Друг Помпея, Гамбиний, внес особый законопроект. По нему в 67 году до н. э. Помпей получил от сената на три года чрезвычайные полномочия, чтобы справиться с пиратством в Средиземном, Мраморном и Черном морях. В его неограниченное распоряжение перешли 50?мильная береговая полоса, огромные силы и средства. Все римские должностные лица и правители союзных государств должны были исполнять любые его требования. Народное собрание утвердило законопроект. Помпей добился принятия дополнительных постановлений, которые позволили ему снарядить 500 судов, набрать 120000 человек тяжелой пехоты 5000 всадников, избрать 24 сенатора в качестве подчиненных начальников и квесторов в помощь. Сразу же цены на продовольствие упали. В народе считали, что сыграло роль уже имя полководца.
Помпей разделил Средиземное море на тринадцать частей. В каждой части он сосредоточил отряд кораблей, в основном маневренных либурн, во главе с начальником. Такая густая сеть позволила захватить множество пиратских судов и отвести их в порты. Очистив за сорок дней Тирренское, Ливийское моря и воды вокруг Сардинии, Корсики и Сицилии, сам Помпей с 60 кораблями направился к Киликии, где собрались уцелевшие пираты. Так как в Риме консул Пизон стал препятствовать действиям Помпея и даже распустил экипажи кораблей, полководец высадился в Брундизии, был торжественно встречен народом в Риме, навел порядок и продолжил плавание. Встречавшиеся на пути разбойники в большинстве проявляли покорность, и Помпей брал у них суда, оставляя жизнь. Это привело к тому, что пираты в основном сдавались добровольно. При их помощи римляне находили и истребляли тех, кто не желал сдаваться.
Самые могущественные пираты собрали свои сокровища и семьи в укрепленных городах на Тавре, а флот сосредоточили у Коракесии в Киликии. В сражении римский флотоводец разбил разбойников, а крепости их взял в осаду. В конце концов пираты предпочли сдать свои хорошо укрепленные города и острова. Всего за три месяца было покончено с морским разбоем. По некоторым сведениям (вероятно, преувеличенным), при битве у пиратской крепости Коракесия (вблизи турецкого города Аланья) было потоплено свыше 1300 и захвачено 40 пиратских кораблей, погибли 10000 пиратов и 2000 попали в плен. После этой решительной операции, по словам Страбона, в течение 15 лет мореходство было безопасным.
Помпей взял 90 судов с окованными медью носами. 20000 пленников он расселил в местностях, где населения было мало.
Так как Лукулл не смог довести до победы войну с Митридатом и войска отказались ему подчиняться, народный трибун Манилий предложил подчинить Помпею почти все провинции Рима и сохранить командование флотом для войны с царями Митридатом и Тиграном. Решение это было принято всеми трибунами. В 66 году Помпей принял командование, распределил флот для охраны моря между Финикией и Боспором, а сам направился против Митридата, нанес ему поражение и заставил бежать. Царь надеялся укрыться в союзной Армении, но был изгнан и оттуда. Помпей благодаря раздорам армянского царя с сыном вступил в Армению и подчинил ее. Затем он преследовал Митридата через земли кавказских племен, воевал с албанцами, не дошел до Каспийского моря только на три перехода, послал войско в Парфию и намеревался идти до Красного моря. Для блокады Митридата он оставил у Боспора флот, под страхом смерти запретив купеческим судам проходить заслон. Полководец подчинил Сирию, покорил Иудею. В новых владениях Рима его признавали как справедливого верховного судью. Тем временем Митридат, против которого выступил сын Фарнак, кончил жизнь самоубийством.
В Риме опасались, что победоносное войско посадит Помпея на престол. Однако полководец, прибыв в Италию, распустил легионы до триумфа. Узнав об этом, Помпея Великого восторженно встретили жители города. Его третий триумф длился два дня. Плутарх отмечал, что Помпей трижды праздновал триумф за победу над каждою частью света: первый — над Африкой, второй — над Европой, третий — над Азией. Были организованы новые провинции (Вифиния и Понт, Сирия).
Помпей помог Цезарю стать консулом и поддержал его законопроект об основании колоний и раздаче земли не только словом, но и силой. Однако Клодий, в свое время избранный при поддержке Помпея народным трибуном, теперь стал его противником и демагогией понижал авторитет полководца. Он изгнал из Рима Цицерона, пытался отменить распоряжения Помпея. Лишь после того как удалось вернуть Цицерона, пользовавшегося расположением сената, восстановилось положение Помпея, которому по хлебному закону были подчинены гавани, торговые центры, продажа зерна и его перевозка. Поставленный во главе снабжения хлебом, Помпей разослал своих легатов по провинциям, собрал большое количество хлеба в Сицилии, Сардинии и Африке. Когда он намеревался выйти в море с судами, груженными продовольствием, поднялась буря. Кормчие не решались выступить. Помпей первым поднялся на борт судна, заявив: «Мне нужно плыть, а жить вовсе не необходимо!» Вскоре нехватка хлеба в Риме была ликвидирована, а по морю шли суда с продовольствием, которые помогли обеспечить даже союзников.
После отказа сената утвердить мероприятия Помпея на востоке и наделить землей его солдат, полководец соединился с Крассом и Цезарем в первый триумвират 60?го года. Триумвиры распределили сферы влияния. Помпею достались Африка и Испания. Но после смерти Красса в 53 году триумвират распался. Помпея в 52 году избрали «консулом без коллеги». Предложение внес Катон, который считал, что лучше дать Помпею на период раздоров в Риме определенное назначение, чем ждать, когда он возьмет власть сам и установит диктатуру.
В 50 году полководцу поручили командование войском в борьбе против Цезаря. Когда последний перешел Рубикон, Помпей не располагал достаточными силами и был вынужден оставить Рим. В Брундизии он приготовил достаточное число кораблей. Устроив заграждения, чтобы задержать наступающие войска Цезаря, и разместив на стенах наиболее подвижных легионеров, полководец за три дня погрузил войска. По сигналу его солдаты срочно оставили стены и поспешили на суда, которые сразу же вышли в море. Цезарь за два месяца овладел всей Италией, но, не располагая кораблями, был вынужден отказаться от преследования Помпея.
Помпей не терял времени даром. Он собрал крупнейший флот из 500 боевых и многочисленных вспомогательных судов, усиленно обучал войска и сам, несмотря на возраст, демонстрировал завидную способность владеть оружием. Несколько раз Цезарь вступал с ним в бои на суше и море, один раз понес большое поражение, но все же смог разгромить Помпея при Фарсале в 48 году до н. э.
Вступление в сражение вдали от берега явилось роковой ошибкой Помпея, ибо он господствовал на море и мог легко блокировать связи Цезаря с Италией. Теперь же ему пришлось бежать с небольшой группой приближенных, воспользовавшись случайным торговым кораблем. Он сразу же начал собирать морские силы. Желая создать себе убежище, полководец отправился в Египет, но был убит. Так недооценка морского флота привела полководца к гибели.