Самураи обладали эксклюзивным правом на ношение оружия и на обладание фамилиями (остальные японцы получили фамилии только в эпоху Мэйдзи, 1868–1911). За оскорбление, нанесенное представителем несамурайского сословия, воин имел право зарубить обидчика на месте. Заключение браков между членами разных сословий было строжайше запрещено (запрет можно было обойти при помощи процедуры усыновления/удочерения).
Подчинив к 1591 г. всю Японию, Тоётоми Хидэёси строил планы установления мирового господства: захвата Кореи, Китая, а затем и Индии. Хидэёси потребовал от вана (правителя) Кореи оказать содействие Японии в покорении Китая. Но ван отказался поддержать японцев и пропустить их в Китай через свою территорию. В 1591 г. Хидэёси распорядился начать приготовления к вторжению в Корею.
23 мая 1592 г. японские войска (около 160 тысяч человек) высадились в порту Пусан. Уже на следующий день Пусан пал, а японцы начали продвижение к столице Кореи Сеулу. 12 июня Сеул был занят без боя, а 22 июля пал Пхеньян.
Однако вскоре развернулось партизанское движение. Одновременно весьма успешно начал действовать корейский флот, перерезавший морские коммуникации японцев. Кроме того, корейцы получили военную поддержку от Китая. 8 февраля японцы оставили Пхеньян, а 18 апреля — Сеул. Они вывели из Кореи большую часть войск, начались длительные переговоры с Китаем.
Жесткая позиция Хидэёси (он требовал отдать в жены японскому императору дочь китайского императора, передать Японии почти половину территории Кореи, и т. д.) и высокомерный тон сделали бы переговоры невозможными, если бы японские переговорщики не подделали письмо Хидэёси китайскому императору. В фальшивке Хидэёси почтительно испрашивал у императора пожалования ему титула «ван».
Благодаря фальшивке переговоры значительно продвинулись. Но когда Хидэёси понял, что ни одно его требование не выполнено, а ему самому пожалован лишь титул, означавший признание им китайского вассалитета, он пришел в ярость. Военная кампания возобновилась в августе 1597 г. Второй поход оказался еще менее успешным, японцы не дошли до Сеула, встретив серьезный отпор корейско-китайских войск как на суше, так и на море. После смерти Хидэёси в 1598 г. вновь начались мирные переговоры.
Японские войска в Корее действовали исключительно жестоко, перебив тысячи корейцев, в том числе мирных жителей. Мирный договор между Японией и Кореей был заключен в 1609 г., японцы получили право торговли с Кореей в порту Пусан. Вплоть до XIX в. Корея оставалась единственной страной, с которой у Японии наладились официальные дипломатические отношения. Правда, посольства в Эдо прибывали также из королевства Рюкю, расположенного на одноименных островах. Но фактически Рюкю в 1609 г. было присоединено к японскому княжеству Сацума и лишь для сохранения торговых отношений с Китаем продолжало называться королевством, признавая себя вассалом Китая.
Одной из самых острых проблем для «объединителей» Японии оставался вопрос легитимизации власти. Ни Ода Нобунага, ни Тоётоми Хидэёси не получили титула «сёгун»; формально его мог даровать только император. Оба «объединителя» использовали императорский двор для укрепления своих позиций, получив назначения на высокие должности. Нобунага в 1578 г. был назначен Правым министром. Хидэёси в 1585 г. занял высшую придворную должность кампаку (канцлер), а затем стал тайко (регент при императоре). Простолюдину по происхождению, Хидэёси пришлось также прибегнуть к процедуре усыновления древним аристократическим родом Фудзивара. Правда, преемственности власти должности не гарантировали.
Пытаясь решить эту проблему, Хидэёси назначил наследником своего сына Хидэёри (1593–1615), а до достижения им совершеннолетия управлять страной должен был совет из пяти крупнейших даймё — Токугава Иэясу (1542–1616), Маэда Тосииэ, Мори Тэрумото, Кобаякава Кагэкацу и Укита Хидэиэ. Однако после смерти Хидэёси, скончавшегося от болезни в 1598 г., даймё вступили в борьбу за власть. К 1600 г. в стране сложилось две коалиции: западная, признававшая законным преемником Хидэёри, и восточная с Токугава Иэясу во главе, признававшая гегемоном Иэясу. 21 октября 1600 г. в битве при Сэкигахара (совр. префектура Гифу) 70-тысячное войско во главе с Токугава Иэясу одержало победу над 80-тысячным войском западной коалиции. В 1603 г. указом императора Гоёдзэй (1586–1611) Иэясу был назначен сёгуном. В ходе зимней кампании 1614 г. и летней 1615 г. замок Хидэёри был захвачен и сожжен, а он сам и его мать совершили самоубийство.
Еще до решающей битвы Иэясу позаботился о генеалогическом обосновании своих претензий на власть, возведя свое происхождение к роду Гэндзи (Минамото) — старейшему и влиятельнейшему из военных кланов. Представитель этого рода, Минамото Ёритомо, основал первый в истории Японии Камакурский сёгунат (1192–1333). В 1605 г. Иэясу передал должность сёгуна своему третьему сыну Хидэтада (1579–1632), получил назначение на должность «кампаку» и почетный титул «огосё» (отрекшийся сёгун) и формально удалился от дел, хотя фактически сохранил все нити управления в своих руках. Иэясу позаботился о соблюдении впредь четкого порядка передачи власти: титул сёгуна должен был переходить к старшему сыну в его семье. Династия Токугава просуществовала с 1603 по 1867 г.
Начало правления Токугава ознаменовалось изменениями во внешней политике, связанными с резким ужесточением отношения к христианам. Во многом эта политика была вызвана опасениями усиления европейского влияния вследствие дальнейшей христианизации. Указы против христиан начали издаваться еще при Тоётоми Хидэёси, но большинство из них не исполнялось. В 1612 и 1614 гг. вновь были изданы указы о запрете христианской проповеди, второй из них предписывал миссионерам покинуть страну. Лишь немногие проповедники ослушались этого указа и остались в Японии.
Один из даймё-христиан Датэ Масамунэ организовал в 1613 г. посольство к папе римскому и «южным варварам» (как называли в Японии европейцев). Правительство бакуфу на тот момент еще не окончательно склонилось к политике изоляционизма. Поэтому оно прислало своих людей для участия в путешествии. Посольству также предстояло вести переговоры с испанцами о заключении торгового договора. Сам Датэ Масамунэ стремился установить прямые торговые связи с Новым Светом.
Идею организации посольства выдвинул живший в Японии монах-францисканец Луис Сотело. На средства Датэ был построен корабль «Датэ Мару». Посольство (в 180 человек, включая самураев, около 40 португальцев и испанцев, множество купцов и моряков) во главе с Хасэкура Цунэнага стало вторым японским посольством в Европу (первое, также организованное даймё-христианами, отплыло из Нагасаки в западном направлении на европейском корабле в 80-е годы XVI в.). Третье состоялось лишь спустя 200 лет.
Корабль «Датэ Мару» пересек Тихий океан и пришел в Акапулько. Хасэкура Цунэнага и его люди пересекли Мексику и отплыли в Европу на испанском корабле. По дороге посольство останавливалось на Кубе. В Европе Хасэкура Цунэнага побывал в Испании, Франции и Италии. Но переговоры не принесли успеха, так как европейцы были обеспокоены усиливающимися гонениями на христиан в Японии.
К моменту возвращения послов в Японию в 1620 г. ситуация в стране изменилась к худшему. Новый сёгун Токугава Хидэтада в большей степени склонялся к политике «изоляционизма», чем его отец. Возможно, запрет торговли с Испанией и разрыв дипломатических отношений в 1623–1624 гг. были вызваны и докладами участников посольства, описавших испанскую политику в Новом Свете.
Новая волна гонений на христиан привела к массовым казням в 1622 г. в Нагасаки и в 1623 г. в Эдо. В следующие годы гонения на христиан продолжались, многих подвергали пыткам, принуждая отречься от веры. Документально подтверждена казнь около 3 тысяч христиан в этот период.