Фашистские оккупанты при помощи массового террора, лживой пропаганды и специальных мер пытались задушить партизанское движение в Молдавии в самом его зародыше. Для борьбы с партизанами в населенных пунктах из полицейских и жандармов создавались специальные команды, формировались банды из кулаков и националистов. В лесных районах и вблизи важных объектов размещались «вспомогательные территориальные охранные части», создавалась широкая сеть шпионов и провокаторов, которые, выполняя свою гнусную роль, выдали ряд подпольных организаций и партизан. Было введено заложничество, которое фактически стало массовым уничтожением трудящихся Молдавии без какого-либо следствия и суда. В июле 1941 года в городе Бельцы в бессильной злобе на партизан оккупанты расстреляли 70 человек заложников из местного населения. Для устрашения трудящихся оккупанты широко оповещали в приказах и объявлениях о произведенных ими расправах. Из этих приказов и объявлений видно, как широко применяли фашистские оккупанты массовый террор против трудящихся. Так, в одном из объявлений, вывешенном в городах и селах Молдавии 1 сентября 1941 года, говорилось: «Советские агенты из сел, расположенных по дороге к городу Бендеры, стреляли в солдат румынской армии. В наказание были расстреляны по 5 человек из числа подозрительных и советских партизан в следующих селах: Броаска, Сынжера, Мирень, Кетроса-пе-Бык, Кетроса Нямц, Тодорошеты, Кирка, Цинцарены, Соколены, Сопрония, Албаница, Новые Анены, Старые Анены, Бульбока, Рышканы, Гуцелешты и Калфа. Кроме того, из всех указанных сел взяты по 5 человек заложников».
Из текста объявления вытекает, что за одно нападение группы партизан, в одном определенном месте оккупанты расстреляли 90 мирных жителей и взяли 90 заложников из сел, прилегающих к дороге на всем протяжении от Кишинева до Бендер.
В Кишиневе, Оргееве, Кагуле, Рыбнице, Дубоссарах, Единцах, Вертюжанах, Новых Аненах и других населенных пунктах Молдавии были созданы концлагеря, в которых под пытками уничтожены тысячи советских граждан. Только в Дубоссарах 12 сентября 1941 года расстреляно 2500 человек. Оккупанты объявили награду предателям за каждого выданного ими партизана от 10 до 25 тысяч лей и земельные участки в 1–2 гектара.
Осень 1941 года была наиболее трудным периодом в деятельности партизанских отрядов и групп на территории Молдавии. Героическая оборона Одессы вдохновляла партизан на подвиги, они ощущали близость фронта, получали некоторую поддержку. После же эвакуации наших войск из Одессы фронт внезапно отодвинулся на сотни километров на восток. В это время фашистское командование бросает против партизан крупные карательные отряды. Леса окружались цепями фашистских войск и прочесывались. Возле населенных пунктов выставлялись засады. Вооруженный до зубов противник все чаще навязывал партизанам неравные бон, из которых они нередко выходили с большими потерями. Партизанские отряды и группы все острее ощущали недостаток самого необходимого — оружия, боеприпасов, медикаментов, продовольствия и теплого обмундирования. В неравной борьбе многие партизаны проявили чудеса храбрости, дрались до последнего патрона, но не сдавались врагу.
Успех партизанской борьбы немыслим без прочных и широких связей с населением. Однако в тот период такие связи только начинали складываться и устанавливать их приходилось в обстановке разгула фашистского террора. Задача создания на оккупированной территории республики руководящего центра по руководству подпольно-партизанской борьбой, несмотря на меры, принимаемые ЦК КП(б) Молдавии, осталась не выполненной. Устойчивая связь партизанских отрядов и групп с ЦК КП(б) Молдавии отсутствовала.
Все это не могло не отразиться отрицательно на боевой деятельности партизан. В силу этих и ряда других причин партизанские отряды и группы, действовавшие на территории Молдавии в первое время ее оккупации, не смогли закрепиться на оккупированной территории. Часть из них в полном составе погибла в тяжелых боях с фашистскими карателями, а часть была рассеяна, и отряды распались. С осени 1941 года до середины 1943 года основной формой сопротивления трудящихся Молдавии оккупантам стала диверсионная и агитационно-пропагандистская деятельность подпольных организаций и под их воздействием саботаж мероприятий оккупантов трудящимися республики.
Огромная военная и административная машина оккупантов была обрушена не только на партизан, но и на подпольщиков. Отсутствие опыта подпольной работы в условиях фашистской оккупации, недостаточное соблюдение подпольщиками правил конспирации, проникновение в их ряды неустойчивых элементов, а в ряде случаев вражеской агентуры, привело к провалам ряда подпольных организаций.
В конце июля 1941 года постигла тяжелая участь подпольную организацию села Белявинцы Бричанского района. В сентябре — начале октября 1941 года «за организацию банды с целью разрушения железных дорог, саботажа, шпионажа и покушения на военных и гражданских ответственных работников», — как писала 1 ноября 1941 года фашистская газета, были схвачены агентами сигуранцы участники трех подпольных организаций города Кишинева, которые состояли из рабочих обувной фабрики им. 28 июня, трамвайного парка, радиостанции и других предприятий. Среди арестованных были К. Г. Мельников, Б. М. Дейч, П. П. Фрунзе, В. И. Оника, В. А. Недорубан, Н. Ф. Грицко и другие патриоты. Большинство из них приговорены к смертной казни, а остальные осуждены на длительные сроки каторги и тюремного заключения.
В начале марта 1942 года арестованы выданные провокаторами члены подпольной организации г. Кагула. Провалы имели место среди подпольных организаций Бендер, Леово, Слободзеи, Дубоссар, Тирасполя, Кухурешт и других населенных пунктов Молдавии.
Схваченные советские патриоты подвергались нечеловеческим пыткам в застенках сигуранцы. «При первом допросе меня били, пока я не потерял сознание, — писал накануне расстрела член кишиневской подпольной организации Н. Ф. Грицко, — затем меня полили водой и вновь били. Мне сломали пальцы рук, зажимая их между дверьми».
Но никакие пытки не смогли сломить волю советских людей. Мужественно перенесли пытки в застенках жандармерии члены подпольной организации села Белявинцы Бричанского района Иосиф Нельсон и Мария Рябая. Иосифа Нельсона пытали раскаленным железом, выжигали на теле пятиконечные звезды. Но мужественный советский патриот молчал. Иосиф Нельсон был расстрелян. Пять суток мучили на допросах Марию Рябую, но так и не получили от нее сведений о подпольщиках. Перед расстрелом мужественная советская патриотка смело бросила в лицо карателей слова: «Да здравствует победа, Советская власть!»
Мужественно вели себя приговоренные к смертной казни семнадцать подпольщиков Кишинева. Они шли на расстрел босыми по рано выпавшему снегу, связанные друг с другом проволокой, с высоко поднятыми головами, пели революционные песни. Старый коммунист Кузьма Мельников перед смертью крикнул: «Да здравствует Советская власть! Я погибну, но придут другие и вы будете уничтожены».
Активный участник бессарабского коммунистического подполья Ш. Рабинович (конспиративное имя В. Ф. Мунтян), оставшийся по заданию в подполье, был арестован в начале августа 1941 года во время проведения агитационной работы в селе Будешты. Долго истязали агенты сигуранцы советского патриота, но в протоколе допроса они смогли записать только следующее: «Указанный отказывается дать показания в письменном виде, устно же он заявляет, что независимо от тех или иных изменений в ходе войны победа будет за Советским Союзом… Он отказывается сообщить о полученном задании со стороны Советов». Через несколько дней патриот умер от пыток, так и не дав показаний. После зачтения в кишиневской военной тюрьме приговора по кагульской подпольной организации один из ее руководителей Михаил Красный, приговоренный к смертной казни, обращаясь к товарищам, осужденным к каторжным работам, сказал: «Ничего, ребята, придет время — король Михай и его трон исчезнут. Наступит свободная жизнь. Вы увидите коммунизм. Не забывайте нас. И отомстите за нас предателям».