Началась Вторая гражданская война. Разгромив мятежи роялистов на Западе и Юго-Востоке, Кромвель двинулся на Север и в битве при Престоне 17 августа 1648 г. разбил шотландцев, сражавшихся теперь на стороне короля. К концу месяца война фактически была закончена. Несмотря на склонность пресвитерианской части парламента к очередному компромиссу с королем, индепенденты в союзе с левеллерами решили судьбу английской монархии. Армейские офицеры перевезли Карла I с острова Уайт в замок, откуда он не мог бежать. 6 декабря произошла так называемая «Прайдова чистка»: отряд под началом полковника Прайда занял вход в парламент и не пропустил туда пресвитериан, готовых к сделке с королем. Индепенденты, оставшись в парламенте в большинстве, в декабре 1648 г. приняли решение о суде над королем. 4 января 1649 г. парламент провозгласил себя носителем верховной власти в стране: Англия фактически стала республикой, а в мае республику провозгласили официально. Назначенный парламентом Верховный суд после долгих колебаний вынес Карлу I смертный приговор. 30 января 1649 г. король был обезглавлен. В марте 1649 г. была упразднена Палата лордов и отменена королевская власть «как ненужная, обременительная и вредная для свободы».
Политический радикализм английских революционеров сочетался с социальным консерватизмом. Весной 1649 г. последовал окончательный разрыв индепендентов, составлявших отныне большинство в однопалатном парламенте Республики, с левеллерами. Лильберн, назвавший власть индепендентов «новыми цепями Англии», вместе со своими сторонниками был брошен в Тауэр. Борьбу за «Народное соглашение» возглавили «армейские» левеллеры. В войсках вспыхнуло восстание, жестоко подавленное Кромвелем. Трагедия движения левеллеров во многом объяснялась тем, что в основе их концепции «народного суверенитета» лежало ограниченное социальное содержание самого понятия «народ», которое, отделяя непривилегированные сословия от джентри, одновременно исключало неимущие слои города и деревни.
Демократическое разрешение аграрного вопроса в интересах крестьянства Англии предлагали «истинные левеллеры». Это движение, возглавленное Джерардом Уинстенли, возникло весной 1649 г. и являлось отражением надежд крестьянства на то, что с уничтожением королевской власти станет возможно переустроить жизнь на основах справедливости. Уинстенли писал о том, что в стране не может быть истинной свободы, пока земля остается в собственности лордов и что революция, уничтожившая власть короля, не может считаться законченной, если осталась власть лордов над копигольдерами. В памфлете «Закон свободы», представлявшем проект переустройства общества на основе отмены частной собственности на землю, он писал о том, что справедливость может проявляться в виде признания земли общим достоянием народа. Когда Уинстенли и 30–40 его сторонников начали сообща вскапывать не принадлежавшую им, но пустующую землю в графстве Суррей (откуда и возникло их прозвище — «диггеры», т. е. «копатели»), против них, несмотря на мирный характер движения, ополчились все партии, включая левеллеров: ведь диггеры посягнули на принцип неприкосновенности частной собственности. Движение было подавлено. Поражение левеллеров и «истинных левеллеров» сузило социальную базу индепендентской республики, предопределив тем самым неизбежность ее крушения.
1649–1653 гг. в истории республики известны как годы «завоевания Ирландии». Контроль над ней со стороны Англии ослаб во время гражданских войн, ив 1641 г. ирландцы-католики восстали против протестантски настроенной английской администрации, создав католическую Конфедеративную Ирландию. Для усмирения конфедератов и конфискации их земель в Ирландию прибыли войска Кромвеля, жестоко подавившие восстание. Ирландские католики были вынуждены перебираться на крайний Запад страны или эмигрировать, а их земли раздавались английским сторонникам Кромвеля. Постепенно в стране сформировался слой земельных собственников, принадлежавших к протестантской административной элите — выходцам из Англии и Шотландии.
Схожие черты имела и политика в Шотландии, где сын казненного Карла I был провозглашен королем под именем Карла II. Войска Кромвеля вторглись в страну и разгромили шотландцев в битве при Денбаре (1650 г.), а затем в сражении при Вустере (1651 г.). Ударом по господству старинных кланов стала конфискация большей части земель шотландской аристократии.
Однако часть среднего и мелкого дворянства Шотландии после уплаты штрафов сохранила свои владения.
Одновременно индепендентская республика была вынуждена подавлять роялистские выступления в американских колониях, особенно южных, где преобладали монархисты и сторонники англиканской церкви. Казнь короля вызвала открытый протест в их среде. В 1650 г. парламент объявил колонистов, не признавших республики, изменниками. Со временем колониям пришлось подчиниться республике — но лишь после введения последней некоторых уступок: так, была допущена свобода вероисповедания, введена свобода торговли со всеми государствами (за исключением находившихся в состоянии войны с Англией) и др.
Внешняя и торговая политика республики основывалась на принципах государственного протекционизма. В 1651 г. был издан «Навигационный акт». Иностранцам запрещалось торговать с английскими колониями без разрешения правительства Англии, а неевропейские товары разрешалось ввозить в Англию лишь на ее кораблях. Товары из Европы могли ввозиться либо на английских судах, либо на судах той страны, где они производились. Рыбу могли ввозить лишь при условии, что она добыта английскими рыболовными судами. Эти законы были призваны устранить из английской торговли с колониями и европейскими странами посредничество Голландии. Соединенные провинции отказались признать навигационные законы, что привело к англо-голландской войне 1652–1654 гг., закончившейся победой Англии. Голландия была вынуждена признать Навигационные акты, хотя после Второй и Третьей англо-голландских войн их действие было несколько смягчено.
Военные победы и внешнеполитические достижения Кромвеля на время предотвратили реставрацию Стюартов. Политика «землеустройства» в Англии, Ирландии и Шотландии и переход огромного фонда конфискованных земель в руки английских предпринимателей и нового дворянства расширили круг людей, считавших революцию законченной. Новые собственники были заинтересованы в установлении сильной власти.
Не сумев убедить членов «Охвостья Долгого парламента» в необходимости самороспуска, 20 апреля 1653 г. Кромвель явился в палату общин в сопровождении солдат и разогнал «Охвостье». Взамен он попытался создать более представительный орган, в котором он мог бы иметь большее влияние. В июле 1653 г. был созван так называемый Малый парламент «святых», состоявший из кандидатов локальных религиозных общин, часть которых представляла собой весьма экзальтированных представителей крайних сект и течений, ожидавших наступления тысячелетнего царства Христа. Политические идеи стали облекаться в оболочку мистических чаяний. Кромвель просчитался, не учтя сохраняющейся в низах общества жажды перемен. Малый парламент оказался весьма активен и демократичен в своей политике, им были поставлены вопросы об освобождении копигольда от лежавших на нем повинностей, об отделении Церкви от государства, введении гражданского брака, отмене церковной десятины, реформировании общего права страны. Деятельность Малого парламента вызвала резкий протест в окружении Кромвеля. 12 декабря 1653 г. он был распущен, а реформы, начатые им, прерваны. Согласно новому конституционному проекту, названному «Орудие управления», вся полнота власти перешла в руки Кромвеля вместе с титулом «лорд-протектор». Протектор становился пожизненным главой республики. Он должен был править страной совместно с однопалатным парламентом, избиравшимся на основе высокого имущественного ценза (200 фунтов стерлингов). Это делало избрание доступным для новых собственников: представителей дворянства, крупной и отчасти средней буржуазии.
