10 декабря полоний-210 был обнаружен в Гамбурге, в квартире бывшей жены Ковтуна и его теши. Дмитрий Ковтун прилетел в Гамбург 28 октября на пути в Лондон, чтобы продлить «вид на жительство» в Германии. Его единственный сын жил в Гамбурге, и Ковтун все еще считал Германию своим постоянным местом жительства. Он вылетел из Гамбурга в Лондон 31 октября. В офисе иммиграционной службы, который Ковтун посетил 30 октября, также обнаружили радиоактивность. В квартирах бывшей жены и тещи радиоактивность обнаруживалась в кроватях, на которых спал Ковтун. Было очевидно, что это результат контакта с телом, содержащим радиоизотоп в коже, в волосяных сумках и потовых железах. Немецкая полиция, однако, быстро открыла «дело» о нелегальном провозе радиоактивных веществ через территорию Германии. В самолете, на котором Ковтун прилетел из Гамбурга в Лондон, радиоактивности не обнаружили.

Между тем у Ковтуна в начале декабря начали появляться явные признаки лучевой болезни. Наиболее заметным из них стало выпадение волос. 5 или 6 декабря его положили в радиологическую больницу на обследование. Было обнаружено, что он действительно получил большую дозу полония. Вслед за ним на обследование в ту же больницу был положен Луговой. У него также были обнаружены признаки отравления полонием, но значительно более легкие, чем у его друга. В Лондоне Гольдфарб и жена Литвиненко заявили в телевизионном интервью, что Лугового и Ковтуна «спрятали в секретной больнице», чтобы уберечь от встречи с прибывающими в Москву британскими следователями. Это было неверно. Британские детективы смогли провести многочасовые расспросы «свидетелей», но эти встречи происходили в больнице. Детали вопросов и ответов не разглашались.

Для следствия оставались две главные проблемы: во-первых, появление полония-210 в Лондоне 15–16 октября и, во-вторых, полоний в теле Скарамеллы. Итальянец, вернувшийся домой в начале декабря, был обследован у себя на родине. Результаты показали, что его выписали из больницы слишком рано. Его снова вызвали в Англию и положили в ту же Университетскую клинику, в которой умер Литвиненко. Возле его палаты постоянно дежурил полицейский пост, не допускавший к госпитализированному представителей прессы. Данные обследований также не сообщались. Из интервью в Москве следователи уже узнали, что Луговой и Ковтун 16 октября были вместе с Литвиненко в том же японском суши-баре на Пиккадилли. Скарамелла показал то место в баре, где он встречался с Литвиненко 1 ноября. По материалам прессы можно заключить, что загрязнение полонием было обнаружено в другом месте бара. Полиция сделала вывод, что именно здесь был ленч трех русских 16 октября. Нашли еще одно загрязненное кресло. Сразу возникла теория о двукратном отравлении Литвиненко. Согласно этой теории первая попытка отравления произошла 16 октября. Однако полученная в этот день доза оказалась недостаточной: симптомы лучевого поражения не появлялись. Поэтому отравители срочно приехали во второй раз и привезли значительно большие количества радиоизотопа, который Литвиненко получил в баре гостиницы «Миллениум» 1 ноября. Из-за неумения обращаться с радиоактивными препаратами Ковтун и Луговой, переведенные теперь в категорию «подозреваемых», проводя какие-то операции с раствором изотопа в гостиничном номере Лугового, загрязнили и сами себя, тоже во второй раз. Первое их загрязнение произошло 16 октября, и от него остались многочисленные следы в разных местах. Существовавшие следы полония в местах, которые посещал Луговой 25–28 октября, иногда объясняли тем, что он и в этот приезд привез ампулу с радиоизотопом, очевидно, «на всякий случай».

Двукратное отравление полонием — это версия, которой придерживались пресса и телевидение. Скотленд-Ярд никаких ясных комментариев по этому поводу не давал. Сценарий преступления получался слишком сложным, малопонятными были и его мотивы. Трудным оказывался и вопрос, почему организаторы ликвидации Литвиненко выбрали исполнителями Лугового и Ковтуна, бизнесменов и богатых людей, не имевших никакого опыта не только в обращении с радиоактивностью, но и вообще никогда не занимавшихся «заказными» убийствами. Все еще оставалась проблема Скарамеллы. Его шеф, Паоло Гузанти, выступил в Риме и объявил о том, что заказчиком покушения на жизнь Литвиненко и Скарамеллы мог быть Романо Проди. Он расправлялся с ними в связи с тем, что они нашли в «Архиве Митрохина» материалы, свидетельствовавшие о том, что Проди в прошлом сотрудничал с КГБ. Имена политиков в этом архиве были зашифрованы псевдонимами, но характеристика какого-то итальянского политика давала основания для подозрений, которые были «озвучены» Скарамеллой и Литвиненко накануне выборов.

24 декабря, в канун Рождества, Скарамелле, наконец, разрешили покинуть Лондон. Но по прибытии в Италию он был арестован уже в аэропорту, до встречи с родственниками и друзьями. Его отвезли в Рим и поместили в тюрьму «Реджина Мели». Судья отказался отпустить его под залог и сдачу паспорта. Против него выдвинули несколько обвинений, не связанных с радиоактивностью и Литвиненко. Среди обвинений были и торговля оружием, клевета и многое другое. В Англии о нем сразу забыли и его имя уже не появлялось в прессе. Только через несколько месяцев промелькнуло короткое сообщение о том, что Скарамелла переведен из тюрьмы в больницу в связи с инфарктом. Обвинения против него никто не поддерживал. Но в Италии в «предварительном» заключении можно провести несколько лет. Со Скарамеллой этого не случилось. В апреле 2007 года после двух инфарктов и сильного истощения он был переведен в тюремную больницу. После двух месяцев лечения, имея признаки хронической лучевой болезни: выпадение волос и нарушения в работе органов, — Марио Скарамелла был отправлен в Неаполь для содержания под «домашним арестом». Он не имеет права встречаться с журналистами, хотя прежние обвинения с него сняты. В «деле Литвиненко» Скарамелла уже не фигурирует.

К концу января 2007 года, когда лондонская полиция объявила об окончании следствия и передаче всех документов в Королевскую прокуратуру, существовала уверенность в том, что все основные места загрязнений полонием в Лондоне были идентифицированы. Рестораны, бары, офисы, комнаты гостиниц, в которых был обнаружен полоний, закрывались по распоряжению полиции для исследования и дезактивации на длительное время: недели, а иногда и месяцы. Загрязненные самолеты временно выводились из эксплуатации. Неизбежно возникал вопрос о том, кто должен оплачивать убытки частных владельцев или компаний. Поскольку Скотленд-Ярд состоит на бюджете Лондона, сумма всех убытков, составившая несколько миллионов фунтов, покрывалась за счет налогоплательщиков. Предъявления исков, оценки убытков и другие действия по компенсациям осуществлялись частными юристами и агентами страховых компаний, работа которых не могла оставаться секретной. Решения городских властей по оплатам принимались только в августе 2007 года. Ко всеобщему удивлению и прессы и публики, обнаружился факт сокрытия полицией некоторых мест загрязнений полонием-210. По объяснению Скотленд-Ярда, это было сделано «в интересах следствия». Фактически это явно было сделано по настоянию друзей и жены Литвиненко, так как эти случаи загрязнений противоречили уже созданному образу скромного бедного семьянина, которому отомстили за деятельность против «режима Путина». К тому же они противоречили теории Скотленд-Ярда о том, что отравление полонием было осуществлено 1 ноября в баре гостиницы «Миллениум».

Основные комментарии прессы были сосредоточены на четырех новых местах загрязнения полонием. Это были элитный ночной стриптизный клуб в центре Лондона, марокканский ресторан, где были загрязнены подушка и трубка для курения кальяна, собственный «мерседес»

Литвиненко, которым он 1 ноября не пользовался, а также такси лондонского окраинного района Ламбет. Естественно, что прессу привлек в первую очередь ночной стриптизный клуб. По сообщениям газеты «Таймс» и Би-би-си, загрязнения в клубе были не только на креслах, но и в кабинах, где танцы исполнялись для индивидуальных клиентов. Также писали, что клуб «Хей Джо» был закрытым и популярным среди состоятельных русских клиентов. Владелец клуба подтверждал, что Литвиненко имел клубную карточку и иногда приводил в клуб своих русских друзей. Луговой и Скарамелла в составе членов клуба не значились. Для скорейшего введения ночного клуба в работу именно здесь была проведена быстрая дезактивация.