Тщательность следствия была максимально возможной в тех условиях. Малейшие имеющие хоть какое-либо отношение к Цареубийству предметы, свидетельства скрупулезно собирались и анализировались. Все документы сохранялись в трех экземплярах (для Дитерихса, Соколова и английского журналиста Р.А. Вильтона, наблюдавшего за ходом следствия и готовившего информацию на Запад, копии с наиболее ценных материалов отправлялись также Министру юстиции проф. Г.Г. Тельбергу). В прессе материалы о ходе следствия не публиковались, и лишь изредка, в виде слухов, в некоторых правых газетах появлялись указания на то, что Государь жив, укрыт в надежном месте и рано или поздно заявит о себе.

Отъезжая на фронт, получив новое назначение, Дитерихс продолжал контролировать ход следствия. При его содействии Соколов получил специальный вагон, в котором жил и работал на станции в Екатеринбурге. К работе периодически подключались офицеры Контрразведывательного отделения Восточного фронта, под непосредственным наблюдением главного начальника Военно-административных управлений Восточного фронта генерал-майора С.А. Домонтовича, раскопки в лесу и их охрану выполняли солдаты Сибирской армии. Всего в следствии принимало участие более 1 000 человек. По инициативе Дитерихса в начале июня начались раскопки непосредственно на Коптяковской дороге, в урочище Ганина Яма. Раскопки шли вплоть до сдачи Екатеринбурга красным войскам (она произошла почти через год после гибели Царской Семьи, 15 июля 1919 г.).

Еще в феврале 1919 г. адмирал Колчак приказал Дитерихсу все собранные вещи, принадлежавшие Царской Семье и не имеющие непосредственного отношения к следствию, отправить в Англию, для передачи близким родственникам Николая II, в частности – его сестре Ксении Александровне. Собранные вещи – одежда, украшения, предметы домашнего обихода, книги, многочисленные иконы, а также части вырезанных пола и стен в подвале, где произошло убийство – были тщательно упакованы в 50 ящиков и отправлены специальным поездом во Владивосток, откуда на английском крейсере "Кент" они должны были быть доставлены в Лондон. Однако по прибытии в порт оказалось, что ящиков всего 29. Остальные исчезли. 18 марта 1919 г. они были сданы командиру корабля, но по прибытии в Англию обнаружилась новая пропажа. После вскрытия ящиков обнаружилось, что большая часть вещей пропала и заменена разным мусором[53]. Так людские страсти продолжали окружать Августейшую Семью и после ее гибели.

Из всех реликвий Царственных Мучеников сохранилась лишь Библия с пометками Государя и Государыни. Обнаруженная в комнате Ипатьевского дома, она находилась у самого Дитерихса, почитавшего ее как Святыню. После его кончины София Эмильевна передала Библию "Обществу ветеранов Великой войны" в Сан-Франциско, где она хранится до сих пор в красном углу Суворовского зала "Общества".

Участие в расследовании Цареубийства стало для Дитерихса и неким Актом Покаяния. Гражданская война становилась для Дитерихса не просто противостоянием белых и красных, а противостоянием Христа и Антихриста, борьбой Добра со Злом, борьбой, которая должна идти под Знаменем Православной Веры. Не случайно штабной вагон генерала был украшен многочисленными иконами, бережно хранимыми позднее в Зарубежье.

Ни в коем случае нельзя отрицать духовное содержание Белого движения. Верховный Правитель России адмирал Колчак был Православным христианином, в нем была убежденность в правоте Белой борьбы. Примечательно, что официальным гимном Белой России был признан "Коль славен наш Господь в Сионе" Д. Барятинского и М. Хераскова. Но… По словам С.П. Мельгунова, "…Колчак жаловался, что мнения Дитерихса всегда шли наперекор его мнениям, и что ему приходилось напоминать своему начальнику штаба, что лицом решающим все-таки является он, Колчак… Может быть, здесь играла роль политическая антипатия. Колчак для Дитерихса – демократ, следовательно, политический антипод. "Мистика" Колчака весьма мало сближалась с "мистикой" Дитерихса: у Колчака на первом плане была Россия, у Дитерихса – монархическая Россия…"[54].

Но все эти разногласия проявятся позже. А в мае 1919 года, в момент знаменитого "весеннего наступления" Российской армии, адмирал Колчак решил использовать знания и опыт Дитерихса, назначив его Командующим Сибирской армией.

Дитерихс возвращался на фронт. Этому предшествовало дипломатичное поручение от Колчака: Дитерихсу и генералу для поручений при Ставке М.А. Иностранцеву предстояло разобраться с конфликтом между Командующим Сибирской армией генералом Р. Гайдой и Начальником Штаба Ставки генерал-майором Д.А. Лебедевым. Гайда, перейдя из корпуса на службу к Колчаку (одним приказом с Дитерихсом), получил чин генерал-лейтенанта, но держал себя независимо по отношению к Ставке. Ген. Лебедев не мог с этим мириться и считал наилучшим способом руководства детальный контроль за армиями. Директивы Ставки носили подчас чересчур мелочный характер и не соответствовали положению дел на фронте. В результате Гайда публично заявил о своем неподчинении Ставке. С точки зрения воинской дисциплины, этот проступок был недопустим. И именно к Дитерихсу, зная его как "обладающего достаточным служебным опытом и тактом", обратился Колчак с просьбой расследовать поведение Гайды. В ходе служебного разбирательства Дитерихс убедился, что Гайда, хотя и превысил допустимые полномочия, все же имел право на выражение недовольства уже потому, что генерал Лебедев подчас требовал от фронта абсолютно невыполнимых вещей. Встретившись с Гайдой, используя свои контакты еще по службе в Чехословацком корпусе, Дитерихс убедил Гайду не делать никаких шагов, могущих навлечь на него обвинения в попытках захвата власти. При этом Дитерихс обратил внимание Колчака и на недостаточный профессионализм Ставки. В результате и Лебедев, и Гайда были оправданы. Нарождающийся конфликт между Ставкой и Сибирской армией был исчерпан, во многом благодаря Дитерихсу[55].

Однако, недоверие Колчака к Гайде сохранялось, и, в конце концов, 11 июля 1919 г. Дитерихс сменил его на посту Командарма Сибирской армии. Правда, фактически командовать армией ему не пришлось. 26 июля 1919 г., в целях лучшего оперативного использования, она была разделена на 1-ю и 2-ю Армии, под командованием генерал-лейтенанта А.Н. Пепеляева и генерал-лейтенанта Н.А. Лохвицкого (бывшего Начальника 1-й Особой Русской дивизии, воевавшей в годы Великой войны во Франции) соответственно. 3-й (бывшей Западной) Армией стал командовать сослуживец Дитерихса еще по работе в штабе Юго-Западного фронта Великой войны генерал-лейтенант К.В. Сахаров.

Дитерихс в должности Командарма успел лишь организовать планомерный отход сибиряков, расстроенных июньскими поражениями под Пермью и Кунгуром. Попытки задержать отступление под Екатеринбургом 12-13 июля не удались, и Дитерихсу с личным конвоем пришлось прикрывать эвакуацию военных и гражданских эшелонов из города (особенно бдительно следили за эвакуацией Комиссии Соколова)[56].

14 июля 1919 г., в день оставления Екатеринбурга, Дитерихс был назначен Колчаком на должность Главнокомандующего армиями Восточного фронта[57]. Положение на Восточном фронте в июле 1919 года можно было бы назвать "неустойчивым равновесием". "Весеннее наступление" Российской армии не достигло своих целей. Так и не дойдя до Волги, не создав общего фронта с Северной армией генерала Миллера, наступление остановилось. После Уфимской и Златоустовской операций части красной армии начали свой "переход через Урал". Западная и Сибирская армии медленно отходили, пытаясь задержаться на каждом удобном рубеже, но численное превосходство красных не позволяло остановить их продвижение на Восток. Требовались пополнения. На фронт направлялись новые резервы – 11, 12 и 13-я Сибирские дивизии, еще не закончившие своего формирования. Предполагалось снова вывести в бой части Чехословацкого корпуса, с их помощью осуществить прорыв на Вологду-Котлас и объединиться, наконец, с Северным фронтом. Планов было много, и до "пораженческих настроений" было далеко. Напротив, Белая Сибирь продолжала жить надеждами на признание власти Колчака де-факто ведущими мировыми державами. Телеграф приносил радостные известия о взятии Вооруженными Силами Юга России (ВСЮР) генерал-лейтенанта А.И. Деникина Харькова, Екатеринослава и Царицына, о начале "похода на Москву". В этой обстановке потеря Предуралья не казалась катастрофой.