Школа Гелугпа предложила своим последователям иную — меритократическую — модель социальной иерархии: модель, построенную по критерию заслуги, а не исходного обладания знатностью и богатством. Строгость в соблюдении религиозных обетов и получение высокой ученой степени обеспечивали соответствующую позицию в иерархии, где лидерство по праву принадлежало заслуженным, а не знатным и богатым.
Развитие школы Гелугпа в направлении активного включения в борьбу за идеологическое доминирование в Тибете приходится на период после смерти Цзонхавы. Первые атаки на школу были связаны с деятельностью ее монастыря-университета Ташилунпо, основанного, как отмечалось выше, учеником Цзонхавы — Гедундубом на территории Шигадзе, подмандатной клану Ринпунг. Этот аристократический род поддерживал школу Карма-Кагьюпа и не вмешивался в дела Ташилунпо лишь до той поры, покуда семья Пагмоду не утратила своего политического господства. С падением власти Пагмоду клан Ринпунг начал притеснять последователей Цзонхавы. В этой ситуации, чреватой запустением, а возможно, и разгромом монастыря и ущербом для школы Гелугпа в целом, было важно сохранить преемственность руководства. Гедундуб составляет, подобно лидерам школы Карма-Кагьюпа. пророческое завещание, в котором предсказывает появление своего нового человеческого воплощения — тулку — и называет признаки для установления личности «перерожденца». Благодаря этому в новой школе произошла адаптация введенной в рамках традиции Карма-Кагьюпа концепции религиозного главы школы как непрерывной серии человеческих рождений единой персоналии.
Новым воплощением настоятеля монастыря Ташилунпо стал мальчик, родившийся в семье простого крестьянина через год после смерти Гедундуба. Когда ему исполнилось одиннадцать, он принял свои первые религиозные обеты и вошел в сангху монастыря Ташилунпо под именем Гедун Чжамцо. В возрасте двадцати одного года «перерожденец» был посвящен в монашество в монастыре Брайбун. Завершив курс религиозного образования, Гедун Чжамцо приступает к проповеди Дхармы в районах Уй, Цзан, Лока, Дагпо. В 1509 г. в районе Лока им был основан новый монастырь — Чойкорчжал.
Ученики Цзонхавы вели активную проповедь в различных районах Тибета — Кхаме, Нгари, создавали там школьные монастыри. В частности, Тод Шераб Санпо, пройдя курс религиозного образования в Галдане, вернулся к себе на родину в Нгари и там, в местности Манюл, основал монастырь Тагмо, а уроженец Кхама Джансем Шераб Санпо по завершении образования в монастыре Сера направился в Чамдо, где благодаря его усилиям возник монастырь Джамбалин. Подобная деятельность позволила школе Гелугпа в течение нескольких десятилетий XV в. обрести последователей почти повсеместно. Главные монастыри школы — Галдан, Сера и Брайбун — сделались кузницей кадров: здесь получали образование и ученые степени будущие основатели новых монастырей.
В конце XV-начале XVI в., когда политическая власть оказалась полностью в руках аристократической семьи Ринпунг, школа Гелугпа подверглась вытеснению с территории Центрального Тибета. В 1435 г. Шигадзе, столица района Цзан, была захвачена Норцаном из рода Ринпунг, и религиозному главе школы Гедун Чжамцо в административном порядке запретили вести проповедь Дхармы в районах Центрального Тибета. К этому времени Гедун Чжамцо был избран на пост настоятеля монастыря Брайбун, а вслед за тем он возглавил и монастырь Сера. В Брайбуне для религиозного главы школы Гелугпа построили резиденцию, получившую название Гандан Пходанг. Она предназначалась не только для временного проживания, но и служила местом ведения проповеди, аудиенций, когда Гедун Чжамцо навещал Брайбун.
В 1498 г. Дондуб Дордже из рода Ринпунг осуществил вооруженный захват власти в Лхасе при активном участии религиозных последователей Карма-Кагьюпа. Вплоть до 1517 г., когда войска, руководимые десятым главой школы Пагмо-Кагьюпа, вытеснили Ринпунгов из Лхасы, монахи Брайбуна и Сера подвергались непрерывному давлению — им даже было запрещено участвовать в ритуалах празднования Мон лама. Этот праздник был введен в буддийский календарь Цзонхавой и содержательно представлял собой идеологическую реинтерпретацию автохтонного Нового года в контексте учения Будды.
Мон лам (Мон лам чен мо) — «Великое Моление» — проводился в течение трех недель первого месяца празднования Нового года. По мысли Цзонхавы, начало каждого годичного цикла должно было сопровождаться осуществлением масштабного ритуального сценария, направленного на единение тибетского буддийского монашества. Монахи и монахини, принадлежавшие к различным школам, собирались в Лхасе для совместного моления во благо всех живых существ и чтения соответствующих «очистительных» текстов. Власти предержащие и миряне получали возможность выказать свою преданность Дхарме и обрести религиозную заслугу, одаривая монашество подношениями — лекарствами, пищей, тканями для облачений и т. п. Ритуальный сценарий включал также и проведение публичного межшкольного философского диспута. Цзонхаве не только удалось внедрить традицию празднования Мон лама в древней столице Тибета — Лхасе, но и получить одобрение на личное руководство его проведением. Ринпунги не покушались на эту традицию, захватив господство над Лхасой, — празднование Мон лама имело место и в период гонений на школу Гелугпа, но ее последователи были отрешены от ритуальных действий.
Несмотря на жесткое неприятие со стороны правящей семьи Ринпунгов, авторитет школы Гелугпа возрастал среди значительной части населения, численность монашества трех главных монастырей — Галдан, Сера и Брайбун — неуклонно увеличивалась. Известно, что еще при жизни Гедун Чжамцо количество монашествующих в Брайбуне достигло 1500 человек. К середине XVI в. это был один из крупнейших монастырей-университетов Тибета.
В 1542 г. Гедун Чжамцо в возрасте пятидесяти восьми лет утратил человеческую форму существования, и через год был обнаружен очередной «перерожденец» религиозного лидера школы Гелугпа. Им был признан младенец, родившийся в 1543 г. Новый тулку принадлежал к мелкому аристократическому роду, связанному цепочками браков и с некогда могущественным семейством Сакья, и с кланом Пагмоду. В возрасте четырех лет он был взят из родительской семьи в монастырь Брайбун, а в семь лет уже принял послушнические обеты. Когда «перерожденцу» исполнилось одиннадцать, монашеская сангха избрала его настоятелем Брайбуна. В возрасте двадцати двух лет новый глава школы Гелугпа — Соднам Чжамцо принял полное монашество. Подобно Гедун Чжамцо, Соднам Чжамцо одновременно руководил монастырями Брайбун и Сера. В его обязанности также входило отправление всех крупных ритуальных служб монастыря Ташилунпо.
Соднам Чжамцо удалось заручиться поддержкой со стороны влиятельных членов семьи Пагмоду и личным покровительством главы рода Хор Шонну Санбо — Хор Соднам Дарчжая, прямого потомка министра Тайситу Чанчуб Чжалцана. Поиски патронирования представляли важную задачу, поскольку в XVI в. школа Гелугпа переживала самый тяжелый этап своего утверждения среди других школьных традиций, давно закрепившихся на различных территориях Тибета и пользовавшихся экономической поддержкой и покровительством местной аристократии.
В 70-х годах XVI в. Соднам Чжамцо совершает несколько поездок в Монголию с целью пропагандирования школы Гелугпа и привлечения новых последователей. В тибетской историографии позднего средневековья утвердилось мнение, что именно правитель тумэтских монголов Алтан-хан (1507–1582) искал встречи с религиозным главой этой школы. К XVI в. единая Монгольская империя распалась на три крупных этнополитических территориальных образования — Южную Монголию (Чахарское ханство), Северную Монголию (Халха) и Западную Монголию, где в начале XVII в. появляется Джунгарское ханство. После смерти Великого Всемонгольского хана Бату-Мункэ (годы правления 1479–1543), более известного как Даян-хан, добившегося временной консолидации монгольских микроэтносов в единое политико-административное целое, монгольское государство распалось и было разделено между его потомками. В альянс мелких княжеств Южной Монголии вошли тумэты, ордосцы и чахары, причем при главенстве тумэтских монголов. В течение XVI в. прямые потомки Даян-хана формально сохраняли за собой титул Всемонгольских ханов — хранителей сакральной силы. Однако прежняя автохтонная концепция сакральной природы власти Всемонгольских ханов оказалась не способной в новых условиях этнополитической территориальной раздробленности идеологически объединить Монголию. В этом контексте попытки правителя тумэтских монголов Алтан-хана установить автономные дипломатические отношения с Китаем и одновременный поиск нового идеологического инструмента легитимации политической власти в пределах всей Монголии свидетельствовали об отмирании автохтонной идеологии Всемонгольской империи.