В палате уголовного суда — председатель полковник и ордена Св. Владимира кавалер И.М. Синельников, советники и секретари. Кроме палаты уголовного суда были палата гражданского суда и казенная, их состав был идентичен. При правлении существовали экспедиции: винная, соляная, «щетная». В наместничестве действовали «совестный», верхний земский суды; общий надзор осуществлял губернский прокурор В.Т. Золотницкий, при нем были два стряпчих (казенных и уголовных дел). В губернском магистрате были предусмотрены должности: председателя, обер-провиантмейстера, стряпчего и губернского секретаря. Приказ общественного призрения возглавлял сам правитель наместничества И.М. Синельников.
В отличие от городового управления на территории России в новых городах должности занимали в основном военные чины, что было связано с постоянной угрозой со стороны Турции.
Утверждая господство в Крыму, правительство делало ставку на татарское дворянство, в котором видело свою опору. В декабре 1783 г. из представителей крымской знати было сформировано Таврическое областное правление, находившееся под общим руководством начальника русских войск И.А. Игельстрома. Правители отдельных округов или уездов (каймаканы) были оставлены на своих постах, так же как и судьи (кадии); решение о каждом каймакане принимал лично Потемкин. Одного из них князь так представлял крымскому правительству: «Будучи известен о добрых свойствах и благоразумном поведении каймакана Козловского Али-аги, подтверждаю его в настоящим звании и надеюсь, что исправляемо им будет с порядком и справедливостью».
14 июня 1784 г. в Карасубазаре прошло первое заседание Таврического областного правления. Указом Екатерины II от 2 февраля 1784 г. была утверждена Таврическая область под управлением Потемкина, включающая в себя полуостров Крым, степь к северу от Перекопа (между Днепром, Конскими Водами и Бердой) и полуостров Тамань. В указе было сказано: «полуостров Крым с землею, лежащей между Перекопом и границ Екатеринославского наместничества, учреждая областью, под именем Таврической, покуда умножение населения и разных нужных заведений подадут удобность устроить ее губернию, препоручаем оную в управление нашему генералу, Екатеринославскому и Таврическому генерал-губернатору князю Потемкину, которого подвигом и самое наше и всех сих землях предположение исполнено, представляя ему разделить ту область на уезды, назначить города, приуготовить к открытию в течение нынешнего года, и о всех подробностях, к тому относящихся, донести нам и Сенату нашему».
Получив в свое управление Таврическую область, Потемкину пришлось заниматься решением подобных вопросов, что и при районировании Новороссийской и Азовской губерний. Различие заключалось в нескольких пунктах:
— во-первых, на обширных степных землях почти не было крупных городов, которые могли бы стать базой для развития края, следовательно, при определении уездов необходимо было выбрать подходящие места для устройства населенных пунктов и там в первую очередь создать органы местного управления;
— во-вторых, в связи с тем, что граница стала проходить по морскому побережью, отпала необходимость строить города-крепости на укрепленных линиях. На первое место встал вопрос устройства морских портов, для ведения торговли и организации военного флота и верфей.
К 1784 г. Потемкин — уже сформировавшийся опытный государственный деятель, успешно управляющий губерниями и Военной коллегией. К этому времени у него сложилась своя «команда» подчиненных, а вернее соратников, прекрасно понимающих его замыслы и распоряжения и способных творчески их реализовывать. Правителем канцелярии с апреля 1784 г. стал деятельный чиновник Василий Степанович Попов. Образование он получил в Казанской гимназии, по окончании которой, в 1767 г., поступил на военную службу. Не имея склонности к строевой службе, Попов сумел раскрыть свои таланты в канцелярской работе. Замеченный князем В.М. Долгоруковым-Крымским (ему он понравился искусным изложением канцелярских бумаг), Попов был взят в 1771 г. в секретари и с этого времени не разлучался с князем. Особо следует заметить, что он вместе с Долгоруковым находился в Крыму еще до заключения Кючук-Кайнарджийского мира и, следовательно, был очень хорошо осведомлен по всем крымским делам. Это помогало Василию Попову в дальнейшем оперативно и эффективно решать многие вопросы. Он сумел стать необходимым помощником Потемкину, заведовал его походной канцелярией, ведя переписку и исполняя не только служебные, но и личные распоряжения. Благодаря своим способностям и покровительству Потемкина B.C. Попов достиг высших ступеней государственной иерархии и заслужил репутацию самого близкого и преданного человека «великолепного князя Тавриды». После смерти Потемкина Попов в 1792 г. был назначен начальником Императорского кабинета Екатерины II, а затем служил при Павле I и Александре I.
С назначением B.C. Попова на должность правителя потемкинской канцелярии в его функции вошло ведение всех текущих дел по управлению с последующим докладом князю и исполнение его распоряжений. Административные лица обращались к Попову, причем в письмах высказывали иногда со всей откровенностью свои просьбы, мысли, требования, личные пожелания и взгляды с тем, чтобы он мог более подробно информировать Потемкина.
По заведенному правилу губернаторы должны были периодически представлять рапорты о состоянии вверенных им территорий, а в военное время Потемкин ужесточил свои требования к чиновникам. 17 апреля 1788 г. он писал командовавшему в Крыму корпусом М.В. Каховскому: «Я выхожу из терпения, не получая от вас обыкновенных 3-х дневных рапортов, которые вам отправлять ко мне по средам и субботам предписываю, хотя бы и ничего там не случилось. Сей порядок наблюдаем быть должен и в случае отсутствия вашего». В данный период большое значение приобретает личное присутствие Потемкина в губерниях, в отличие от времени до присоединения Крыма, когда могущественный фаворит осуществлял руководство, находясь при дворе. О решении князя руководить областью на месте сообщил в марте 1784 г. А.А. Безбородко графу С.Р. Воронцову: «Князь Потемкин отправился в губернии в субботу с тем, чтоб в июне возвратиться. Он полагает первые четыре или пять месяцев года всегда проживать в своих наместничествах». Теперь уже Потемкин основывался не только на докладах и донесениях губернаторов, а лично объезжал Крым и Тамань с тем, чтобы разработать планы разделения области на уезды, устройства новых населенных мест, определить земли для раздачи помещикам и поселения новых жителей и т.д.
Тогда же, например, им было определено место для построения Севастопольской крепости, о чем он сообщил Екатерине в письме от 29 июля 1783 г.: «По отправлении курьера поеду в Ахтияр для положения, как укреплять; и как о сем месте, равно и о всей пограничной системе, представлю мое мнение». В другом донесении императрице Потемкин уведомляет о своих многочисленных поездках по Крыму для осмотра «нужных мест» и обещает прислать «представления». В любую погоду по бездорожью, загоняя лошадей, спешил наместнический кортеж от города к городу, от крепости к крепости. Потемкин часто и тяжело болел, и почти в каждом послании заботливая государыня, помнившая приступы жестокой лихорадки еще в те времена, когда Потемкин был в соседних покоях, писала: «береги свое здоровье», «со здоровьем не шути». Он был нужен ей еще на долгие годы.
Начиная работу по организации системы управления в Таврической области, Потемкин предварительно изучил историю развития Крыма, сложившуюся систему управления; он даже обратился через B.C. Попова к известному сочинителю и издателю Н.И. Новикову, с которым учился вместе в Московском университете, с просьбой разыскать сведения о татарских родах «в российском дворянстве для полезного в новоприобретенных провинциях употребления». Все это легло в основу чернового проекта доношения Потемкина к Екатерине с предложением установить в Тавриде «правление по образу во всей России… установленному», сопровождавшееся краткими ведомостями о числе доходов, городов, деревень и количестве жителей. «Херсон Таврической, сколько известно по истории, — писал бывший ученик Московского университета, — населен пришедшими из Азии народами, кои именовались таврами, от горы Тавра, где они жили, потом наполнился оной разными народами из Греции… а во время крестоносных походов генуесцами и венецианами, с которыми множество армян жило, а, наконец, татары из сонма Али-Джингис-Хана тут окоренились, а как… они поселились поколениями… то и управление земское по сему же разделилось безо всякого соображения разстояния мест и числа народа». Обоснованность данного проекта свидетельствует о глубоких исторических познаниях Потемкина и желании решать вопросы управления с учетом традиций и обычаев народов Крыма.