Характерной чертой большинства новых конфедераций являлась политическая гегемония чингизидов. Само собой разумеющимся считалось, что править должны только потомки Чингисхана. Ханский титул редко передавался по наследству. Гораздо чаще ханов избирали на собраниях знати (аналогах монгольских курилтаев). Ханы выполняли военные и перераспределительные функции, являлись верховными арбитрами в различных спорах. Чиновничьего аппарата не существовало. «Десятичная система» практически везде сменилась традиционной родо-племенной организацией. В ханствах сохранилась крыльевая структура. Крылья делились на отдельные вождества или племена, подразделявшиеся на сегменты более мелкого порядка, вплоть до линиджей и общинно-семейных групп.

В третьей четверти XV в. восточным монголам удалось потеснить ойратов и восстановить контроль над Монголией. Это произошло при Даян-хане (1470–1543). Он объединил всю территорию Монголии и принял титул «Великого юаньского хана». Вторая половина XV в. вошла в историю как время непрерывных набегов кочевников на Китай. Но только в 1488 г. был заключен желанный для номадов договор об открытии рынков для торговли с Поднебесной, с небольшими перерывами сохранявший свое действие до 1500 г. Степняки поставляли на рынки лошадей, крупный рогатый скот, шкуры и другую продукцию скотоводческого хозяйства. Из Китая они получали ткани, в том числе шелковые, а также чугунные котлы.

После смерти Даян-хана созданная им конфедерация снова распалась на ханства и племена. Между их вождями опять начались усобицы. В этот период фактически обособились Северная (Халха), Южная и Западная (Джунгария) Монголия. Южная Монголия разделилась на семь ханств, состоявших из 49 хошунов (племен или вождеств). Халха делилась на семь хошунов. Некоторая стабилизация внутреннего положения была достигнута только в период правления Алтан-хана во второй половине XVI в. Ставка хана превратилась в настоящий город Хухэ-Хото (совр. Хух-Хото — Внутренняя Монголия). Там проживали торговцы, ремесленники. В окрестностях города селились китайские крестьяне, занимавшиеся земледелием. Алтан-хан активно способствовал распространению тибетского буддизма в Монголии. Ему удалось настоять и на открытии нескольких приграничных рынков. Но как только монголы требовали от китайцев поставок зерна и тканей, правительство Поднебесной, не желавшее их усиления, прекращало торговлю. И номады вновь садились на коней и отправлялись в набег за товарами престижного потребления.

Согласно договору 1571 г. многие монгольские племенные вожди получили от Срединной империи право на торговлю и на получение подарков. Монополия верховного хана на внешние отношения с Китаем была нарушена. Поскольку каждый вождь получил собственные источники доходов, племена стали противиться объединению под чьей-либо властью. Значительно ослабило монгольское общество и перепроизводство элиты, ставшее следствием обычая многоженства. Только у Даян-хана имелось более ста потомков мужского пола, не считая наследников других линий, идущих от Чингисхана, а также поколений его братьев и прочих родственников. В XVII в. некоторые чингизиды имели уже меньше 50 голов скота. Стремление увеличить благосостояние представителей «белой кости» за счет других категорий монгольской кочевой аристократии привело к росту внутренних конфликтов и усобиц.

Буддизм распространялся на территории Монголии с конца XVI в. В 1586 г. на месте развалин Каракорума был основан первый буддийский монастырь Эрдени-Дзу. Сначала наиболее активно новую религию принимала элита. Простые номады были равнодушны к «желтой вере» (так монголы называли буддизм по цвету одежды его монахов). Однако в период правления Цинской династии в Монголии роль буддизма (ламаизма) резко выросла. Он помогал решению извечной для китайских империй проблемы замирения кочевников.

Номады стали вовлекаться в процессы рыночного обмена. Но китайские торговцы сознательно занижали стоимость скотоводческой продукции, поставляя кочевникам товары низкого качества. Поскольку, как обычно, у скотоводов не хватало наличных денег, жители Поднебесной с легкостью давали им средства взаймы, но под высокие проценты, что приводило к разорению многих степняков. Элита фактически поощряла такое положение дел, поскольку пользовалась у китайцев неограниченным кредитом. В целом скотоводческое хозяйство было вынуждено приспосабливаться к новым экономическим реалиям и ориентироваться на внешний рынок. С этого времени номады — некогда «бикфордов шнур» истории цивилизаций (по образному замечанию Ф. Броделя) — оказались вытесненными с авансцены мировой истории.

Приполярная область, включающая Арктику (тундру) и Субарктику (бореальные леса), как принято считать, с древности делилась на пять устойчивых этнокультурных ареалов: нордический палеогерманский на Севере Европы, палеоуральский на Севере Восточной Европы и Урала, восточносибирско-палеоазиатский на Северо-Востоке Азии, палеоэскимосский в Арктике от Берингоморья до Гренландии и палеоиндейский в лесной полосе Северной Америки. Долговременная устойчивость этих ареалов предопределялась системами внутренних связей и миграций, в свою очередь обусловленных экологией и традиционными схемами занятий. Все культуры Севера обладали высокой адаптивностью и подвижностью, унаследованной от предков — охотников-мигрантов каменного века, освоивших Евразию от Скандинавии до Чукотки, перешедших по Берингову мосту[9] в Новый Свет и достигших в своей экспансии 76° с.ш. в Евразии (сумнагинская культура, остров Жохова, Новосибирский архипелаг) и 83° с.ш. в Гренландии (культура индепенденс на Земле Пири). Вместе с тем они различались характером адаптаций и миграций: приморские нордическая и эскимосская традиции опирались на ресурсы моря и мореходство; материковые лесные и тундровые культуры — на промысловый потенциал внутренних территорий и транспортную сеть рек — водоразделов-высокогорий. Контакты с южными соседями не ограничивались технологическими заимствованиями и иногда приобретали вид встречного воздействия или экспансии, например в случаях заселения Америки, походов в Европу северных германцев или военной миграции на Юг Сибири носителей кулайской культуры раннего железного века.