Начальный период войны складывался неудачно для Красной Армии и в результате советские войска были вынуждены отступать. Часть территории СССР была оккупирована немецкой армией. В связи с этим некоторые лагеря были расформированы или переведены в другие области Советского Союза. Эвакуация проходила в спешке и с большими потерями контингента лагерей. Только от бомбардировки немцами эшелонов с военнопленными, эвакуировавшимися из Львовского лагеря, погибли 1082 человека[53]. Кроме того, быстрое продвижение частей вермахта значительно затрудняло открытие пунктов для приема пленных. УПВ НКВД развернуло лишь 19 приемных пунктов для военнопленных из 30 предполагавшихся ранее. Дислокация этих приемных пунктов не удовлетворяла нужду фронтов по эвакуации пленных.

К 1 августа 1941 года в распоряжении УПВИ оставалось только три лагеря: Старобельский, Суздальский и Грязовецкий емкостью на 8000–9000 человек УПВИ НКВД, обеспокоенное таким положением дел, к концу 1941 года создало еще три лагеря для содержания военнопленных.

Осенью 1942 года ситуация меняется коренным образом. Красная Армия переходит в наступление. В результате удачных войсковых операций частей Воронежского, Юго-Западного и Донского фронтов количество пленных увеличивается, что в свою очередь приводит к увеличению количества лагерей военнопленных с шести (в начале 1942 г.) до 31 (к 1 января 1943 г.). По состоянию на 1 марта в составе УПВИ НКВД СССР было 35 лагерей: шесть офицерских, 20 для военнопленных рядового состава и 10 приемно-пересыльных лагерей.

В 1943 году количество лагерей, готовых к приему военнопленных армий противника, увеличивается еще на 10 единиц. Они были построены силами самих военнопленных. Вновь созданные лагеря способны были принять 45 тысяч пленных. Помимо этого, вместимость семи ранее существовавших мест для содержания военнопленных увеличил ось с 24 тысяч до 35 800. Более того, в освобожденных районах СССР были восстановлены 18 городков, предназначенных для создания фронтовых приемно-пересыльных лагерей вместимостью более 42 тысяч мест. Таким образом, в результате строительства новых пунктов размещения пленных и приспособления старого жилого фонда для этой цели вместимость лагерей увеличилась на 156 400 мест (или на 247 % к 1941 году) и составила 201 400 мест. К 1944 году лагеря располагались уже в 35 областях и районах Советского Союза.

В июне 1942 года начальник УПВИ майор государственной безопасности Сопруненко подписал «Временное положение о лагерях-распределителях НКВД» и «Временное положение о пунктах НКВД по приему военнопленных». Стоит отметить тот факт, что во время Зимней войны лагерей-распределителей не существовало. Объясняется это небольшим количеством военнопленных. А в лагерях-распределителях во время войны Продолжения предполагалось содержать до 3,5 тысячи пленных. Срок пребывания пленных здесь ограничивался трехдневным карантином, после чего военнопленных направляли в производственные лагеря. Распределители создавались во фронтовом тылу и меняли свою дислокацию в зависимости от обстановки на фронте. Для приема военнопленных каждый лагерь-распределитель имел в своем подчинении приемный пункт. В задачи приемного пункта входило:

— прием военнопленных от воинских частей;

— первичный учет пленных;

— временное содержание пленных и доставка их в лагеря — распределители.

«Временное положение о лагерях-распределителях НКВД» и «Временное положение о пунктах НКВД по приему военнопленных» регламентировали содержание пленных в лагерях и распределителях для военнопленных перед их отправкой в производственные лагеря. Этими же положениями были установлены и нормы продовольственного снабжения военнопленных для различных категорий пленных (больных, находящихся в оздоровительных командах лагерей и т. п.).

В июле 1942 года НКВД СССР издало приказ № 001156 «Об изменении организационной структуры лагерей и приемных пунктов НКВД СССР для военнопленных». В соответствии с этим приказом начальнику УПВИ предписывал ось создать на базе ранее существовавших лагерей шесть лагерей-распределителей для карантина и временного содержания пленных. Для удовлетворения нужд Карельского и Волховского фронтов предназначался Череповецкий лагерь (г. Череповец Вологодской обл.), для Северо-Западного и Ленинградского фронтов — Боровичский лагерь (г. Боровичи Ленинградской обл.).

Одновременно с этим продолжала развиваться сеть приемных пунктов для военнопленных. Если в 1941 году их было 19, то в 1942 году количество приемных пунктов увеличивается до 33. На 1 января 1943 года их было уже 44, а к 1944 году, в соответствии с обстановкой на фронтах, количество приемных пунктов, расположенных в тыловых районах действующей армии, возрастает до 68 единиц. Причем УПВИ НКВД СССР на достигнутом не останавливается — дальнейшее продвижение на запад частей Красной Армии вело к расширению сети мест сбора и временного содержания военнопленных. Увеличение их количества позволило УПВИ удовлетворить потребности фронтов и более или менее успешно решать задачи, связанные с приемом пленных от передовых подразделений армии, распределением их по различным лагерям в соответствии с их воинскими званиями и национальностью.

Схема приема и передачи военнопленных в приемные пункты и лагеря для военнопленных была такова: сначала пленных передавали на приемные пункты военнопленных (ППВ), находившиеся в 20–30 км от линии фронта. Далее их передавали на сборные пункты военнопленных (СПВ), располагавшиеся в 50–70 км от переднего края. После первичной санитарной обработки пленных транспортировали во фронтовые nриемно-пересыльные лагеря (ФППЛ), дислоцированные в 100–150 км от фронта. Затем после непродолжительного нахождения в ФППЛ и оформления соответствующей документации военнопленных направляли уже непосредственно в тыловые стационарные лагеря, где их распределяли по различным лагерным отделениям.

Несмотря на то что УПВИ НКВД СССР не претерпело серьезных структурных изменений вплоть до конца 1944 года, кадровых перестановок избежать не удалось. В июле 1941 года происходят первые кадровые изменения в руководстве Управления. В результате слияния народных комиссариатов внутренних дел и государственной безопасности в один наркомат обязанности по наблюдению за деятельностью УПВИ были возложены на И. А. Серова. 12 февраля 1943 года начальником УПВИ НКВД СССР был назначен генерал-майор И. А. Петров, ранее возглавлявший войска НКВД Западного фронта. Полковник государственной безопасности П. К. Сопруненко с 12.02.1943 становится заместителем начальника УПВИ НКВД СССР. В том же 1943 году вновь происходит замена куратора УПВИ — на место Серова назначается заместитель народного комиссара внутренних дел СССР С. Н. Круглов.

Произведенные перестановки должны были улучшить координацию действий Красной Армии, УПВИ и НКВД по доставке пленных из приемных пунктов в тыловые лагеря и улучшить положение с военнопленными в самих лагерях НКВД, которое в это время было катастрофическим из-за высокого процента заболеваемости и смертности контингента.

Следующим этапом изменений в структуре УПВИ было переименование 11 января 1945 года данной организации в Главное Управление по делам военнопленных и интернированных (ГУПВИ). В связи с этим произошли очередные кадровые перестановки. Начальником ГУПВИ был назначен генерал-лейтенант И. А. Петров. 2 февраля 1945 его сменил генерал-лейтенант М. С. Кривенко, бывший до этого заместителем начальника Главного управления пограничных войск НКВД СССР Первым заместителем и начальником оперативно-чекистского отдела был назначен комиссар госбезопасности 3-го ранга Б. З. Кобулов. Заместителями стали: комиссар госбезопасности Н. Т. Ратушный, комиссар госбезопасности С. И. Шемен, полковник И. П. Воронов (начальник фронтового отдела ГУПВИ). Было создано еще восемь отделов: общий, охраны и режима, трудового использования, санитарный, квартирно-эксплуатационный, материально-технического обеспечения и отдел по вопросам интернированных. Создание последнего отдела было продиктовано необходимостью — в сентябре 1944 года Финляндия выходит из войны, а в октябре 1944 года советские войска выходят на границу Восточной Пруссии. В октябре 1944 года принимается решение о создании дополнительных, фронтовых сборно-пересыльных пунктов уже не только для приема бывших военнопленных, но и репатриируемого гражданского населения. В их задачу входила, помимо медико-санитарной, политико-воспитательной и просветительской работы с поступающим контингентом, фильтрация, то есть отделение бывших военнопленных РККА от гражданского населения с последующей передачей первых в распоряжение действующей армии.