11 сентября предположительно девятнадцать членов «Аль-Каиды» захватили четыре американских пассажирских самолета и перелетели на них через американскую границу. Два из них врезались в башни Всемирного торгового центра, разрушив их и погубив тысячи людей. Еще один врезался в здание Пентагона в Вашингтоне. Последнему самолету не удалось выполнить свою миссию благодаря храбрости пассажиров. Самолет разбился в поле на территории штата Пенсильвания. В результате погибли около трех тысяч человек.

7 октября, через шесть недель после теракта, военные силы США начали массированную воздушную атаку по Афганистану. Атака была настолько разрушительной, что стерла с лица земли военные лагеря «Аль-Каиды». Усама бен Ладен с командирами и бойцами укрылся в горах Тора-Бора, затем бежал в Пакистан. Полагают, что многие из боевиков погибли. Во время тех же атак произошло падение печально известного правительства талибов и муллы Омара, который вместе с приверженцами так же скрылся в Пакистане.

В октябре Усама бен Ладен выпустил видеозапись, где взял на себя ответственность за теракты, произошедшие 11 сентября 2001 года.

Усама бен Ладен выпустил аудиозапись, где осудил публикацию рисунков, которые, по его словам, оскорбляют пророка Мухаммеда, и предупредил европейцев о том, что последует жесткий ответ.

В январе Усама бен Ладен выпустил двадцатидвухминутное аудиообращение, где призвал мусульман вести джихад против Израиля и жертвовать средства в поддержку борьбы, которую он ведет. Глава «Аль-Каиды» поклялся открыть новый фронт против США и их союзников.