Другим известным мусульманским философом, ученым-энциклопедистом был Абу Наср ибн Мухаммад аль-Фараби (870-950). Он был тюрком, родился в городе Фарабе, на территории современного Казахстана. После приезда в Багдад, аль-Фараби на протяжении многих лет изучал различные науки и философию, которую ему преподавали его учителя из числа христиан-несториан. Особый интерес он проявил к философии Аристотеля, к сочинениям которого он писал свои комментарии. За это стали называть «вторым (после Аристотеля) учителем». Спустя некоторое время, он покинул в Багдад и уехал в Сирию, где жил под покровительством эмира Сайф ад-Даулы из династии Хамданитов.
Как и другие мусульманские философы аль-Фараби не отрицал исламской религии. В его философии уделяется значительное место проблеме Бога и мира, проблемам космологии и космогонии. Бытие в его философии едино, но в то же время и множественно. Это является результатом истечения (эманации) Единого (Бога), в результате которого возник мир. В то же время, Бог в его философии, выполняет функции безличного аристотелевского «перводвигателя», который приводит всю вселенную в движение и придает ей форму. Таким образом, мусульманские вероучительные положения по проблеме бытия он рассматривал с позиций аристотелизма и неоплатонизма, используя положения плотиновского учения об эманации.
Аль-Фараби классифицировал науки на теоретические (логика, философия) и практические (этика, политика). Особая роль в его классификации отводится логике, так как без нее невозможно разобраться в истине и отличить ее от ложного.
Широко известны воззрения аль-Фараби о «добродетельном городе», который управляется мудрым философом, который отождествлялся с халифом. Этот идеальный правитель должен был обладать всеми добродетелями: умом, знаниями, справедливостью и т.д. Он считал, что "добродетельный город подобен совершенному здоровому телу, все органы которого помогают друг другу, с тем, чтобы сохранить жизнь живого существа и сделать ее наиболее полной". Некоторые идеи об устройстве «добродетельного города» повторяют «Государство» Платона.
Еще одним выдающимся мусульманским философом был Абу Али ибн Сина (980-1037). Европейцы называли его Авиценной. Он родился в селении Афшан близ Бухары. Его отец Абдаллах был образованным человеком и занимал посты в государстве Саманидов. Имеются сведения о том, что он был близок к исмаилитским кругам. Среди учителей Абу Али ибн Сины также были исмаилиты.
С ранних лет Абу Али проявил большой интерес к различным наукам. В дальнейшем он стал автором более чем 400 различных работ в области математики, медицины, астрономии, минералогии. Он также писал музыку и стихи. Ибн Сина внес огромный вклад в развитие мировой медицинской науки. В своем фундаментальном многотомном труде «Канун ат-Тибб» (Канон врачебной науки) он собрал сведения о фармакологии, строении человеческих органов, а также описал принципы функционирования этих органов. «Канон врачебной науки» был переведен на латинский язык в 12 веке и был основным руководством для европейских медиков вплоть до 17 века.
Ибн Сина внес свой неповторимый вклад и в развитие мировой философии. Благодаря его трудам философия античного мира стала повсеместно известна в мусульманских странах, а через них она проникла и в Европу. Большое влияние на формирование мировоззрения Ибн Сины оказали «Начала» Евклида, «Альмагест» Птолемея и особенно «Метафизика» Аристотеля.
В своих философских сочинениях, Ибн Сина в целом сохранял материалистическую и идеалистическую концепцию Аристотеля. Однако в некоторых случаях отходил от него и повторял воззрения неоплатоников. Свои философские взгляды он изложил в таких всемирно известных работах, как Даниш-намэ (Книга знания), Китаб аш-Шифа (Книга исцеления). Несмотря на свой повышенный интерес к методам античных философов, тем не менее, Ибн Сина не отрицал значение Ислама и сохранял приверженность религии, хотя в его философии есть моменты, противоречащие учению ортодоксального Ислама.
Ибн Сина считал, что мир вечен, неуничтожим. Его законы не могут меняться и доступны для познания. Основная часть его философии отводится учению о бытии. Исходя из абсолютной необходимости существования Бога с одной стороны и остального мира с другой, Ибн Сина делил все бытие на 2 категории: Необходимо сущее и Возможно сущее. Необходимо сущее бытие отождествляется в его философии с Богом, который лишен личностных, антропоморфных черт. В этом смысле понятие Бога у Ибн Сины напоминает Единое Плотина. Возможно сущее - это материальный мир во всем его многообразии, который является совечным Богу. Между Необходимо сущим и Возможно сущим есть взаимосвязь, которая выражается в единстве духа и природы. Если дух вечен и неразрывно связан с природой, то значит и природа также вечна. В философии Ибн Сины все сущее как бы истекает (эманирует) из единого начала (Бога), как это имело место у неоплатоников. Причем эманацию по отношению к материальному миру он рассматривает в эволюционном смысле. Вначале возник мир минералов, затем растения, животные и человек.
Наука и философия бурно развивались и в мусульманской Испании. Здесь жил и творил один из самых величайших философов-перипатетиков средневековья Абу аль-Валид Мухаммад ибн Ахмад ибн Рушд (1126-1198). Европейцы называли его Аверроэсом. Он родился в Кордове. С ранних лет изучал грамматику арабского языка, основы мусульманских вероубеждений и права. В дальнейшем он был мусульманским судьей (кади) и придворным врачом. За некоторые свои взгляды он был подвергнут репрессиям. Затем он был помилован и вернулся к исполнению своих обязанностей.
Ознакомление с философским наследием Аристотеля, оказало на него такое большое влияние, что вся его дальнейшая деятельность была неразрывно связана с ним. Ибн Рушд написал комментарии к работам Аристотеля, что принесло ему славу Комментатора. Помимо этого он составил комментарии к работам других классиков, например, к «Государству» Платона, сочинению Александра Афродизийского «О разуме». Комментарии к работам Аристотеля состоят из малых комментариев - фактически самостоятельных трактатов; и больших комментариев, где пояснения сопровождали тексты самого Аристотеля. Однако до нашего времени дошли в основном малые комментарии.
Комментируя Аристотеля, Ибн Рушд развивал и свои философские воззрения. В сочинении «Тахафут ат-тахафут» (Опровержение опровержения) он полемизировал с другим выдающимся мусульманским мыслителем Мухаммадом аль-Газали, который, выступая с позиций исламской религии, опровергал доводы и методы философов. Ибн Рушд же в свою очередь опровергал доводы аль-Газали. Он выступал сторонником знания, развития. Религиозный догматизм, следование за религиозными авторитетами Ибн Рушд считал вредом для всего общества. Религиозные догматики довели общество до состояния расколов, сектантства. Но вместе с этим, Ибн Рушд не отрицал значения исламской религии, хотя отдельные положения его философии явно противоречили учению религии.
Стремясь преодолеть противоречия между религией и философией, Ибн Рушд разработал теорию двойственной истины. По его мнению, существуют богословские и философские истины. То, что может быть истинным в богословии, то в философии может быть ложным и наоборот. Таким образом, он отделил религиозную сферу от философской. Философия в его теориях является путем к постижению абсолютной истины, а религия - это больше область практической деятельности человека. Противоречие между двумя истинами можно преодолеть соответствующей трактовкой аятов Корана.
В своих работах Ибн Рушд, следуя аристотелевским теориям, считал мир вечным, отрицал индивидуальное бессмертие души и говорил только о коллективном бессмертии общечеловеческого разума. Он считал, что разум - это воплощение духовной жизни всего человечества, а не только отдельных людей, степень разумности которых зависит от степени причастности к мировому разуму.
Идеи и философской наследие Ибн Рушда пользовались популярностью не только в мусульманских странах, но и в христианской Европе, которые там стали называться аверроизмом. Видным представителем аверроизма был Сигер Брабантский (1240-1284) из Парижского университета, который развивал воззрения Ибн Рушда. В частности, путем введения рушдовской теории двойственной истины он пытался отделить религиозную сферу от научной и философской. Однако аверроисты подверглись гонениям со стороны инквизиции. Идеи о двойственной истине, вечности мира и смертности индивидуальной души были поставлены под запрет. Сам Сигер был убит при загадочных обстоятельствах. Такие католические богословы, как Бонавентура и Фома Аквинский посвятили многие свои сочинения критике арерроизма.