Тела царя, его родных и слуг побросали в грузовик и отправили в сопровождении конвоя к Верх-Исетскому заводу, откуда уже на телегах доставили к шахте у Ганиной ямы — пруда, в который откачивали воду из шахт. Одежду, выпоров из неё драгоценности, сожгли в костре. Всех убитых побросали в шахту и бросили несколько гранат; но завалить шахту не удалось, и обнажённые тела были видны на дне неглубокого колодца.

Тогда Уралсовет решил обезобразить трупы серной кислотой, сжечь что можно, а остальное бросить в шахты в окрестностях Екатеринбурга. Трупы достали и опять повезли по Московскому тракту. Ранним утром 19 июля грузовик свернул с основной дороги близ деревни Коптяки и застрял. Юровский принял решение зарыть трупы здесь же, у переезда № 184 Горнозаводской линии железной дороги. В воспоминаниях он писал, что два трупа — царевича и женщины — сожгли, «потом похоронили тут же, под костром, останки, и снова разложили костер, что совершенно закрыло следы копанья»; для остальных вырыли братскую могилу: «Трупы сложили в яму, облив лица и вообще все тела серной кислотой, как для неузнаваемости, так и для того, чтобы предотвратить смрад от разложения (яма была неглубока). Забросав землёй и хворостом, сверху наложили шпалы и несколько раз проехали — следов ямы и здесь не осталось. Секрет был сохранён вполне — этого места погребения белые не нашли».

Так и случилось — колчаковский следователь Н. А. Соколов не обнаружил захоронения и решил, что тела были расчленены и сожжены дотла. Но в 1979 году останки обнаружили геолог Александр Авдонин и писатель Гелий Рябов. Через десять лет Рябов опубликовал сообщения об этом в журнале «Родина». В 1991 году в захоронении нашли останки девяти человек. По заведённому в 1993 году уголовному делу в России, США и Австрии был проведён комплекс антропологических, судебно-медицинских, генетических исследований, которые доказали, что это останки членов семьи Николая II и людей из его окружения.

Эти выводы признали не все, среди несогласных было и руководство Русской православной церкви. Решение Государственной комиссии по изучению вопросов, связанных с исследованием и перезахоронением останков российского императора Николая II и членов его семьи, было отложено на два года. Происходили странные истории; например, вдова племянника Николая II Тихона Куликовского предоставила генетикам образцы крови мужа, а затем запретила публиковать полученные результаты и заявила, что генотип её мужа не имеет ничего общего с генотипом предполагаемого бывшего императора, тогда как исследование крови Куликовского подтверждало близкое родство Куликовского и человека, чьи останки обнаружены под Екатеринбургом.

В начале 1998 года комиссия завершила работу, и 27 февраля правительство России приняло решение похоронить останки бывшего царя и его семьи в Екатерининском приделе Петропавловского собора Санкт-Петербурга. Накануне в Свя-то-Даниловом монастыре было принято определение по докладу члена Государственной комиссии митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия:

«По имевшемся суждении Постановили:

1. Принять к сведению информацию о решениях Государственной Комиссии по изучению вопросов, связанных с исследованием и перезахоронением останков Российского Императора Николая II и членов его семьи, от 30 января 1998 года.

2. Оценка достоверности научных и следственных заключений, равно как и свидетельство об их незыблемости или неопровержимости, не входит в компетенцию Церкви. Научная и историческая ответственность за принятые в ходе следствия и изучения выводы относительно “екатеринбургских останков” полностью ложится на Республиканский центр судебно-медицинских исследований Минздрава России и Генеральной прокуратуры Российской Федерации.

3. Решение Государственной Комиссии об идентификации найденных под Екатеринбургом останков как принадлежащих семье Императора Николая II вызвало серьёзные сомнения и даже противостояния в Церкви и в обществе. Вместе с тем, есть основания считать, что обнаруженные останки принадлежат жертвам богоборческой власти. Известно, что многие из таких жертв были мучениками, исповедниками и страстотерпцами, которые ныне нашей Церковью причисляются к лику святых по мере установления их личностей, биографий и обретения соответствующих житийных материалов. Затянувшаяся процедура криминалистической экспертизы привела к тому, что “екатеринбургские останки” остаются без христианского погребения в течение недопустимо долгого времени.

4. В связи с этим Священный Синод высказывается в пользу безотлагательного погребения этих останков в символической могиле-памятнике. Когда будут сняты все сомнения относительно “екатеринбургских останков” и исчезнут основания для смущения и противостояния в обществе, следует вернуться к окончательному решению вопроса о месте их захоронения...»⁸²

Тем не менее 17 июля 1998 года похороны в Петропавловском соборе состоялись. Президент Борис Ельцин выступил с речью; на церемонии присутствовали члены правительства России, общественные деятели, деятели науки и культуры, более шестидесяти членов дома Романовых; но нынешний глава российского императорского дома великая княгиня Мария Владимировна на похороны не приехала и провела этот день с патриархом Алексием II в Троице-Сергиевой лавре. Церемония прошла фактически без участия Церкви; покойных отпевали, не называя имён: «Упокой, Господи, души усопших раб твоих, их же имена Ты Сам, Господи, веси», — что означало непризнание Церковью аутентичности погребаемых останков. В тот же день во всех храмах были отслужены панихиды по безвинно убиенным Николаю II и членам его семьи.

Несмотря на неоднократные поиски, только в 2007 году краеведы Виталий Шитов и Николай Неуймин сумели обнаружить ещё одно захоронение — в нём оказались, по выводам возобновлённого следствия, останки царевича Алексея и великой княжны Марии. «Мы полностью уверены в том, что идентификация останков царской семьи проведена на 100 % правильно», — утверждает старший следователь-криминалист Следственного комитета России Владимир Соловьёв, который с 1993 года вёл дело об убийстве членов царской семьи.

Первого октября 2008 года Верховный суд Российской Федерации признал, что бывший император, его жена и дети были подвергнуты политическим репрессиям и постановил: «...реабилитировать: Романова Николая Александровича, Романову Александру Фёдоровну, Романову Ольгу Николаевну, Романову Татьяну Николаевну, Романову Марию Николаевну, Романову Анастасию Николаевну, Романова Алексея Николаевича». Уголовное дело об убийстве было окончательно закрыто в 2011 году в связи с истечением сроков давности привлечения к уголовной ответственности и смертью лиц, совершивших убийство.

В 1981 году Русская православная церковь за границей канонизировала царя, его семью и всех убитых в доме Ипатьева в лике мучеников. В России же, несмотря на имевшиеся споры, государь и его близкие были причислены в 2000 году на Архиерейском соборе Русской православной церкви к чину страстотерпцев (иерархически ниже мучеников); по благословению патриарха Алексия II были написаны две разные иконы святых новомучеников — одна с царской семьёй в центре композиции, другая с крестом и Евангелием (на случай, если бы Собор постановил не канонизировать царскую фамилию).

Но пока Русская православная церковь и дом Романовых не считают «екатеринбургские останки» подлинными; найденные в 2007 году кости остаются «бесхозными»: они помещены на временное хранение в Государственный архив Российской Федерации и не востребованы ни родственниками, ни патриархией, а для захоронения их в Петропавловском соборе нужно правительственное решение.

Среди русской эмиграции первой волны и в зарубежной православной церкви прочно утвердилось мнение о «жидомасонском заговоре» и «ритуальном убийстве» царя, сожжении трупов и доставке «голов царственных мучеников» в Кремль. Найденные следователем Соколовым в 1919 году у Ганиной ямы фрагменты костей, почитаемые как святые мощи, хранятся в Брюсселе в храме Иова Многострадального, но на их исследование зарубежная церковь согласия не даёт. Великая княгиня Мария Владимировна заявляет, что стоит на точке зрения патриарха; в 2010 году она посетила Екатеринбург и Ганину яму, но не поехала на место обнаружения останков.