Однако самую громкую славу Экку принес диспут с Мартином Лютером, которого тот обвинил в «богемской ереси», то есть подражании гуситам. Лютера защищал Андреас Карлштадт, доктор богословия из Виттенбергского университета, и Экк сначала вызвал на бой именно его. В декабре 1518 года он опубликовал 12 тезисов, которые намеревался развить во время диспута, но поскольку они были нацелены против Лютера, тот заявил Карлштадту, что готов сразиться с Экком лицом к лицу.

Диспут между Экком и Карлштадтом начался в Лейпцигском университете 27 июня 1519 года и продолжался четыре дня. Он был посвящен свободе воли человека в выборе между Добром и Злом. Несмотря на то, что Экк в конце концов отошел от своей изначальной позиции, благодаря своей прекрасной памяти и диалектическому мышлению он сумел сбить с толку тугодума Карлштадта и был признан победителем. Однако, по его собственному признанию, Лютер превосходил его в находчивости и образованности. Их диспут о папской власти, чистилище, покаянии длился 23 дня, с 4 по 27 июля, и судьи не могли вынести вердикт. Тогда Экк заманил Лютера в ловушку: заставил его во всеуслышание заявить о том, что Констанцский собор, осудивший Гуса, был неправ и что сам он не признаёт власти папы. Богословы Лейпцигского университета признали победителем Экка, осыпали его почестями и подарками.

Со временем диспуты выродились в простое жонглирование словами и цитатами, в выхолощенное упражнение, из которого были изгнаны живая мысль и стремление родить в споре истину. Гуманисты сравнивали диспуты с петушиными боями. Культура спора была безнадежно утрачена: оппоненты не чурались взаимных оскорблений и угроз, порой брань переходила в самую настоящую драку, ученые мужи отвешивали противникам пинки и пощечины, даже кусались. И ради чего? Вместо того чтобы отстаивать свою правоту, «отличники» в искусстве диалектики приобретали эластичные взгляды и становились непревзойденными лицемерами. Жак дю Перрон (1556–1618), сын протестантского священника, бежавшего от преследований в Швейцарию, к двадцати годам стал одним из ученейших людей своего времени. Он отправился в Париж и отрекся от протестантства, чтобы получить должность королевского чтеца, а затем принял сан священника и стал придворным проповедником. Однажды он произнес перед королем Генрихом III исполненную красноречия проповедь против атеизма, приведя убедительные доказательства бытия Божия. Король осыпал его похвалами. Тщеславный священник тут же произнес новую речь, не менее убедительно доказав, что Бога нет. Король прогнал его с глаз долой, но должности не лишил.

В 1603 году семнадцатилетний маркиз де Шиллу оставил Академию Плювинеля, чтобы стать аббатом де Ришельё. Он стал усиленно изучать богословие в Наваррском коллеже и много занимался самостоятельно. Юноша познакомился с одним из мастеров полемики того времени, англичанином Ричардом Смитом, и задумал устроить публичный философско-богословский диспут в стенах Сорбонны. Руководство университета отвергло эту идею; диспут состоялся в 1604 году в Наваррском коллеже и имел большой успех.

Любовь к словопрениям сохранялась и на бытовом уровне: выпускники университетов уже не могли вести «нормальную» беседу и в разговоре норовили опровергать друг друга. «Склонность к препирательствам… может превратиться в дурную привычку и часто делает человека невыносимым в обществе, так как он начинает всем противоречить, — с неодобрением писал Бенджамин Франклин в автобиографии, вспоминая свою молодость, пришедшуюся на 1720-е годы. — Люди здравомыслящие… редко себя так ведут, кроме юристов, университетчиков, а также всех, получивших образование в Эдинбурге».

Впрочем, к концу XVIII века диспуты уже были благополучно забыты. Аббат Бастон вспоминает, что в Сорбонне лишь один профессор, нормандец по имени Жоли, внешне суровый, но добрый в душе, захотел восстановить порядок в аудитории и с этой целью ввести диспуты для упражнения в задавании вопросов и аргументации. В первый раз необычное зрелище привлекло всеобщее внимание, так что даже установилась тишина, но в дальнейшем всё пошло по-старому.

Конечно, в разумных пределах дискуссия на определенную тему не могла не быть полезной. Тот же Бастон вспоминал, как однажды, не удовлетворившись объяснениями профессора Шеврейя по поводу какого-то места из Пятикнижия, написал ему длинное анонимное письмо на латыни. Он был взволнован и польщен, когда на следующем занятии профессор упомянул об этом письме, похвалив неведомого автора, и счел своим долгом ответить на содержавшиеся в нем вопросы. «Автор» мгновенно стал университетской знаменитостью.

Лучше один раз увидеть, чем сто раз услышать, гласит всем известная мудрость. Чтение книг и словопрения закладывали прочную теоретическую базу, но этого было мало для подготовки специалистов-практиков. К тому же совершенно очевидно, что знания лучше усваиваются с опорой на зрительные и тактильные образы, и прогрессивные преподаватели старались оживить свои лекции, дополнив их экспериментальной частью.

Однако не все студенты были готовы воспринять передовые методы преподавания. Например, один из прототипов доктора Фауста, профессор в университете Эрфурта, рассказывая о Гомере, являл слушателям (возможно, при помощи «волшебного фонаря») героев Троянской войны и мифических чудовищ, в частности циклопа Полифема. Некоторые слабонервные учащиеся после утверждали, что чудовища пытались их пожрать.

(Говорят, что доктор Фауст погиб в 1537 или 1538 году во время взрыва, вызванного его химическими опытами в комнате на постоялом дворе в Штауфене. Но кое-кто считает, что прототипом Фауста был один из первопечатников Иоганн Фуст из Майнца (1400–1466), из жизни которого потом сделали страшную сказку.)

В 1565 году Пьер Рамю, лектор Королевского коллежа, обратился с речью к французскому королю Карлу IX, обличая существовавшие тогда методы преподавания медицины — «применения естественной философии к человеческому телу» — и требуя введения других, «как в Монпелье или в итальянских медицинских школах». Схоластические диспуты, считал Рамю, могут воспитать только схоластов, а не людей, способных врачевать болезни. Он потребовал, чтобы часть учебного года посвящалась изучению лекарственных растений, другая часть — препарированию трупов, а третья — осмотру и лечению больных.

В Париже с 1506 года ботанику преподавали в небольшом «аптекарском огороде» при факультете, на содержание которого каждый бакалавр выплачивал 18 су в год. В начале апреля 1503 года школяров вывели собирать лекарственные растения в лес Жантильи, а по возвращении бакалавры подготовили небольшое угощение в таверне неподалеку от Сен-Жермен-де-Пре. Позже профессор фармакологии водил своих студентов на занятия в Королевский сад.

В Монпелье практические занятия были подняты на небывалую в сравнении с другими учебными заведениями Франции высоту. Состоявший при медицинском факультете аптекарь смешивал лекарственные составы и изготавливал снадобья на глазах у студентов. Существовала кафедра анатомии и ботаники; студенты ходили собирать целебные травы под руководством доктора. Эти загородные экспедиции могли продолжаться несколько дней. При университете имелся анатомический театр, выстроенный из камня, со ступенеобразно повышающимися рядами, чтобы вместить как можно больше зрителей и дать лучший обзор. Доктор, руководивший сеансом, предварял его небольшой лекцией; затем королевский хирург показывал студентам различные части тела, которые он препарировал перед занятием; наконец начиналось вскрытие.

Анатомию штудировали в основном по скелетам. Изредка профессор приносил в аудиторию труп животного или какую-нибудь часть тела повешенного; целый человеческий труп ценился очень высоко — во всех смыслах.