В конце III в. в 296 г. египтяне под предводительством Домиция Домициана подняли восстание против римского императора Диоклетиана. Прибывший в Египет правитель Римской империи подавил восстание и издал эдикт, которым повелевалось собрать все старинные книги, учившие тому, как делать золото и серебро, и сжечь их. Это объясняли желанием Диоклетиана уничтожить источник богатства, а вместе с тем и высокомерия египтян. Однако от александрийского периода осталось также и множество герметических текстов, представлявших собой попытку философско-мистического объяснения превращений веществ, среди которых знаменитая «Изумрудная скрижаль» Гермеса Трисмегиста.

После падения Римской империи центр алхимических исследований перемещается на Восток, и арабские учёные становятся главными исследователями и хранителями античных трудов.

В конце VIII века персидский алхимик Джабир ибн Хайян развил теорию Аристотеля о первоначальных свойствах веществ пепле, холоде, сухости, влажности), добавив ещё два: свойство горючести и «металличности».

Он предположил, что внутреннюю сущность каждого металла всегда раскрывают два из шести свойств. Например, свинец — холодный и сухой, золото — теплое и влажное. Горючесть он ассоциировал с серой, а «металличность» с ртутью, «идеальным металлом».

Алхимик в поисках философского камня (Джозеф Райт, 1771 год)

Абу Абдаллах Джабир ибн Хайян аль-Азди ас-Суфи (ок. 721, — ок. 815) — знаменитый арабский алхимик, врач, фармацевт, математик и астроном.

Средневековые алхимики считали уробороса отображением циклического процесса, в котором нагревание, испарение, охлаждение и конденсация жидкости способствуют процессу очищения элементов и преобразования их в философский камень или в золото.

Изображение уробороса в алхимическом трактате 1478 г. Теодор Пелеканос.

Согласно учению Джабира, сухие испарения, конденсируясь в земле, дают серу, мокрые — ртуть. Сера и ртуть, соединяясь затем в различных отношениях, и образуют семь металлов: железо, олово, свинец, медь, ртуть, серебро и золото. Золото как совершенный металл образуется, только если вполне чистые сера и ртуть взяты в наиболее благоприятных соотношениях. Эти принципы обосновывали возможность трансмутации элементов.

Джабир ибн Хайян также ввел представление о некой субстанции, которая может изменить соотношение ртути и серы в любом металле и превратить его в золото. Это можно было сделать при помощи двух препаратов. Наиболее важный из этих двух препаратов, который должен был обладать свойством превращать в золото не только серебро, но и неблагородные металлы, как например свинец, олово и другие, носил название философского камня. Этому средству приписывалась могучая сила: оно должно было не только облагораживать металлы, но и служить универсальным лекарством; раствор его, принятый внутрь в малых дозах, должен был исцелять все болезни, молодить старое тело и делать жизнь более продолжительной.

Другое таинственное средство, уже второстепенное по своим свойствам, носившее название белого льва, белой тинктуры или малого магистериума, ограничивалось способностью превращать в серебро все неблагородные металлы.

Ещё одним важным и неотъемлемым свойством философского камня являлась его способность создать гомункула — существа подобного человеку, которое можно получить искусственным путём.

Один из наиболее известных «рецептов» получения гомункула предложен в XVI веке Парацельсом; учёный считал, что заключённая в особом сосуде человеческая сперма при нагревании и некоторых других манипуляциях (закапывании в конский навоз, «магнетизации») становится гомункулом.

«Вскармливался» гомункул путем добавления в колбу небольшого количества человеческой крови. Время вызревания гомункула, по Парацельсу, — сорок дней, рост гомункула — 12 дюймов Представления о гомункуле отразились во многих средневековых рисунках и литературных произведениях.

После захвата Омейядами Пиренейского полуострова в VIII в. европейская наука получила возможность обогатиться научными достижениями Арабского Востока.

Убежденный в совместимости греческой и арабской науки с христианской доктриной, Альберт Великий способствовал введению философии Аристотеля в схоластические курсы преподавания в Сорбонне (в 1250 г).

Первым европейским алхимиком стал францисканец Роджер Бэкон (1214–1294) (трактаты «Зеркало алхимии», «Отайнах природы и искусства и о ничтожестве магии»), также положивший начало экспериментальной химии в Европе. Он изучал свойства селитры и многих других веществ, нашёл способ изготовления чёрного пороха. Среди других европейских алхимиков следует упомянуть Арнольда из Виллановы (1235–1313), Раймунда Луллия (1235–1313), Василия Валентина (немецкого монаха 15–16 вв.). В те века многие алхимики (настоящие или мнимые) стали пользоваться поддержкой властей. Так, многие короли (Генрих VI, Карл VII) содержали придворных алхимиков, ожидая от них рецепта получения золота.

Император Рудольф II был покровителем странствующих алхимиков, и его резиденция представляла центр алхимической науки того времени. Императора называли германским Гермесом Трисмегистом. Курфюрст Август Саксонский лично проводил опыты в своем дрезденском «Золотом дворце». Дрезден долго оставался столицей государей, покровительствующих алхимии, особенно в то время, когда соперничество за польскую корону требовало значительных денежных расходов.

В первой половине XIV в папа римский Иоанн XXII запретил алхимию в Италии, тем самым положив начало «охоте на ведьм», направленной против алхимиков. Даже Данте в своей «Божественной комедии» определил место алхимиков, как и фальшивомонетчиков, в аду, а если точнее, в круге восьмом, рве десятом.

В XIV–XVI вв. алхимия всё больше теряла свои оккультные качества и всё теснее связывала свои цели с задачами практической металлургии, горного дела, медицины. Наиболее значительный вклад в этот период совершил Парацельс. Он отказался от оккультизма и сосредоточился на проведении физических и химических экспериментов, а также изучении свойств человеческого тела. Парацельс впервые начал использовать химические вещества и минералы в медицине.

По одной из распространённых версий толкования «Изумрудной скрижали», на ней записан рецепт алхимического, философского камня. Согласно легенде текст скрижали был оставлен Гермесом Трисмегистом на пластине из изумруда в египетском храме и обнаружен на могиле Гермеса Аполлонием Тианским, подругой версии — Александром Македонским.

В своём труде «Различные ремёсла» монах Теофиль, настоящее имя которого Рогерус, живший в VII веке на севере Германии, объясняет, как алхимики получают испанское золото.

«Под землёй у них [алхимиков] комната, пол, потолок и стены которой выложены камнем, с двумя маленькими окошками, такими узкими, что через них вряд ли что-то можно увидеть. Они помещают туда старых петухов, лет двенадцати-пятнадцати, и дают им вдоволь корма. Когда те разжиреют, то из-за внутреннего жара в теле начинают спариваться и откладывать яйца. Потом петухов убирают, а для высиживания яиц используют жаб. Их кормят хлебом и иной пищей. Из созревших яиц вылупливаются петушки, похожие на обычных, но через 7 дней у них вырастают змеиные хвосты; если бы не каменные полы, они тот час бы ушли под землю Чтобы не допустить этого, у тех, кто их выращивает, есть большие круглые медные горшки, которые закрываются крышками и по всей поверхности пробиты дырки; цыплят сажают туда, закрывают отверстия медными крышками и зарывают горшки в землю; шесть месяцев цыплята питаются землёй, которая набивается сквозь дырки. Затем крышки снимают и разжигают большой огонь, чтобы животные полностью сгорели.