Еще одно обвинение состояло в том, что иудеи совершают ритуальные убийства христианских детей, — обвинение, именуемое у евреев «кровавый навет». Тут надо отметить, что западные христиане употребляют при богослужении гостии — небольшие облатки из неквашенного теста, приготовляемые на вине и по виду напоминающие еврейские опресноки — мацу. Христиане западного толка причащаются ими и вином, полагая, что при этом они вкушают тело и кровь Христа. Во времена преследования первых христиан языческие императоры обвиняли их в том, что для причастил они употребляют кровь младенцев. Впоследствии церковные писатели стали обвинять в этом христианских сектантов. Несмотря на то что у иудеев нет обряда причащения, а опресноки (мацу) едят как обычную пищу, их стали обвинять в убийстве младенцев с целью употребления их крови в маце якобы для причащения. Первый случай такого «кровавого навета» произошел в 1144 г. в Восточной Англии в г. Норидже, где нашли убитого ребенка. Другой подобный случай был зафиксирован во Франции в Блуа в 1171 г., а затем обвинения в ритуальных убийствах стали преследовать иудейские общины везде, где находили мертвых детей. Все такие находки сопровождались жестокими погромами местных иудейских общин, пытками и убийствами невинных людей. Жертвами стали тысячи иудеев, несмотря на буллы пап Григория IX в 1236 г. и Иннокентия IV г. в 1247 г., а позднее эдикты, изданные германскими императорами и польскими королями, а также христианскими властями, в которых иудеи защищались от подобных наветов.
В XIII в. к обвинению в ритуальных убийствах прибавились еще обвинения в осквернении гостии. Будто бы евреи из ненависти к Христу тайно приникают в церкви, прокалывают гостии, воплощенное тело Христово. При этом Христова кровь в гостии превращается в ангелов или голубей, которые причитают голосом Христа: «Почему вы меня мучаете?» Поводом для таких обвинений было то, что в старых гостиях обнаруживались какие-то пятна красноватого цвета. Позднее было доказано, что они возникают естественным путем, ввиду развития колоний определенного вида грибков красноватого цвета. Тем не менее такие обвинения также имели самые тяжелые последствия для многих общин, особенно в Баварии и Богемии. Буйствующие толпы во главе с рыцарем Риндфлейшем бесчинствовали, грабили и убивали во многих иудейских общинах. Дело приняло такой оборот, что даже папа Бенедикт II и австрийский герцог полагали, что обвинения в осквернении гостии являются лишь предлогом для грабежей и разбоев.
Все это происходило в период становления всевластия римских пап, стремящихся к укреплению единства католического мира, которому угрожали появляющиеся ереси. При папе Иннокентии III в начале XIII в. был организован Крестовый поход против еретиков-альбигойцев на последнем островке еврейско-арабского просвещения — Провансе. Альбигойцы придерживались традиций первых христиан и враждебно относились к католичеству и римскому папе. Ворвавшись в Прованс в 1209 г., крестоносцы руководствовались призывом монаха Арнольда: «Убивайте всех, а там на небе Господь сам отличит своих от чужих». Наряду с альбигойцами было убито много евреев, которых считали виновниками возникновения ереси.
Созванный по инициативе Иннокентия III церковный собор принял суровые постановления против еретиков и иудеев. Однако присутствие последних надо было терпеть ввиду того, что в Послании апостола Павла к римлянам было сказано, что в конце концов «Израиль, спасется», то есть примет веру в Христа. Поэтому на иудеев было предложено наложить строгие ограничения с тем, чтобы они скорее раскаялись в своих «заблуждениях». Согласно решениям собора, христианским правителям предписывалось не принимать евреев на государственные и общественные должности, не позволять им выходить на улицу в дни Страстной недели накануне праздника католической Пасхи, и, самое главное, иудеи должны носить на платье или на головном уборе особый позорный знак. Обычно для мужчин это был кружок (кольцо) из желтой или голубой материи и особой формы колпак, а для женщин — две голубые полосы на платке. Некоторые местные власти добавляли и свои новации, например в некоторых немецких городах от евреев-мужчин требовалось носить длинные бороды, а в других, наоборот, стричь их через каждые четыре недели. Присягу требовалось приносить, стоя на свиной коже, то есть коже запрещенного для евреев животного, и сам ее текст был полон проклятий и унижений.
Но самым страшным бедствием для иудейских общин, как, впрочем, и для всего населения средневековой Европы, стала эпидемия чумы, разразившаяся в 1348-1349 гг. «Черная смерть» косила людей миллионами, вымирали целые города. Считается, что в это время население Европы сократилось на треть. Люди обезумели от обрушившегося на них бедствия, не понимая его причин. В это время был пущен зловещий слух, будто эпидемия случилась из-за того, что евреи отравили колодцы, чтобы истребить христиан. Одной из причин этого навета было то, что более умеренный, замкнутый образ жизни, лучшая забота о больных, соблюдение завета регулярных омовений снизили смертность иудеев по сравнению с окружающим населением, хотя и у них она была достаточно велика. Первое время действовала булла папы Климента VI, запрещавшая убивать евреев на основании непроверенных слухов. Однако затем население Европы охватил массовый психоз, особенно после того, как, не выдержав жестоких пыток в Швейцарии, один иудей «сознался», что составил яд, которым они отравляли колодцы. С этого момента эпидемия погромов захватила Испанию, Францию, Германию, где уцелела только община в Регенсбурге. Имущество убитых иудеев делилось между феодальными владетелями и городскими магистратами. Примерно в эту эпоху происходил процесс полного изгнания иудеев из стран Европы: из Англии — в 1290 г., из Франции — в 1394, наконец, из Испании — в 1492.
Следует отметить, что иным было положение иудеев в других средневековых христианских государствах — католической Италии и православной Византии. Как ни странно, в стране, являвшейся центром католичества, положение иудеев было гораздо более благоприятным, чем в остальной Европе. Италия в основном избежала еврейских погромов и массовых изгнаний, хотя и здесь известны случаи предъявления евреям нелепых обвинений. В некоторых местах, например в Сицилии, иудеи даже пользовались полным равноправием. Возможно, это объясняется сохранением остатков древней культуры в Италии. Особенно примечательны многочисленные примеры заступничества римских пап, в частности папы Александра III (1151-1181), настоявшего на принятии одним из церковных соборов постановления, запрещавшего принудительное крещение иудеев, беспричинное их преследование и препятствование им в исполнении своей веры. Все это привело к расцвету иудейской науки в Италии, причем иудейские авторы писали свои труды на итальянском языке. Кроме того, итальянские талмудические ученые, подобно своим собратьям в мусульманской Испании, интересовались светскими науками, медициной, филологией. Особо заметное место в еврейской литературе занял поэт Иммануил Римский (1261-1336), именуемый «средневековым Гейне» и друживший с великим итальянским поэтом Данте. Его перу принадлежит комментарий к книгам Пятикнижия, Притчам Соломоновым и другим книгам Танаха. Но особую славу принесли ему «Махбарот» — 28 сборников стихотворений на еврейском языке. Темой последнего сборника является путешествие по аду и раю — сюжет, подобный сюжету поэмы Данте. Следует отметить, что, в то время как Данте отказывает в доступе в рай нехристианам, Иммануил уделяет место в раю всем, кто верил в единого Бога или даже в единую первопричину всего сущего. Нельзя не упомянуть также Иуду Мессера де Леона (14401490), врача и раввина в Мантуе, утверждавшего, что в Танахе действуют те же законы красноречия, что и в античной литературе. Ему принадлежит сочинение по риторике, аналогичное сочинениям Цицерона и Квинтилиана.