В 1069 г. из Ирландии приплыли с небольшим войском сыновья Харальда Эдвин и Годвин. Они высадились у Соммерсета, и сейчас же все окрестное население восстало и присоединилось к ним. Однако мятеж вскоре был подавлен с большой жестокостью. Центром борьбы против завоевателей сделался после этого Честер. На помощь восставшим нортумбрийцам прибыли 240 кораблей из Дании. Датчане высадились в заливе Гум-бера и, поддержанные англичанами, подступили к Йорку. После упорного штурма они ворвались в город и перебили несколько тысяч нормандцев. Молодого Эдгара опять провозгласили королем. Узнав об этом, Вильгельм послал большие деньги вождю датчан Ос-биорну и убедил его весной отплыть обратно в Данию. Клятвами и уступками он сумел удержать от мятежа жителей южной Англии и в начале 1070 г. с лучшими войсками быстро подошел к Йорку. После ожесточенного штурма он во второй раз взял Йорк и двинулся на север. Вся Нортумбрия была жестоко опустошена, множество людей перебито, остальные в страхе разбежались по лесам и горам. Вильгельм преследовал врагов вплоть до развалин большой римской стены, а затем вернулся в Йорк. Земли, лежащие к северу и югу от Гумбера, были поделены между завоевателями по тому же порядку, который соблюдался при разделе земель южных областей. Сам Вильгельм не пошел дальше Гексгама, его военачальники сами завершили завоевание Нортумбрии. Оставалось овладеть страной, прилегавшей к Честеру. После зимы, проведенной на севере, Вильгельм отправился на него походом. Он прошел непроходимыми дотоле для конницы путями через горную цепь, протянувшуюся от юга на север через всю Англию, и вступил победителем в Честер. Здесь и в Стаффорде он велел строить крепости и щедро раздал награды своим войскам.

После этого открытое сопротивление нормандцам прекратилось, но то и дело вспыхивали восстания, которые Вильгельму приходилось подавлять. Тогда же у короля возникли распри со старшим сыном Робертом. Все началось с того, что молодой человек стал требовать у отца Нормандию. Вильгельм отказал. Последовала жестокая ссора, во время которой младшие сыновья приняли сторону отца. Роберт бежал в Руан и попытался захватить цитадель. Ему не повезло, и он едва смог избежать плена. После долгих скитаний он укрылся в замке Герберуа, сделавшемся вскоре прибежищем всех врагов Вильгельма. В конце концов, король вынужден был осадить его.

Бароны постарались примирить сына с отцом. Однако согласие между ними было недолгим: Роберт вновь уехал из Англии, а Вильгельм проклял его и лишил наследства.

В 1083 г. умерла королева Матильда, не раз смягчавшая душу Завоевателя своими советами. По свидетельству древних историков, после ее кончины Вильгельм безгранично предался своим тираническим наклонностям. Вероятно, здесь подразумевалось то, что, достигнув полного господства над туземцами, он с тех пор начал утверждать личное превосходство над товарищами своих побед. В этом году он потребовал уплаты податей с каждой гиды земли во всем королевстве, без различия со всех владельцев — и саксов, и нормандцев. С этого года развиваются начала взаимного недоверия и тайной вражды между королем и его старыми друзьями. Они обоюдно обвиняют другдруга в жадности и себялюбии Чтобы обосновать на прочных началах свои требования податей или денежных служб, говоря языком этого века, Вильгельм велел произвести великий поземельный розыск и составить всеобщий реестр о всех переменах в собственности, происшедших в Англии вследствие завоевания: он захотел узнать, в чьи руки на всем пространстве королевства перешли владения саксов, сколько в каждом поместье было десятин земли, какое число десятин могло быть достаточно для содержания с доходов воина и как велико число военных людей в каждой области или графстве, до каких сумм простирались Доходы городов, местечек, сел, какая именно была собственность каждого графа, барона и шевалье. Из числа своих законоведов и хранителей казны Вильгельм выбрал доверенных помощников, которым поручил отправиться в объезд по всем графствам Англии и учредить повсюду розыскные отделения. Великий розыск продолжался шесть лет. Результатом всех этих трудов стала так называемая «Великая книга», куда были внесены имена всех собственников или держателей земли в Англии с перечислением их имущества. Саксы называли ее Книгой Последнего Суда. Она как бы подвела итог завоеванию, совершившемуся двадцать лет назад, и закрепила юридически переход собственности из одних рук в другие. Более всего выгоды из этого передела получил король. Вильгельм объявил себя наследником и владельцем всего того, что имели короли Эдуард и Харальд, а также всех общественных земель и городов, кроме тех, которые он пожаловал особыми грамотами. Все, кто не мог представить таких грамот, лишались своих владений. Далее Вильгельм потребовал, чтобы каждое имение уплачивало в казну ту же подать, какую оно платило во времена Эдуарда. Это притязание особенно возмущало нормандцев, которые считали свободу от уплаты налогов основой своей политической свободы. Тогда же были обнародованы строгие законы Вильгельма против охоты, запрещавшие каждому англичанину охотиться (или даже находиться с оружием) в королевских лесах. Нарушителей ждало жестокое наказание. Законы эти были, видимо, направлены против многочисленных разбойников, искавших в лесах убежище. Охота в королевских лесах (в их число были включены все большие леса Англии) стала отныне привилегией, которую мог жаловать только сам король.

В 1086 г., по окончании розыска, Вильгельм созвал общее собрание всех предводителей завоевания. Всего собралось около 60 тысяч человек, причем каждый из них был владельцем участка земли, по крайней мере, достаточного для содержания боевого коня и полного вооружения. Все они возобновили клятву верности королю. Распустив своих вассалов, Вильгельм в 1087 г. отправился в Нормандию. По совету медиков он не покидал постели и воздерживался от еды, стараясь избавиться от своей чрезмерной тучности. От забот о своем здоровье он был вскоре отвлечен войной с французским королем Филиппом I, захватившим некогда графство Вексенское в Нормандии. Устав от долгих переговоров, Вильгельм летом того же года вновь захватил спорные земли— И вот, когда нормандцы ворвались в город Мант-на-Сене, королевский конь, скакавший по пожарищу, ступил на горячие угли, опрокинулся и поранил Вильгельма в живот. Больного короля перенесли в Руан. В течение шести недель он томился от боли, и с каждым днем болезнь его все усиливалась. Вильгельм послал деньги в Мант на восстановление сожженных им церквей, выпустил заключенных и раздал большую милостыню. Но эти меры не помогли. Чувствуя приближение смерти, он объявил нормандским герцогом после себя старшего сына Роберта (с которого, однако, не снял проклятия), а Англию вручил в руки Господу. От себя он пожелал, чтобы королем был избран его средний сын Вильгельм. Младшему, Генриху, он дал только 5000 фунтов серебра.