Все эти шаги, предпринимавшиеся революционным руководством, не находили отклика в среде мусульман. Сказывались традиционная враждебность к христианскому населению, длительная изоляция южных районов, их социально-экономическая отсталость и политический застой, господство мусульманской идеологии, ориентировавшей филиппинцев-мусульман на принадлежность к «миру ислама» и культивировавшей религиозную обособленность мусульманской общины. При существовавшем уровне общественного и духовного развития моро им, естественно, были чужды и непонятны демократические и националистические идеи, пропагандировавшиеся филиппинскими революционерами. Правители султанатов воспринимали филиппинское республиканское правительство как преемника испанской колониальной администрации, проявляя недоверие, а зачастую и откровенную враждебность к любым его действиям, направленным на вовлечение южных районов в общий процесс освободительной борьбы[31].

Самый краткий третий раздел Малолосской конституции, озаглавленный «Религия», содержит только одну статью (5), в которой записано, что «государство объявляет равноправие всех вероисповеданий и отделение церкви от государства». В лаконичной формулировке была выражена суть программы буржуазных националистов по вопросам религии и церкви, которая была выработана еще в период движения за реформы. Однако именно эта формулировка стала предметом продолжительных и ожесточенных дискуссий. Часть делегатов конгресса (представителей различных течений — от умеренного либерала Кальдероне до радикала Мабини) выступила против отделения церкви от государства. Их позиция основывалась на конкретной ситуации, сложившейся на Филиппинах в годы революции в результате развивавшейся в течение всего XIX в. борьбы филиппинского духовенства. Подавляющее большинство местных священников выступало с поддержкой антиколониальной революции. Многие священники-филиппинцы непосредственно участвовали в вооруженной борьбе (особенно на втором этапе революции) в качестве военных капелланов и одновременно солдат и командиров революционной армии, оказывали большую помощь республиканскому правительству в мобилизации и сплочении патриотических сил для завершения задачи национального освобождения. К тому времени, когда открылись заседания конгресса в Малолосе, испанское духовенство оказалось в полной изоляции от верующих филиппинцев[32]. Стала складываться национальная католическая иерархия, во главе которой стал филиппинский священник Грегорио Аглипай (1860–1940), выдвинувшийся в качестве революционного лидера и одного из руководителей духовенства в начале 1898 г.[33]. В октябре 1898 г. Агинальдо по инициативе Мабини назначил Аглипая генеральным викарием Филиппинской республики, т. е, поставил его во главе всего филиппинского духовенства.

Учитывая популярность филиппинских священников среди населения и растущий авторитет национальной иерархии, Мабини и его сторонники опасались, что включение в конституцию статьи об отделении церкви от государства лишит правительство республики поддержки со стороны многочисленной и политически активной группы местного духовенства и, следовательно, приведет к падению авторитета революционного руководства среди верующих филиппинцев. Немаловажное значение имела позиция самих представителей местного духовенства, участвовавших в работе конгресса, которые решительно выступали против отделения церкви от государства, в поддержку выдвинутой в 1898 г. Мабини идеи создания национальной католической церкви, подчиняющейся непосредственно Ватикану. В результате бурных дебатов большинством в один голос статья 5 об отделении церкви от государства была включена в конституцию. Вслед за тем была принята дополнительная (сотая) статья, приостанавливавшая действие ст. 5 впредь до созыва Учредительного собрания.

Дискуссию вызвал также вопрос о церковной собственности. В период работы конгресса большинство орденских поместий уже были захвачены крестьянами-арендаторами. Однако конгресс под давлением буржуазно-помещичьих делегатов, опасавшихся вообще подрыва права собственности помещиков на землю, не решился законодательно подтвердить ликвидацию орденского землевладения. Лишь в январе 1899 г. в условиях внешней угрозы (со стороны США), когда возросла необходимость укрепления общенародного фронта революции, и в целях смягчения аграрных движений в конституцию была внесена дополнительная статья, согласно которой все виды собственности, принадлежавшие религиозным корпорациям, объявлялись собственностью правительства.

Работа конгресса была прервана известием о подписании в Париже (10 декабря 1898 г.) мирного договора между Испанией и США, согласно которому Испания уступала Филиппины Соединенным Штатам. Решение Парижской мирной конференции вызвало взрыв негодования на Филиппинах. Молодое государство, едва сбросившее испанское колониальное иго, оказалось перед угрозой нового порабощения. В обстановке подъема патриотических чувств и настроений политические разногласия и противоречия внутри революционного лагеря отошли на второй план. Было спешно сформировано правительство. Президентским декретом 2 января 1899 г. на посты премьер-министра и министра иностранных дел Филиппинской республики был назначен Аполинарио Мабини. 5 января 1899 г. правительствам США, европейских держав и Японии был разослан текст манифеста, подписанного Агинальдо, в котором заявлялся официальный протест против решения Парижской конференции о назначении военным губернатором Филиппин откровенного аннексиониста генерала Отиса, командующего американскими военными силами на архипелаге. Филиппинские представители за границей усилили пропаганду за признание республики. Представитель филиппинского заграничного комитета в США Фелипе Агонсильо установил контакты с рядом деятелей Демократической (оппозиционной) партии и руководителями антиимпериалистических лиг, выступавших с критикой аннексионистской политики правительства и проводивших кампанию против ратификации Парижского договора. Однако все его попытки добиться официальной встречи с государственным секретарем Хэем и другими представителями властей были безрезультатны. В Маниле в январе 1899 г. шли переговоры между филиппинским правительством и американским командованием. Во избежание войны филиппинцы готовы были пойти на некоторые уступки, но при единственном условии — сохранении национального суверенитета. Именно это не входило в планы американцев. Они сознательно затягивали переговоры, избегая прямых ответов и заявлений.

23 января 1899 г. в Малолосе была торжественно утверждена конституция. Агинальдо был избран президентом Филиппинской республики. Вслед за тем текст конституции был направлен в европейские столицы и Вашингтон. Но правительства капиталистических держав хранили молчание, предпочитая роль нейтральных наблюдателей. К концу января филиппино-американские переговоры в Маниле, зайдя в тупик, прекратились. Оставалась надежда на то, что в сенате США, где на голосование был поставлен вопрос о ратификации Парижского договора, одержат победу противники внешнеполитического курса Мак-Кинли. Но вскоре рухнула и эта последняя надежда. В ночь на 4 февраля американское командование спровоцировало перестрелку между передовыми линиями филиппинских и американских войск, стоявших в окрестностях Манилы. Мак-Кинли изобразил инцидент как вероломное нападение филиппинцев. Его заявление вызвало бурную полемику в сенате. Часть сенаторов, прежних противников аннексии архипелага, заколебалась. Сыграла роль и позиция лидера Демократической партии Брайана, до сих пор считавшегося противником империалистической политики правительства республиканцев, но выступившего в момент голосования, 6 февраля 1899 г., за ратификацию Парижского договора. Таким образом было получено большинство в две трети голосов, необходимых по американской конституции для утверждения законопроекта в сенате..