В местах дислокации наибольшую опасность представляли воздушные атаки. Надежно укрытые и замаскированные, катера становились легкой добычей американской авиации во время тренировок японских водителей. Свою лепту вносила непогода: около десятка катеров было потеряно во время тайфуна.

Неудовлетворительное обеспечение, болезни, низкое качество техники, противодействие противника — все это отрицательно сказалось на качестве подготовки водителей. Оно было крайне низким и компенсировалось присущим японцам высоким боевым духом и желанием умереть во имя императора. Но этот боевой дух лишь дезориентировал командование, позволяя ему выдавать желаемое за действительное. На самом деле боевая часть катеров была ненадежной и конструктивно недоработанной. И если с этим и можно было как-то бороться, то улучшить работу ненадежных автомобильных моторов не было никакой возможности. Их частые поломки, склонность к возгораниям, а также спешка, с которой готовились к боевым действиям катера и их экипажи, часто приводили к гибели людей и техники. Так, 23 декабря 1944 года при запуске по тревоге загорелся мотор одного из катеров. Огонь мгновенно охватил стоявшие борт о борт машины. Последовавшие взрывы почти полностью уничтожили дивизион № 9 вместе с экипажами. Таким образом, пренебрежение мерами безопасности, отсутствие квалифицированных механиков и средств тушения огня, нехватка опыта эксплуатации, вождения и боевого применения самым негативным образом сказались на ходе боевых действий с использованием японцами своих взрывающихся катеров.

9 января 1945 года американские войска начали высадку в заливе Лингаен на острове Лусон. Они быстро захватили плацдарм и закрепились на берегу, ожидая на следующий день подхода основных сил.

В пяти милях северо-западнее американского плацдарма располагалась база катеров «Мару-ни» 11-го и 12-го "морских десантно-дивизионных отрядов" общей численностью около 90 единиц.

Под покровом темноты 10 января, в три часа ночи, отряд японских катеров с приглушенными моторами подошел к американской якорной стоянке. На борту многих отправившихся в бой катеров, помимо штатных водителей, находилось по нескольку добровольцев из числа обслуживающего персонала. Вооруженные винтовками, гранатами и бутылками с горючей жидкостью, они горели желанием погибнуть со славой. Следует отметить, что и «Мару-ни», и «Синьё» не имели приспособлений для жесткой установки руля. А это значит, что водители катеров, будучи на боевом курсе, не могли их покинуть. Отказываясь от таких приспособлений, водители руководствовались собственными понятиями храбрости и чести.

Первым было атаковано десантное судно LST-925. Три катера на скорости 20 узлов прошли вдоль бортов корабля, сбросили глубинные бомбы с задержкой в 4 секунды у самых его уязвимых частей (например, в районе винтов) и вернулись на базу.

Большая же часть «Мару-ни» шла на таран. Пик атаки пришелся на период с. 4–00 до 5-00 часов. Корабли американцев и их союзников оказались в стесненных условиях. Их маневрирование было затруднено, и в результате два транспорта и десантное судно сели на мель. Усугубляла общую неразбериху и суматоху паника: мерещились боевые пловцы, сверхмалые подводные лодки… Такие опасения имели под собой почву — к этому времени союзники уже в достаточной мере испытали на себе действия летчиков-смертников, вселявших в американских моряков какой-то мистический ужас. Именно на Филиппинах американцы столкнулись в боевой обстановке сразу и с камикадзе, и с взрывающимися катерами. Между тем роль боевых пловцов-самоубийц выполняли японские водители катеров. Неизвестно, какой ущерб они сумели нанести американцам, но то, что бросали гранаты в корабли союзников, яростно сопротивлялись и демонстративно отказывались от спасения, даже будучи в воде, — подтверждается многими очевидцами.

Результаты первого боя «Мару-ни» едва ли можно назвать успешными. Таранными ударами катеров были потоплены три переоборудованные в корабли огневой поддержки десантные баржи типа «LCI», три десантных судна и один транспорт были серьезно повреждены, семь — получили незначительные повреждения. Также пострадал эсминец «Робинсон», поразив у себя под бортом «Мару-ни». В то же время было уничтожено около половины всех катеров, участвующих в операции, — четыре с половиной десятка.

Первое боевое применение японцами взрывающихся катеров настолько напугало командование американского флота, что оно срочно перебросило с юга Филиппин несколько флотилий торпедных катеров и приняло дополнительные меры по защите десантных судов.

Американцы развернули активный поиск баз японских катеров. Используя радиоперехват, авиационную и иные виды разведывательной информации, они сумели воздушными ударами и артиллерийским огнем уничтожить многие из них и полностью завладели инициативой.

Японцы, за исключением нескольких массированных атак, в основном вынуждены были проводить рейды небольшими группами катеров. Технически несовершенные, они могли использоваться лишь в прибрежных водах. Их тщательно прятали у берега или на специальных тележках укрывали на побережье. Эффективность действий взрывающихся катеров во многом зависела от их технических характеристик. Последние по многим показателям были неудовлетворительными. Например, явно недостаточная скорость сводила на «нет» эффект внезапных атак на американские корабли, которые имели достаточно времени на организацию плотного заградительного огня на пути катеров.

В ночь на 1 февраля около 20 катеров «Синьё» предприняли атаку американских десантных судов в Насугбу, что в Южном Лусоне. Как и прежде, удача им не сопутствовала: таранным ударом был потоплен лишь катер-охотник PC-1129. Американские транспортные и десантные суда не пострадали. Однако американцы по ошибке потопили два собственных десантных катера. «Синьё» понесли тяжелые потери и были почти полностью уничтожены.

Ночью 10–11 февраля несколько «Синьё» предприняли очередную атаку, пытаясь помешать американским судам обстреливать остров Коррехидор, расположенный на пути в Манильскую бухту. Однако и они были полностью уничтожены.

Последнюю попытку атаковать американский десант на Филиппинах «Синьё» осуществили 15 февраля. Базировавшимися на острове Коррехидор катерами командовал капитан-лейтенант Оямада. Около 50 катеров выкатили на тележках из укрытий, и они устремились в атаку. "Сотрясатели моря" были встречены огнем переоборудованных в корабли огневой поддержки десантных барж типа "LCI".

Артиллеристы «LCI-27» потопили 6 «Синьё». Лишь седьмой катер сумел прорваться сквозь огонь и тяжело повредил баржу. В этой отчаянной схватке американцы потеряли также баржи «LCI-7», "LCI-26", "LCI-49".

Однако на базу не вернулся ни один япрнский катер. Оставшийся в живых технический персонал сражался вместе с защитниками острова и погиб в боях.

Бесславно закончилась попытка японцев использовать взрывающиеся катера «Синьё» при защите острова Иводзима. Два их дивизиона были переброшены на остров и тщательно укрыты как раз накануне высадки десанта США. Американцы в поисках оптимальной тактики по овладению сильно укрепленными островами подвергли Иводзиму невиданному до сих пор авиационному и артиллерийскому обстрелу. Японский гарнизон, укрывшись в пещерах, пострадал не сильно, но взрывающиеся катера были почти полностью уничтожены.

Остров Окинава для японцев имел жизненно важное значение. Вот почему сражение за него было упорным и жестоким. Взрывающимися катерами «Синьё» в количестве двух дивизионов, а также эскадрой сверхмалых лодок (7 единиц) командовал контр-адмирал Ота Минору.

22-й дивизион «Синьё» с 45 катерами размещался возле Тинена на юго-востоке Окинавы. Неожиданный налет американской авиации уничтожил несколько катеров. Погибло 15 водителей.

42-му дивизиону пришлось еще хуже. На его базу в Ионабу (на юго-востоке Окинавы) было доставлено всего 17 катеров.