В качестве одной из основных задач, поставленных Екатериной перед депутатами Уложенной комиссии, была выработка законов об отдельных сословиях. Собственно, без этих законов, четко и определенно обозначающих их права и привилегии, полноценные сословия и не могли существовать. Поэтому специальные главы «Наказа» были посвящены дворянству и «среднему роду людей». Последний составлял предмет особой заботы императрицы, ибо так называли третье сословие. «Я заведу у себя в империи всякого рода сословия, — сообщала Екатерина госпоже Жоффрен еще в июне 1765 г., — я вполне сознаю достоинства вашего строя». «Еще раз обещаю вам среднее сословие, — добавляет она в январе 1766 г., — но зато же и трудно будет устроить его».

К третьему сословию в «Наказе» Екатерина причисляет «всех тех, кои, не быв дворянином, ни хлебопашцем, упражняются в художествах, науках, в мореплавании, торговле и ремеслах», а также питомцев воспитательных домов, воспитанников разного рода училищ, детей чиновников и других разночинцев. Детализировать статус членов третьего сословия предстояло депутатам Уложенной комиссии. Трудность же его создания была связана с крепостным правом. Специально о нем в «Наказе» почти не говорится. Лишь статья 260 утверждает, что «не должно вдруг и чрез узаконение общее делать великаго числа освобожденных». В статье 254 говорится о необходимости ограничения рабства законами, а в статье 269 осуждаются помещики, переводящие свои деревни на денежный оброк, не заботясь о том, «каким способом их крестьяне достают им деньги». Эта мысль развивается затем в статье 277, где резко критикуется точка зрения, согласно которой, «чем в большем подданные живут убожестве, тем многочисленнее их семьи» и «чем большия на них наложены дани, тем больше приходят они в состояние платить оныя».

Но неужели Екатерина забыла о самой главкой проблеме тогдашней России? По-видимому, нет. Есть основания полагать, что «Наказ» дошел до нас не в том виде, как был первоначально написан Екатериной, а в отредактированном ее ближайшим окружением. «Заготовя манифест о созыве депутатов со всей империи, — вспоминала позднее императрица, — назначила я разных персон, вельми разно мыслящих, дабы выслушать заготовленной Наказ Комиссии Уложения. Тут при каждой статье родились прения. Я дала им волю чернить и вымарать все, что хотели. Они более половины того, что написано мною было, помарали, и остался Наказ Уложения, яко напечатан».

Сохранились и некоторые письменные возражения на первоначальный вариант «Наказа». Одни из них с пометами рукой императрицы принадлежат А. П. Сумарокову. Замечательный поэт и драматург, в частности, писал: «Сделать русских крепостных людей вольными нельзя, скудные люди ни повара, ни кучера, ни лакея иметь не будут и будут ласкать слуг своих, пропуская им многия бездельства, дабы не остаться без слуг и без повинующихся им крестьян: и будет ужасное несогласие между помещиками и крестьянами, ради усмирения которых потребны многие полки, и непрестанная будет междоусобная брань, и вместо того, что ныне помещики живут покойно в вотчинах („И бывают зарезаны отчасти от своих“, — добавила Екатерина), вотчины их превратятся в опаснейшие им жилища, ибо они будут зависеть от крестьян, а не крестьяне от них… Все дворяне, а может быть, и крестьяне сами такою вольностию довольны не будут, ибо с обеих сторон умалится усердие. А это примечательно, что помещики крестьян, а крестьяне помещиков очень любят, а наш низкий народ никаких благородных чувствий еще не имеет». «И иметь не может в нынешнем состоянии», — снова возразила императрица. Встретив сопротивление, Екатерина, как и подобало согласно избранной ею тактике, пошла на компромисс и убрала из «Наказа» прямое осуждение крепостничества, надеясь при этом, по-видимому, что этот вопрос может быть поставлен вновь перед Уложенной комиссией.

Несколько глав «Наказа» посвящены преступлению, следствию, суду и наказанию — проблемам, почти не разработанным в праве того времени. Законы, утверждалось в «Наказе», создаются не для устрашения, а для воспитания граждан. И наказание, каким бы суровым оно ни было, не должно быть направлено на то, чтобы мучить преступника, но должно вызывать у него стыд и раскаяние. Ибо наказание — это прежде всего бесчестие. Тем более наказание должно быть строго соразмерно преступлению, ибо иначе теряется сам его смысл. Суду должно предшествовать тщательное расследование, причем обвиняемый должен иметь право на защиту. В ходе следствия подозреваемый может быть арестован, но надо четко различать временное задержание от тюремного наказания, и, если вина подозреваемого не доказана, временное заключение ни в коем случае не должно ставиться ему в вину.

«Наказ» недвусмысленно формулирует презумпцию невиновности, также неизвестную русскому праву: «Человека не можно почитать виноватым прежде приговора судейскаго, и законы не могут его лишить защиты своей прежде, нежели доказано будет, что он нарушил оные». Обвиняемый имеет право отвода судьи, а сам суд должен быть гласным. Во время следствия недопустима пытка, а смертной казни заслуживают лишь преступники, угрожавшие самим основам существования государства, его спокойствию и благоденствию подданных. Отвращать от преступления должен не страх перед жестоким наказанием, а сознание неотвратимости кары. Для того же, чтобы предупредить преступления, надо сделать всех равными перед законом и воспитывать в народе отвращение к рабству.

Изложенные в «Наказе» истины были замечательны и бесспорны, но он был лишь своего рода декларацией о намерениях, и Екатерина подчеркивала, что запретила ссылаться на «Наказ» как на закон, и разрешила лишь основывать на нем те или иные рассуждения, мнения. Текст «Наказа» широко распространялся в России и за границей, а депутатам Уложенной комиссии предстояло выучить его едва ли не наизусть. Показательно, что во Франции при Людовике XV «Наказ» был запрещен, но его активно использовали критики короля и правительства. Лидер жирондистов Ж. П. Бриссо в своей «Философской библиотеке законодателя, политика, юриста» многократно ссылался на «Наказ», а затем и опубликовал его текст с собственными комментариями.