Повстанческая армия имела сначала трех, а под конец двух главнокомандующих. Некоторые современники (Стадницкий, Паэрле) считали верховным предводителем Пашкова. Положение Москвы было бы еще худшим, писал Паэрле, если бы царь и бояре не поймали в свои сети начальника мятежников Пашкова.
Автор английского донесения 1607 г. знал об острых разногласиях «между двумя главными начальниками лагеря мятежников», из-за чего Пашков и переметнулся в Москву.
Описывая раздор двух вождей, Буссов отметил, что Болотников пожелал себе лучшее место стоянки (Lager-Stelle).
Предводители повстанцев спорили за право занять царскую резиденцию в Коломенском.
Пашков прибыл в Коломенское первым, и никто не мог помешать ему остановиться в царском дворце. После подхода Болотникова между ними разгорелся спор.
Пашков первым поднял знамя восстания, одержал победу под Троицким и приступил к осаде Москвы. Болотников пытался самостоятельно пробиться к столице, но потерпел поражение и явился в Коломенское с запозданием. Добиваясь первенства, Болотников ссылался не на свои победы, а на царскую грамоту: сам царь «Дмитрий» назначил его главнокомандующим.
Василий Шуйский знал о распрях в Коломенском и постарался использовать момент. Его люди вручили Пашкову большую сумму денег. Золото развязало язык сотнику. Он заверил посланцев Шуйского, что до сих пор никто не видел живого «Дмитрия» и даже в Путивле о нем знают не больше того, что было сообщено в первые дни восстания Шаховским.
Пашков заявил, что не знает, жив ли «Дмитрий» или поляки вследствие происков Шаховского выдвинули нового самозванца. Автор английского донесения подтверждает достоверность приведенных Буссовым сведений. Согласно английской версии, царь добился от Пашкова признания, что слух о спасении «Дмитрия» является «ложной выдумкой».
В конфликт, вызванный личным соперничеством, оказались вовлечены многие служилые люди. Явившиеся в Москву перебежчики заявляли, что у повстанцев «половина войска принуждена от более сильной партии, и она (слабая партия. — P.C.) охотна к заявлению покорности великому князю» (Шуйскому).
После двукратной неудачи повстанцы окончательно упустили инициативу из своих рук. Иван Крюк-Колычев получил приказ спешно возвращаться в Москву из района Можайска, где он соединился со смоленскими отрядами.
На помощь царю стали прибывать также служилые люди из «замосковных» городов.
Казаки обороняли «гуляй-город» в деревне Заборье, неподалеку от стен города. 30 ноября Иван Шуйский вместе со Скопиным осадили их лагерь. В Разрядах значится: «Как смольяне пришли к Москве, и из городов из замосковных почали збиратца, а из воровских полков переехали Коробьины и иные резанцы, и царь Василей послал на воров бояр и воевод… наперед шел в полку… князь Иван Иванович Шуйский, да князь Иван Васильевич Голицын, да Михайло Васильевич Шеин; в другом полку бояре и воеводы князь Михайло Васильевич Шуйский, да князь Андрей Васильевич Голицын, да князь Борис Петрович Татев».
27 ноября боярину Мстиславскому не удалось навязать бой противнику. Вскоре Иван Шуйский и Скопин двинулись к Заборью, чтобы разгромить передовые силы мятежников.
Осознав опасность, Болотников 2 декабря выступил из Коломенского на помощь казакам. Путь им преградил Иван Шуйский. Столкновение переросло в генеральное сражение, которое началось крайне неудачно для мятежников.
Болотников выслал вперед Истому Пашкова с пятью сотнями воинов. Когда войска сблизились, Пашков сдался воеводам. Измена вызвала замешательство в рядах повстанцев. Наступил решающий момент битвы. Полки Ивана Шуйского и Михаила Скопина, отрядив часть сил против казаков в Заборье, атаковали армию Болотникова в Коломенском. Мятежники не выдержали атаки и обратились в бегство. Их лагерь достался воеводам со всем, что там было.
От Коломенского Иван Шуйский вернулся к Заборью и обрушился всеми силами на окруженных казаков, «со всеми ратными людьми приступаху к Заборью». Сражение за Москву вступило в завершающую фазу.
Трехдневная осада подорвала силы казацкого войска в Заборье. Разгром главных сил поставил его в безвыходное положение. Часть казаков заявила о прекращении сопротивления, другие решили драться до последнего. Пользуясь раздором в лагере, царские ратники ворвались в обоз и взяли его приступом, «а иные (казаки. — P.C.) здалися за крестным целованием». Добровольно сдавшиеся казаки были приняты на царскую службу: «которые казаки в Заборье в осаде сидели, и те государю добили челом… и крест целовали, что ему государю служить». Вскоре же их поверстали на царскую службу. «Того же году, — значится в Разрядах, — разбирали и переписывали заборских козаков дворяня: Богдан Сабуров, Иван Микифоров сын Чепчугов, Володимер Игнатьев сын Вишняков, Ондрей да Григорей Микитины дети Ржевские». Судя по числу дворянских голов (полковников), проводивших перепись, количество сдавшихся казаков было весьма значительным.
По данным Буссова, воеводы окружили 10 тысяч казаков, из которых Шуйскому стали позже служить четыре тысячи человек.
Царь Василий приказал разместить добровольно сдавшихся казаков на постой в Москве и «повеле им давати кормы и не веле их ничем тронути, тех же воров, которые пойманы на бою, повеле их посадити в воду».
Несколько дней спустя после сражения Разрядный приказ послал на поле боя под Коломенским людей «смотреть в трупу в побитых людех… Ивашка Болотникова да Юшка Беззубцова з детми».
Шуйский поспешил известить города, что его воеводы «воров побили наголову, а Истому Пашкова да Митку Беззубцова и многих атаманов и казаков живых поймали…».
Царь не желал признать, что выиграл битву, подкупив Истому Пашкова. Особое внимание властей к персоне казачьего атамана Юрия Беззубцева с сыновьями доказывает, что по своему авторитету он не уступал другим вождям.
Вольные казаки рассчитывали восстановить на троне «законного» царя и получить от него жалованье. Но «Дмитрий» все не появлялся. Между тем московский великий государь неустанно убеждал повстанцев покинуть мертвого Растригу. Перейдя в лагерь царя, казаки могли получить денежное жалованье, а их атаманы — поместья.
На исход борьбы под Москвой оказало влияние то обстоятельство, что правительственные войска вели войну, опираясь на мощные укрепления Москвы. Если бы Болотников, потерпев поражение в открытом поле, решил сесть в осаду в селе Коломенском, его армию постигла бы судьба казацкого табора в Заборье.
Отказавшись от обороны Коломенского, Болотников избежал больших потерь. По данным летописца, воевода князь Скопин и другие воеводы «живых взял седьм сот человек, да побили 2000». Приведенные цифры, по-видимому, включали все потери повстанческой армии. Наибольшие потери понесло казацкое войско в Заборье. Фактически армию Болотникова спасло сопротивление заборских казаков.
Болотников с атаманами и казаками привел в Калугу «всяких людей огненаго бою больши десяти тысяч, а иные всякие воры с розгрому же ис-под Москвы прибежали на Тулу и сели в Туле многие ж люди с вогненным боем».
Повстанцы сохранили оружие, и это значит, что они отступали в относительном порядке.
Одержав верх над восставшими под Москвой, Шуйский 5 декабря 1606 г. обратился к городам с грамотой, в которой писал, что «дворяне и дети боярские резанцы, коцшряне, туляне, коломничи, алексинцы, колужане, козличи, мещане, лихвинцы, белевцы, болховичи, боровичи, медынцы и всех городов всякие люди нам добили челом и к нам все приехали, а в городех у себя многих воров побили и живых к нам привели и город(а) очистили». Царь не очень заботился об истине, выдавая желаемое за действительное. В начале декабря 1606 г. восставшие прочно удерживали в своих руках Тулу, Калугу, Козельск, Белев, Волхов. Рязань и Мещевск сдались позже, после прибытия в эти города правительственных войск.
Грамота Шуйского при всей ее тенденциозности является важнейшим документом по истории бунта Болотникова. В публичном заявлении царь вынужден был признать крайне неприятный для него факт массового участия в восстании дворян и детей боярских южных уездов. В воззвании Шуйского упоминалось 13 мятежных городов. Из них лишь четыре лежали в полосе наступления Пашкова. Через остальные наступал Болотников, а отсюда следует, что дворяне и дети боярские из этих уездов подкрепили его войско.