великий государственный деятель вначале изобретал, а потом раскрывал измену, и чем более она была гнусной и ненавистной, тем более важными и более приемлемыми представлялись его услуги». Среди родных погибших заговорщиков существовало убеждение, что Кетсби, Фокс и их сообщники пали жертвами «государственной интриги». В 1615 г., через три года после смерти Сесила, был раскрыт изменнический умысел родственников участников порохового заговора, стремившихся отомстить за невинно, по их мнению, осужденных мучеников. В 1658 г. епископ Талбот писал, что Сесил «выдумал или, по крайней мере, раздувал пороховой заговор». Такие же обвинения раздавались нередко во время Реставрации Стюартов, особенно в связи с раскрытием так называемого «папистского заговора» в конце 70-х — начале 80-х годов XVII века. Подозрения о провоцировании Сесилем порохового заговора поддерживались не столько какими-то вновь открывшимися обстоятельствами, а тем, что они были в интересах католической партии. Позднее среди сторонников католической версии выделились историки, которые были склонны считать, что не Сесил спровоцировал заговор, а он являлся вымышленным от начала до конца.

Католическая версия стала обрастать подробностями по мере продвижения в исследовании порохового заговора. Особенное усердие здесь проявляли историки из «Общества Иисуса», влияние которых в рамках исторической науки заметно усиливалось, начиная с последних десятилетий XIX века. В конце этого столетия отец Джерард (однофамилец помощника Гарнета) выпустил книгу, в которой подверг обстоятельной критике все еще преобладавшую протестантскую версию. Он обратил внимание на явные неувязки в этой версии, как например, непонятное бездействие властей после «расшифровки» письма Монтиглу, их неспособность обнаружить далеко продвинутый подкоп. Не объясняется ли эта несообразность тем, что подкопа вовсе не было? Если бы подкоп производился на деле, возникла бы необходимость выносить из дома большое количество земли и разбрасывать ее в прилегающем крохотном садике, не возбуждая ничьего любопытства в таком многолюдном месте, как площадь перед парламентом. А где заговорщики добыли нужное им большое количество пороха, который с 1601 г. был государственной монополией? Судьба пороха, якобы изъятого у заговорщиков, никак не отражена в официальных бумагах. Кроме того, как выяснили последующие исследования, когда в связи с финансовой ревизией возникла необходимость проверить расход пороха, это было разрешено сделать только за период с 1578 г. по 1604 г., то есть как раз до 1605 г. — года раскрытия порохового заговора. Впоследствии данные о расходе пороха за этот год вообще затерялись. Эта аргументация выглядит весьма убедительной. Тем не менее она не является бесспорной. Государственная монополия стала неуклонно осуществляться только позднее. Во время порохового заговора солдаты не получали пороха и были обязаны покупать его у своих офицеров. Незадолго до раскрытия заговора комендант Тауэра сообщал о наличии большого запаса пороха у одного лондонского купца.

На книгу Джерарда последовал ответ в специальной работе о пороховом заговоре одного из наиболее авторитетных историков Англии, С. Гардинера. Он, в частности, высказывал предположение, что землю заговорщики могли незаметно сбрасывать в протекавшую поблизости Темзу. Гардинер опроверг утверждение, что протоколы допросов Фокса и его сообщников доказывают осведомленность властей обо всех деталях заговора, показания о которых они стремились пыткой вырвать у арестованных. Напротив, эти протоколы, по мнению Гардинера, свидетельствуют, что, преодолевая упорное запирательство Фокса, власти постепенно расширяли свои прежде скудные знания о действиях заговорщиков. Появление книги Гардинера положило тогда конец стараниям его противников утвердить в качестве господствующей католическую версию порохового заговора. Но ее поборники время от времени возобновляли попытки ее обоснования, широко прибегая при этом к аналогиям из современности. Так, заговорщиков уподобляли российским эсерам, сторонникам индивидуального террора. В книге Д. Кэрсуэла «Процесс Гая Фокса» пороховой заговор сравнивался с недавним тогда поджогом нацистами немецкого рейхстага, вину за который они пытались возложить на анархистов и коммунистов и использовать это преступление для запрещения всех, кроме гитлеровской, политических партий и установления в Германии тоталитарной фашистской диктатуры.