Атону в образе человека с головой сокола (так изображали Ра-Хорахти) стали поклоняться еще при фараоне Аменхотепе III (1403–1365 гг. до н. э.), стремившемся ослабить могущественное фиванское жречество. При его сыне Аменхотепе IV (1365–1348 гг. до н. э.) конфликт столичных жрецов и царя достиг апогея: правитель дистанцировался от верховного фиванского бога, подчеркнув свою связь с солнечным Ра в противовес Амону прекратил строительство храмов Амона и начал возведение храма Атона в Карнаке — храмовом комплексе Фив.

Постепенно Атон вытеснил всех богов, став единственным божеством Египта. На шестом году правления правитель оставил враждебные Фивы, город Амона, запретил его культ по всей стране и перенес столицу в только что построенный Ахетатон (Горизонт Атона) на восточном берегу Нила (ныне Тель-Амарна). Фараон сменил имя на Эхнатон, что значит «угодный Атону», объявил себя его сыном и «единственным, познавшим истинного бога». Позднее под запрет попали культы всех прочих богов, все их храмы были закрыты.

Полное имя истинного бога звучало как «Ра-Хорахти, ликующий на небосклоне, в имени своем как Шу, который [есть] Атон». Этот культ позволил фараону утвердить новую концепцию божественности царя, когда вся жизнь Вселенной зависела от взаимоотношений отца-солнца и сына-правителя (фараон порожден солнечным диском и уходит в него же). Больше не было нужды в многочисленных жрецах, присвоивших себе монопольное право общаться с богами. Атон был творцом всего, создателем, дарителем жизни и благодетелем. Загробное существование больше не связывалось с Осирисом. Считалось, что душа (Ба) умершего проводит день среди живых, а ночью удаляется на покой.

Храмы Атона строились без крыш, чтобы видеть и почитать бога без всяких преград. В храмовых дворах, открытых солнцу, стояли длинные ряды жертвенников, где ему оставляли дары.

Антропоморфного облика у Атона не было — его всегда изображали в виде солнечного диска с длинными лучами, заканчивавшимися кистями рук. Их прикосновения несли живительный свет, тепло и добро.

Атонизм (солярный монотеизм) просуществовал всего 17 лет. После смерти Эхнатона Атон был забыт, все его храмы разрушены, Ахетатон заброшен, а при фараоне Хоремхебе сознательно уничтожен. Фивы сразу же вернули себе статус столицы, жрецы Амона вновь обрели власть.

Живое воплощение мемфисского Птаха, Апис предстает в облике священного быка. Ему поклонялись на протяжении всей истории Древнего Египта.

Культ Аписа фиксируется на самом раннем этапе египетской истории. Первоначально он был богом плодородия, ответственным за богатый урожай зерновых и большие стада. Его воплощение в быке неслучайно: это животное ассоциировалось с плодородием, а также символизировало фараона, его храброе сердце, физическую мощь, мужскую силу и ярость воина. Связанный с плодородием, Апис также являлся символом сексуальной энергии. Диодор Сицилийский писал, что женщины, увидев его, имели обыкновение задирать юбки. В контексте загробной жизни Апис почитался как защитник умерших.

Древние египтяне верили, что священный бык Апис был рожден от коровы, оплодотворенной богом Птахом (бог сошел с небес в виде молнии или луча). Корова, породившая его, пользовалась почетом до конца своих дней, но не должна была больше приносить потомства.

Аписа выбирали по 29 критериям: черная шкура, белое треугольное пятно на лбу, белое пятно в форме полумесяца на правом боку, белое орлиное крыло на спине, пятно, схожее со скарабеем, под языком и сдвоенные волоски в хвосте. Священного быка приводили в храм Птаха в Мемфисе, там за ним ухаживали, кормили его и почитали как эманацию Птаха. Для него держали «гарем» коров. Апис был оракулом, его движения интерпретировались как пророчества. Одно его присутствие считалось благословением, его ритуальный бег даровал земле плодородие, своим дыханием он мог исцелить больного. Во время больших празднеств Аписа водили по улицам Мемфиса во главе торжественной процессии.

Когда животное умирало, его тело готовили к погребению в уабет — зале для бальзамирования. Жрецы облачались в траур, начинался пост (строгий на четыре дня и умеренный на следующие 70 дней). Мумифицированное тело доставляли в «шатер очищения», откуда погребальный кортеж, состоящий из жрецов бога Птаха, плакальщиц и толпы, отправлялся к Серапеуму, склепу Аписа. После погребения жрецы отправлялись на поиски нового священного быка.

В период Нового царства мумии Аписов погребали в некрополе в Саккаре, близ Мемфиса. Самое раннее захоронение относится к правлению Аменхотепа III (1403–1365 гг. до н. э.), рядом покоятся еще семь священных быков. Спустя полтора века Рамсес II (1290–1224 гг. до н. э.) велел возвести в Саккаре Серапеум — подземный комплекс погребальных храмов для захоронения Аписов. Расширил его фараон Псамметих I (664–610 гг. до н. э.), прорыв второй туннель, который служил местом захоронения священных быков до I в. до н. э. (конца династии Птолемеев). В Серапеуме насчитывается свыше 60 отдельных могил с погребальной утварью: роскошными саркофагами, амулетами и дорогими украшениями. В эллинистическое время серапеумами называли храмы Сераписа.

Помимо Аписа египтяне почитали солнечного быка Мневиса — живое воплощение солнечного бога Ра, и быка Бухиса (Бакиса), считавшегося душой Монту в Гермонте и связывавшегося с культом Осириса.