20 марта 1434 г. Юрий, соединившись с сыновьями, нанес поражение полкам Василия II. Битва произошла под Ростовом. Василий II бежал в Новгород, но новгородцы не приняли его. Москва оборонялась от войск Юрия в течение недели. 30 марта 1434 г. бояре открыли крепостные ворота и Юрий занял великокняжеский трон.

Овладев Москвой во второй раз, князь Юрий не повторил ошибку и отказался предоставить удел низложенному Василию II. Ввиду этого свергнутый князь бежал в Нижний Новгород, «а оттоле въехоте поити в Орду». Свое второе правление Юрий начал с того, что стал чеканить монету с изображением патрона Георгия Победоносца, поражающего копьем змея. Изображение Георгия со временем стало гербом Москвы. Как старший по возрасту, Юрий именовал рязанского князя и многих удельных не «братьями молодшими», а всего лишь «братаничами» (племянниками). Юрий имел намерения укрепить великокняжескую власть. Но 5 июня 1434 г. он умер, процарствовав всего два месяца.

Князь Юрий пережил всех своих братьев. Его кончина освободила сцену для внуков Дмитрия Донского. Нимало не считаясь с традицией, Василий Косой объявил себя великим князем, но смог усидеть на троне всего месяц. Смерть Юрия упростила взаимоотношения внутри княжеского рода. Старшинство Василия II над двоюродными братьями, детьми удельных князей, не вызывало сомнений.

В момент смерти Юрия Дмитрий Шемяка с братом Дмитрием Красным находились в походе. По приказу отца они должны были пленить Василия II в Нижнем Новгороде, не допустив его бегства в Орду. Узнав о вокняжении Василия Косого, они немедленно обратились к Василию II с предложением о союзе. Василий Косой мог вступить в войну с внезапно образовавшейся княжеской коалицией, если бы обладал поддержкой московских бояр и населения. Но ею он как раз и не располагал. Судьба великокняжеского стола находилась в руках Дмитрия Шемяки и его младшего брата Дмитрия Красного. В их распоряжении была военная сила. Шемяка признал «братом старейшим» законного главу княжеского рода Василия II и посадил его на московский престол. Как и прежде, Василий II вернул себе престол не потому, что действовал успешно, а потому что среди его соперников не было единодушия. Смерть Юрия повлекла перераспределение земель в государстве. Перейдя на сторону Василия II, Шемяка с братом добились наибольших выгод. Помимо отцовской Рузы, Шемяка получил Углич и Ржев. Дмитрий Красный в дополнение к Галичу стал владельцем процветающих земель — Бежецкого Верха.

Вместе с Василием Косым Москву покинули немногие лица, среди них некие столичные гости. Как видно, они ссудили князю большие деньги и боялись упустить должника. Отвоевав Углич, Косой дважды возобновлял наступление на Москву. В последнем сражении он был разгромлен и взят в плен. Многократно битый, познавший измену ближних бояр, Василий II не встал на путь казней и кровопролития, но нашел не менее страшное средство наказать изменщиков. Перед походом на Галич в 1433 г. он приказал арестовать бывшего фаворита и правителя государства И. Д. Всеволожского с детьми, «да и очи ему вымали». Три года спустя он велел ослепить князя Василия Юрьевича, за что несчастный князь получил прозвище Косой. Василий II думал запугать своих недругов, но результат получился обратный.

Смерть митрополита Фотия и церковное безначалие благоприятствовали княжеским усобицам.

Международный авторитет Руси упал. С ней перестали считаться. После кончины Фотия московский князь и епископ нарекли «в святейшую митрополию русскую» рязанского епископа Иону. Однако в Константинополе не посчитались с решением Москвы и отдали предпочтение кандидату, выдвинутому литовским великим князем Свидригайло, братом Ягайло. В династической борьбе, разгоревшейся после смерти Витовта, католик Свидригайло выступил, как вождь западнорусских православных князей и шляхты, что и обеспечило ему симпатии Константинополя. Смоленский епископ Герасим был поставлен патриархом на общерусскую митрополию и был признан епископом. К нему ездил ставиться на архиепископство новгородский владыка Евфимий. Герасим оказался втянутым в княжеские усобицы, терзавшие Литовско-Русское государство, что помешало его поездке в Москву. Правление Герасима было недолгим. Он был сожжен по приказу Свидригайло за некую «измену».

Узнав о гибели киевского митрополита, Василий II отправил в Византию владыку Иону. Но патриарх не стал ждать прибытия московского претендента.

Угроза турецкого завоевания побудила константинопольские власти ускорить заключение церковной унии с Римом. Чтобы обеспечить присоединение к унии богатой и многолюдной русской епархии, патриарх назначил ее главой грека Исидора, игумена одного из константинопольских монастырей. Исидор деятельно участвовал в предварительных переговорах с Римом. Он слыл человеком образованным и к тому же обладал дипломатическими способностями. Весной 1437 г. Исидор прибыл в Москву, а уже через полгода поспешил на объединительный собор в Италию. Собор открылся в Ферраре, а закончился во Флоренции. На нем встретились авторитетные иерархи и богословы Востока и Запада. Прения о вере и главенстве папы над патриархом были жаркими, и им не видно было конца. Однако император Иоанн Палеолог не мог ждать, и греческим иерархам пришлось принять условия, поставленные папой. Исидор не взял на себя почин в выработке текста соглашения об унии. Акт о соединении христианской церкви под главенством Рима был подписан в июле 1439 г.

Рассчитывая на поддержку католических верхов Польши, Исидор по пути в Москву задержался на год в Литве. Однако его нетерпеливая попытка объединить церкви в пределах Литвы не удалась.

В марте 1441 г. Исидор вернулся в Москву. Во время литургии в Успенском соборе имя патриарха было заменено именем папы. Вслед за тем была зачитана грамота о соединении церквей. Три дня московские власти старались склонить Исидора к отказу от унии, а на четвертый день его взяли под стражу и заточили в Чудов монастырь. Полгода спустя Исидор бежал в Тверь, а оттуда в Рим.

Русские власти заготовили грамоту к патриарху с уведомлением о намерении собрать в Москве собор епископов для избрания нового митрополита. Два года спустя эту грамоту обновили и переадресовали императору. Но в конце концов грамота так и не была отослана в Византию.