Речной флот активно участвовал в комбинированных перевозках, когда часть пути грузы следовали по железной дороге, затем перегружались на речной транспорт, а с него — вновь на железнодорожный. Главная цель комбинированных перевозок состояла в том, чтобы максимально разгрузить железнодорожный транспорт и высвободить его подвижной состав для перевозок военной техники, воинских частей, важнейших народнохозяйственных грузов.

Наибольший объем перевозок пришелся на долю центральных бассейнов страны, особенно на Московское и Волжское пароходства. Только из московского Южного порта во время эвакуации ушло с людьми и грузами 437 пассажирских судов и 216 буксиров с 458 баржами. В июле 1941 г. из Москвы было отправлено 218 пассажирских судов и десятки барж, на которых эвакуировалось 110 тыс. человек. Столь значительных речных перевозок Московский порт не выполнял даже в мирное время. Так, за всю навигацию 1940 г. из Москвы на дальние расстояния было отправлено речным флотом 161 тыс. человек. Огромный объем перевозок эвакуированного населения выполнили речники Верхней Волги, где эвакуацией было занято более 1028 пароходов. За навигацию 1941 г. речники Верхневолжского пароходства перевезли 613 тыс. человек, а Нижневолжского — 220 тыс. человек¹⁴.

Речной транспорт сыграл выдающуюся роль в обороне города Ленина, во всей боевой деятельности войск Ленинградского фронта и Краснознаменного Балтийского флота.

Когда в ходе упорных, ожесточенных боев в конце августа 1941 г. противнику ценой огромных потерь удалось прорваться к Неве в районе Ивановских порогов, занять Шлиссельбург, выйти на Свирь и замкнуть кольцо блокады, флот Северо-Западного пароходства лишился возможности доставлять грузы в Ленинград по транзитной водной магистрали и единственным путем, который связывал Ленинград со страной, осталось Ладожское озеро.

Немецко-фашистские захватчики нанесли тяжелый урон речному хозяйству Северо-Западного бассейна. Полностью был выведен из строя крупнейший Новгородский водный узел. Все его причалы, пристани, предприятия были взорваны или сожжены. Подверглись разрушению порты, причалы и большой судоремонтный завод Петрокрепости. Большие повреждения были нанесены хозяйству других участков бассейна.

Еще до блокады Ленинграда, 30 августа 1941 г., Государственный Комитет Обороны принял постановление «О транспортировке грузов для Ленинграда», в котором были намечены первые конкретные меры по организации водных перевозок по Ладожскому озеру¹⁵.

В сложившейся военной обстановке в качестве перевалочного пункта была выбрана станция Заборье в 160 км от Волхова. Поскольку не было необходимой дороги между Волховом и Заборьем, было принято решение проложить для перевозки грузов, предназначенных Ленинграду, автомобильную дорогу протяженностью 200 км с грузооборотом в оба конца 2 тыс. т в сутки. Строительство дороги, связавшей Ладожское озеро со станцией Заборье, было осуществлено за 15 дней силами тыловых воинских частей и колхозников прилегающих селений. Вся тяжесть снабжения населения и защитников города Ленинграда пала на плечи работников этой дороги и речников Северо-Западного пароходства.

В тяжелые дни блокады водный путь через Ладогу стал основной коммуникацией, связывающей город и Ленинградский фронт со всей страной. Хотя перевозка грузов в Ленинград через Ладожское озеро была сопряжена с большими трудностями, речники Северо-Западного пароходства совместно с моряками Ладожской военной флотилии в короткий срок провели огромную работу по налаживанию ладожской коммуникации и обеспечили подвоз продовольствия, боеприпасов, вооружения и пополнений для армии и флота. Здесь была создана судоверфь, построены десятки новых судов для подвоза грузов к Ленинграду.

Несмотря на постоянные налеты вражеской авиации и свирепые штормы, которыми славится Ладога, перевозки грузов велись бесперебойно. Перевозки осуществлялись вплоть до ледостава. За первую осеннюю навигацию 1941 г. в Ленинград было доставлено около 60 тыс. т грузов, преимущественно продовольственных. За навигацию 1942 г. в Ленинград было доставлено более 790 тыс. т различных грузов, половину которых составляло продовольствие. В целом грузооборот превысил 1 млн. т, что дало возможность создать в городе некоторые запасы продовольствия и других видов снабжения¹⁶.

В годы войны речной транспорт активно участвовал в перевозках массовых грузов, крайне важных для фронта и народного хозяйства, на многих реках страны. Лес вывозился по Северной Двине и Каме, цемент и нефть — по Волге. Вверх по Волге нефть шла бесперебойно вплоть до того дня, когда немецко-фашистские войска прорвались к берегу у Сталинграда.

Выход фашистских полчищ в 1942 г. к Волге в районе Сталинграда серьезно нарушил нормальную работу этой важнейшей водной магистрали. В течение всего периода героической обороны Сталинграда Нижневолжское пароходство выполняло задания военного командования. Несмотря на чрезвычайно трудные условия, пароходство успешно решало две главные задачи: обеспечения перевозок военно-оперативных грузов, необходимых для накопления резервов с целью окружения и разгрома группировки войск Паулюса, и непосредственного обслуживания переправ в районе Сталинграда. Работники пароходства транспортировали боеприпасы, военную технику, производили переправу людей, вооружения и выполняли другие ответственнейшие задания командования Сталинградского фронта. Нефтеналивной флот Волги бесперебойно до полного ледостава снабжал горючим тылы и районы непосредственных боевых операций.

Массовые перевозки оперативных грузов на сталинградских переправах начались в конце августа 1942 г. Для их выполнения был мобилизован весь наличный флот, расположенный в районе Сталинградского рейда. К перевозкам привлекались также корабли Волжской флотилии. Организация этих перевозок имела основной целью снабжение всем необходимым героической 62-й армии.

Речники бесстрашно проводили эвакуацию населения с правого берега Волги в Заволжье. Они ежесуточно перевозили до 15 тыс. человек. Сталинградский речной флот в навигацию 1942 г. совместно с железнодорожным транспортом успешно осуществил перевозку хлеба из районов Сталинградской области. С 20 июля по 20 августа 1942 г. на левый берег Волги ежедневно переправлялось около 600 вагонов.

Речники помогли навести через Волгу паромные переправы и осуществить переброску в тыл скота, оборудования и имущества колхозов, совхозов, МТС, предприятий из Воронежской и Тамбовской областей.

Несмотря на большие потери речного флота от вражеской авиации, мин и артиллерийских обстрелов, волжские речники, выполнявшие задания военного командования, оказали неоценимую помощь Красной Армии. Своим героическим трудом они вписали яркую и славную страницу в историю русского речного флота.

Сразу же после изгнания немецко-фашистских захватчиков с родной земли речники совместно с трудящимися освобожденных районов приступили к возрождению речного хозяйства, восстановлению причалов, пристаней, судоремонтных заводов. Развернулись работы по подъему и ремонту судов, затонувших во время военных действий. Уже в 1943 г. водники подняли и отремонтировали десятки пароходов и барж.

Важную роль в улучшении работы речного транспорта сыграл Указ Президиума Верховного Совета СССР от 8 мая 1943 г. о распространении на речной транспорт военного положения, введенного на железнодорожном транспорте. На речников распространялся устав о дисциплине рабочих и служащих железнодорожного транспорта.

Во время навигации 1944 г. речной флот выполнял задания ГКО по обеспечению перевозок необходимых материалов для армии, особенно фронтовыми рейсами буксирных караванов. Речной флот СССР перевыполнил план воинских перевозок 1944 г. на 7,7%.

В 1945 г. советский речной флот перевез 36,9 млн. т грузов и выполнил государственные задания по перевозкам как военных, так и народнохозяйственных грузов. В годы войны речным транспортом из гражданских грузов перевозилось главным образом топливо — нефть, уголь, дрова, причем дрова составляли 75—80% тоннажа общих перевозок топлива. Второе место в общем объеме перевозимых речниками грузов занимали строительные материалы. Доля их в общих перевозках составляла около 8—10%.