Переправа войск и техники осуществлялась на понтонах инженерных войск, которые буксировали бронекатера и другие суда флотилии. На каждом участке погрузки и выгрузки было построено по два причала, что давало возможность бронекатерам и судам, отбуксировав груженые паромы, сразу же забирать с соседнего причала порожние и доставлять их на противоположный берег под погрузку. Погрузкой и выгрузкой на переправах занимались специальные команды из частей фронта, подчиненные комендантам пунктов и начальникам переправ. Такая же организация была принята и на переправах в районе Опатовац — Новисад. Противовоздушная оборона переправ обеспечивалась войсками ПВО фронта, а противоминная — силами и средствами флотилии. Чтобы обезопасить переправы от плавающих мин, пускаемых по течению противником, выше каждой переправы выставлялись сетевые и боновые заграждения.

Личный состав Дунайской флотилии работал в тяжелых условиях ледовой обстановки по 18—20 часов в сутки.

Военный совет и политотдел флотилии всеми силами старались поднять моральный дух личного состава, В своем обращении к морякам-дунайцам в январе 1945 г. Военный совет флотилии писал: «Товарищи катерники! Работой на переправах приумножайте славу Советского Военно-Морского флота! Выше порядок, организованность и дисциплину, работайте так же самоотверженно, как работает экипаж офицера Меньшикова. Для моряка-дунайца переправа — это фронт. Мы обеспечиваем русских богатырей-воинов, штурмующих кварталы Будапешта, снарядами, бомбами, орудиями и танками».

Орган политотдела — газета «Дунаец» быстро и оперативно доводила до личного состава флотилии обращения Военного совета и политотдела, печатала материалы о героизме моряков, широко пропагандировала их боевые подвиги. Вот строки из стихотворения моряка-дунайца Аркадия Загребного, напечатанного в газете «Дунаец»: 

И моряки были достойны этих слов. Бронекатер № 434 под командованием лейтенанта К.В. Меньшикова в самые тяжелые дни боев 3-го Украинского фронта с немецко-венгерскими войсками, прорвавшимися к правому берегу Дуная на участке Дунапентеле — Адонь, за трое суток проделал 85 рейсов. И все трое суток Меньшиков бессменно управлял катером. Во время одного из рейсов к правому берегу бронекатер попал в ледяные торосы. От удара разошелся шов корпуса, и вода хлынула в моторный отсек. Лейтенант Меньшиков приказал части мотористов остаться в отсеке и управлять моторами, а старшина группы мотористов Адриянов с двумя матросами на ходу зацементировали пробоину, С 18 по 25 января экипаж бронекатера переправил на буксируемых паромах 117 танков, самоходных орудий и бронеавтомобилей, 507 автомашин, 172 миномета и противотанковых орудий, 49 тонн горючего, 13 570 человек пополнения и большое количество разных грузов.

Команда бронекатера под командованием Героя Советского Союза старшего лейтенанта Г.К. Полякова работал на переправе 5 суток подряд. Отдыхал личный состав бронекатера лишь в те минуты, когда грузили или разгружали паром. В один из рейсов у бронекатера льдом срезало руль, и катер потерял управление. Главный старшина Крутарев, не раздумывая, погрузился в ледяную воду и поставил новый руль. Буксируемый паром с боеприпасами был вовремя доставлен к правому берегу Дуная.

Бронекатера № 134 (командир старший лейтенант А.А. Карпенюк) и № 431 (командир старший лейтенант И.К. Саратовцев) работали на переправе в районе Эрчи. За 8 дней они переправили 27 671 человек, 2184 тонны боеприпасов, 63 орудия и миномета. Когда одному из членов команды, старшему матросу Булавкину, находившемуся вместе с другими моряками более трех суток на холоде, предложили смениться и отдохнуть, он ответил, что сменится тогда, когда бронекатером будет выполнена боевая задача.

6 января Дунайская флотилия указом Президиума Верховного Совета СССР за боевые заслуги была награждена орденом Красного Знамени и стала называться Краснознаменной.

12 января в районе Дунапентеле бронекатер № 423, буксируя понтон для установки железнодорожного моста, в 17 ч. 45 мин. подорвал магнитную мину, при этом одна секция была повреждена и затонула, от взрыва погибли находившиеся на понтоне пять солдат и три матроса с бронекатера.

13 января по приказу Холостякова в Новисаде были погружены на железнодорожные платформы бронекатера №№ 6, 232 и 233 2-й Сулинской бригады для отправки их в район города Бая на поддержку приречных флангов наших частей. 15 января в 14 ч. 15 мин. железнодорожный эшелон с этими катерами вышел из Новисада в Дунапентеле. Бронекатер № 234 был поднят на железнодорожную платформу, а бронекатер № 5 подготовлен к подъему. 17 января в 16 ч. 50 мин. бронекатера №№ 5, 7 и 234 были отправлены на железнодорожных платформах из Носисада в Бая. Забегая вперед, скажу, что бронекатера №№ 6, 232 и 233 прибыли в конечный пункт — на железнодорожную станцию Салксентмартон в районе Дунапентеле — лишь в 6 часов утра 6 февраля. А железнодорожный эшелон с бронекатерами №№ 5, 7 и 234 прибыл в город Бая в 23 часа 18 января.

17 января противник, сосредоточив значительные силы в районе Сотин, прорвал оборону войск югославской армии и в 19 ч. 40 мин. занял населенные пункты Опатовац и Мохово. Для поддержки приречного фланга югославских частей три бронекатера (№№ 111, 414 и 415) 2-й Сулинской бригады были подготовлены к выходу из района Новисад в район Илок — Букин. Кроме того, в 20 ч. 30 мин. из района Боджани в район Букин вышла 508-я полевая батарея Берегового отряда сопровождения.

18 января войска 2-го Украинского фронта полностью овладели восточной частью города Будапешт, германско-венгерские части были зажаты плотным кольцом в западной части города.

В районе боевых действий войск 3-го Украинского фронта (северо-восточнее озера Балатон) противник силами трех танковых дивизий перешел в наступление, нанося удары по направлению Секешфехервар.

В 3 ч. 45 мин. 18 января бронекатера №№ 111, 414 и 415 2-й Сулинской бригады вышли из района Новисад и в 13 часов заняли огневые позиции в районе Шаренград для огневой поддержки приречных флангов частей нашей армии. В 17 ч. 05 мин. катера вели огонь из установок М-8-М по наступавшему противнику.

19 января танки и пехота противника, прорвавшие оборону войск 3-го Украинского фронта в районе озер Балатон и Веленце, вышли к Дунапентеле, стремясь пробиться к Будапешту вдоль Дуная. В 6 ч. 30 мин. Военный совет, оперативная группа походного штаба и политотдел Дунайской флотилии начали переправу на бронекатерах №№ 132, 339 и 423 из Дунапентеле на левый берег Дуная. Бронекатера перебрасывали одновременно войска, технику и раненых, работая под непрерывным артиллерийским и пулеметным огнем прорвавшегося противника. Это не позволило полностью эвакуировать имущество флотилии. Коммутатор узла связи и движок были уничтожены, продовольствие (2000 суточных дач) и часть обмундирования были оставлены. В 21 час Военный совет и оперативная группа походного Штаба флотилии прибыли в населенный пункт Бая.

В этот день в районе Шаренград противник подошел к западной окраине города и потеснил части югославской армии. Бронекатера №№111, 414 и 415 и минный катер № 29 2-й Сулинской бригады огнем поддерживали приречные фланги югославских частей, израсходовав 303 артиллерийских 76-мм снаряда и 43 реактивных снаряда.

19 января в 15 часов бронекатера 2-й Сулинской бригады № 8 и № 244 были отправлены на железнодорожных платформах из Новисада в город Бая.

Следует заметить, что Дунайская флотилия вела бои не только на основном будапештском направлении, но и продолжала поддерживать части югославской армии Тито в 80— 100 км западнее и севернее Будапешта. До середины марта 1945 г. в центральной части Югославии фронт продолжал оставаться на той линии, где он стабилизировался после Белградской операции. Линия фронта югославской армии проходила вдоль Дравы и Дуная до Шаренграда, далее к югу до реки Сава — восточнее линии Сараево — Госпич. К югу от Савы сплошного фронта не было. В этом районе немецко-хорватские войска создали лишь укрепленные пункты на важнейших узлах коммуникаций.