Братья поступили хитрее — оказавшись безраздельными властителями в Новгороде, они использовали подвернувшуюся возможность, чтобы поставить под удар ближайшее окружение Ивана III. Причем сделали они это чужими руками — а именно архиепископа Геннадия, и под самым что ни на есть благовидным предлогом — изобличая врагов веры и государства. Владыка быстро нашел общий язык с Захарьиными. По оценке Н. Н. Розова, архиепископ Геннадий по своему происхождению и имущественному положению был крепко связан со старым московским боярством и естественным образом примыкал к партии реванша.

Фрондеры, волею судеб оказавшиеся в Новгороде, рассудили, что фигуры калибра Ивана Патрикеева им не по зубам, и тогда избрали своей мишенью дьяка Курицына и прочих нетитулованных лиц, вхожих в придворный круг. Так усилиями творческого союза архиерея и воевод появились на свет сенсационные разоблачения Самсонки, которые пусть не привели к немедленным результатам, но стали краеугольным камнем всей кампании по дискредитации «партии власти»; кампании, которая то затихала, то вновь набирала обороты, в зависимости от того, чье влияние брало верх при дворе. Запустившие ее поступательное движение братья Захарьины остались как бы в стороне от разгоравшихся баталий и не потеряли благоволения великого князя.

После собора 1490 года новгородский архиепископ, постепенно отходя от борьбы с еретиками, все большее внимание уделял трудам на ниве просвещения: сначала засел за составление новой Пасхалии, а затем и вовсе принялся за грандиозный труд — подготовку и издание Библейского свода — первого на Руси и во всем славянском мире полного собрания библейских книг в славянском переводе. Впрочем, исследователи отмечают, что создание славянской Библии как раз вызвано полемикой с жидовствующими и является реакцией на караимскую проповедь со стороны Церкви. Еще Татищев сообщал о том, что Схария «имеяше язык свой, яко уду, вельми сладкоречив, и глаголы его вся Библиею преисполнены…».

Помощниками Геннадия в деле составления славянской Библии стали весьма примечательные личности. Начав работу над Библией, Геннадий пригласил на службу католика, доминиканского монаха из Хорватии — Вениамина. «Презвитер паче же мних обители святого Доминика, именем Веньямин, родом словенин, а верою латынянин», был, по его собственным словам, знатоком латинского языка и «фряжска». Вениамину принадлежала ведущая роль в составлении новгородского библейского свода. Примечательно, что доминиканец целиком ориентировался на латинские рукописи, часть из которых он привез с собой.

Между тем в описываемую эпоху, как свидетельствует церковный историк митр. Макарий, на латинян у нас смотрели как на отступников от истинной веры, раскольников и еретиков. «Эта отчужденность от латинян, эта неприязнь к ним, переданная нам греками и воспитанная историческими обстоятельствами, простиралась до того, что самое имя католика было ненавистно русским, и если кто из них желал другому зла, то говорил: "Чтоб тебе сделаться латинянином!", а в летописях наших и других сочинениях встречаются даже выражения "поганая латына", "безбожная латына", "проклятая латына" и подобные».

Сегодня мы можем воздать должное смелости и широте воззрений Геннадия, но удивительно, что к его уникальной для тех времен толерантности так снисходительно отнеслись в Москве конца XV века. Ведь ничто не мешало, найдись на самом деле среди высших государственных и церковных чинов соумышленники жидовствующих, призвать Геннадия к ответу по всей строгости. Тем более что если составлением Пасхалии архиепископ занимался по благословению митрополита Зосимы, то работа над Библейским сводом — исключительно «частная инициатива» Геннадия.

Видным сотрудником новгородского владыки оказался еще один католик — ученый из Любека Никола Булев. Он выказал себя рьяным противником жидовствующих и перевел с латинского языка сочинение Самуила Евреина против иудаизма. Впоследствии Булев с подачи братьев Траханиотов перебрался в Москву и стал любимым врачом великого князя Василия III Ивановича. Этот Булев, «хульник и латынномудренник», по выражению прп. Максима Грека, «писал развращенно на православную веру», проповедуя соединение церквей. Он даже написал и послал ростовскому епископу Вассиану послание о перспективах заключения унии. Выбор адресата не случаен — Вассиан брат Иосифа Волоцкого и соратник Геннадия Новгородского. Наблюдая смычку униатов из окружения Софьи Палеолог и группы видных православных иерархов, Булев сделал вывод о том, что решения Флорентийского собора могут быть претворены в жизнь.

Против Булева было направлено и «Послание на звездочетцев» известного старца Филофея. Благочестивые московские люди утверждали, будто бы под влиянием означенного Булева один из видных придворных деятелей боярин Федор Карпов «залатынился», начал «прилежать звездозаконию, землемерию» — геометрии, «остроумии» — астрономии и чародейству, и чернокнижию, и «многим эллинским баснотворениям», стал держаться книг еретических, церковью отреченных, и «всяких иных составов и мудростей бесовских, которые прелести от Бога отлучают».

Как мы видим, Булев, судя по содержанию его «просветительской программы», ничем не отличался от Схарии, — это такой же ересеучитель с обычным для того времени набором лжеучений, только не в караимской, а в католической упаковке, так же исполненный предрассудками, характерными для эпохи Ренессанса. Вдобавок к этому, Булев проповедовал ненавистную на Руси идею церковной унии. Карпов предстает перед нами таким же активным адептом еретического учения, каким в свое время изображался Курицын. Однако ни Карпову, ни Булеву, ни его покровителям — Траханиоту и Геннадию — никто не спешил предъявлять обвинения в связях с врагами православия.

Явственно прослеживаются связи с окружением Деспины владыки Геннадия, чья эпистолярная активность выходит далеко за рамки епархиальных забот. Так — новгородский архиерей запрашивает государева посла Дмитрия Траханиота о том, как вопрос о счислении лет решается католической церковью. Благодаря посредничеству Юрия Траханиота Геннадий вступил в контакт с имперским послом Георгом фон Турном, прибывшим на Русь в 1490 году, и получил у него подробную информацию о преследовании тайных иудеев в Испании.

Эти факты приводятся во многих исследованиях, посвященных эпохе Ивана III, но авторы почему-то оставляют их без комментариев. Между тем поведение Геннадия не имеет аналогов в отечественной истории — ни один московский митрополит (что там говорить о епархиальных владыках) не привлекал для своих нужд великокняжеских дипломатов, не выписывал себе на службу иноземцев, как это было в случае с доминиканцем Вениамином, и не завязывал сношения с послами зарубежных государств. Международные связи всегда были исключительной прерогативой великого князя, даже если касались они сугубо церковных вопросов.

Когда при Василии III москвичам понадобился сведущий человек для перевода греческой Толковой Псалтыри, то на Афон послали посольство от имени великого князя с просьбой прислать на Русь искомого грамотея. Выбор афонских отцов пал на Максима Грека, и когда тот выполнил свою работу, то стал проситься на родину у своего непосредственного работодателя — великого князя. В правление того же Василия III один из преемников Геннадия на новгородской архиерейской кафедре — будущий митрополит Макарий — приступил к собиранию «всех чтомых на Руси книг» — свод, именуемый «Великие Четьи минеи». Величайшему книжнику Макарию, пользовавшемуся полным доверием Василия III, вряд ли даже в голову могла прийти мысль привлекать иностранных корреспондентов, дабы получить интересующие его сведения.