В ночь на 22 июня в море были поставлены на якорях пять щитов для проведения стрельб. По-видимому, флот хотел повторить те опыты освоения новых методов стрельбы, которые вырабатывал в это время Черноморский отряд под командованием Г.Ф. Цывинского. Начинали с элементарных упражнений-стрельбы на прямых курсах из вспомогательных стволов. Первым 22 и 23 июня стрелял "Цесаревич", за ним 24 и 25 "Слава". Окончив стрельбу, у входа уменьшили ход до 7,5 уз, идя по каналу, ведущему с моря в аванпорт. Течением корабль сносило к N, но курс, как всем казалось, сохранялся строго между южным краем входных ворот и створными знаками. В расстоянии 730 сажень от западных ворот на корабле ощутили легкое сотрясение корпуса. Ход уменьшили до малого и благополучно вошли в аванпорт. Осмотром междудонных отсеков, около вертикального киля по левому борту обнаружили след, прочерченный по днищу каким-то твердым предметом. Вмятина глубиной 1,5 дм и шириной до 2 фут простиралась на протяжении 80 фут от 57 до 76 шп. Между 62 и 63 шпангоутами замечалась течь, несколько заклепок слезилось. Осадка корабля в момент аварии составляла носом 25 фт 3 дм, кормой 27 фт 9 дм.
По мнению портового корабельного инженера, повреждение не могло помешать внутреннему плаванию, временные легкие подкрепления флоров можно было выполнить за 12 дней. К работам решили приступить по окончании особенно широко отмечавшегося тогда торжества, 200-летия Полтавской битвы. На кораблях 27 июня провели богослужение, подняли флаги расцвечивания, произвели императорский салют в 31 выстрел. Команде дали сообщение о Петре Великом и Полтавской битве, на берегу провели церковный парад и развлечения для матросов в заложенном тогда же Петровском парке. Вечером корабли были иллюминированы.
С помощью водолазов на месте аварии "Славы" обнаружили несколько крупных камней. Поднятые 30 июня и 1 июля два камня имели высоту 2,5 фт и 4 фт, но каких-либо следов прикосновения к днищу "Славы" на них не обнаружили. Обследование опасного места продолжили, но от выхода кораблей в условиях сильных ветров и частных туманов пришлось отказаться. В заключение своего рапорта контр-адмирал В.И. Литвинов, рискуя вызвать неудовольствие начальства, предлагал сделать безопасным для кораблей не только вход в гавань, но "теперь же "приступить к углублению самого аванпорта, глубины которого не везде достаточны для глубокосидящих кораблей вверенного мне отряда".
Наконец, завершал адмирал свой рапорт, "независимо от зтих банок общая глубина аванпорта слишком мала, под килем остается воды столь недостаточно, что нет возможности спустить водолаза для осмотра дниша, и незначительный камень или другой случайно попавший предмет могут неожиданно вызвать серьезную аварию".
Державшаяся почти все лето неспокойная погода мешала тралению и выявлению камней, и отряд, как выразился в своих воспоминаниях В. А. Белли, оказался на зто время заблокированным в порту. Пришлось ограничиться чисто рейдовыми учениями и обильной практикой в управлении шлюпками под зарифленными или даже штормовыми парусами. Только к 23 июля удалось найти предательский камень, на котором остались следы краски и ржавчины с днища "Славы". Камень взорвали. Случалось из-за шторма в гавани оставлять на берегу застигнутую там часть команды. Из-за недостатка вех сумел приткнуться к мели и пришедший в Либаву (на пути из Дании) крейсер "Диана".
23 июля снова установили в море шиты, но вновь разыгравшаяся непогода заставила "Цесаревич" прервать начатую было стрельбу из вспомогательных стволов. "Слава" заканчивала подкрепление набора и заливку участков повреждения цементом. 23 июля по случаю престольного праздника служили обедню, днем устроили для команды игры и гуляния на верхней палубе, а вечером командный спектакль. 25 июля "Слава" с баржи приняла очередную партию (500 т) донецкого угля, средняя скорость погрузки составила 125 т/ч.
27 июля всем отрядом провели гребную гонку, молебном и салютом по положению отметили годовщину Гангутской победы. 29 июля в состав отряда были возвращен крейсер "Адмирал Макаров" и зачислен закончивший испытания, построенный в Англии крейсер "Рюрик". Корабли усиленно готовились к маневрам, которые состоялись с вечера 3 августа до вечера 5 августа. "Слава" и "Цесаревич", конечно, сыграли в них главную роль, подтвердив свою достигнутую постоянным трудом выучку и искусство. Окончание маневров "Славу" и "Цесаревич" застало на Большом Кронштадтском рейде, "Адмирала Макарова" – на Малом Кронштадтском рейде, "Рюрик" в Балтийском порту, откуда он 7 августа пришел в Кронштадт. Крейсер "Богатырь" форсировал свои ремонтные работы в Петербурге.
10 августа к отряду присоединился крейсер "Россия", но дни Балтийского отряда были сочтены. Выполнив свою роль кузницы кадров нового флота, он должен был часть кораблей отдать для формирования нового отдельного отряда для плавания с корабельными гардемаринами, а основное ядро-линейные корабли отправить в давно ожидавший их ремонт. Состав этого отряда определился, видимо, не сразу. В этот же день на корабли Балтийского отряда прибыли гардемарины-судостроители, проходившие практику на заводе Морского ведомства. На крейсер "Рюрик" перевели 70 человек молодых учеников строевых унтер-офицеров. С отряда на "Аврору" перевели 91 ученика строевых унтср-офицеров и 4 инструктора. 13 августа после промежуточных (вроде студенческого семестра) "поверочных экзаменов и составления аттестаций" со "Славы" и "Цесаревича" на крейсера "Богатырь", "Диана", и "Аврора" перевели 118 гардемаринов, а со "Славы" на "Богатырь" – оставшиеся на отряде 89 учеников строевых унтер-офицеров и 4 инструктора.
14 августа на "Славу" с учебного судна "Верный" прибыли ученики. Пополнился учениками, начав выходить в морс для стрельб, и крейсер "Рюрик". Флот энергично пытался восполнить всс еще острейшим образом сказывавшийся некомплект команд.
В полночь на 16 августа "Слава" подняла флаг начальника отряда, перебравшегося со штабом с уходившего в док "Цесаревича". 20 августа в Александровский док ввели состоявший в отряде крейсер "Россия". На нем обнаружились большие повреждения медной наружной обшивки. 31 августа уже сформированный к тому времени новый гардемаринский отряд ("Аврора", "Богатырь", "Диана") и еще номинально сохранившийся Балтийский отряд были "осчастливлены" (так полагалось писать в рапортах и верноподданических отчетах) посещением ГОСУДАРЯ императора (все упоминания августейших особ всегда выделялись прописными буквами). Осмотрев три крейсера нового гардемаринского отряда и транспорт "Океан" под флагом начальника Соединенных отрядов, император перебрался на "Славу" и "Цесаревич". На обоих кораблях царь "здоровался с офицерами и командой, обходил корабли, посетил лазарет и перед съездом благодарил за службу". При отваливании команда кричала "ура" и производился салют в 31 выстрел. По уходе императорской яхты на "Диане" подняли контр-адмиральский флаг, которому салютовали все корабли. Это означало традиционное (причем уж явно авансом, производство в чин первого адмирала командующего новым гардемаринским отрядом капитана 1 ранга Н.С. Маньковского. Благополучно командовавший "Цесаревичем" в первых гардемаринских плаваниях, он теперь отодвигал с должности своего командующего В.И. Литвинова.
Невидимые для флота, как и в стародавние времена, продолжали в недрах ведомства действовать хорошо упрятанные пружины кадровой бюрократической системы. Напрямую о влиятельном в клановом кругу друзей министра С.А. Воеводского и царского наперсника адмирала К.Д. Нилова упоминал в своих дневниках и И.К. Григорович. Механизм этой системы ("все кандидаты получают части, а мой кандидат граф Стенбок- Фермар все не получает", – жаловался государь помощнику военного министра в 1907 г.) приоткрывал в своих "Мемуарах (М., 1924, с. 22) бывший военный министре 1915-1916 г. А.А. Поливанов (1855-1920). Но смещению весьма, казалось бы, успешно действовавшего адмирала В.И. Литвинова объяснений нет. В числе факторов, повлиявших на судьбу адмирала, могли оказаться его более чем неприятные отзывы о достоинствах порта императора Александра III, который император Николай II особенно ценил как выдающееся творение своего царствования и память о своем дражайшем родителе. Пока же адмирал все лето после возвращения из-за границы оставался номинальным командующим Балтийским отрядом, ибо все большие плавания, маневры и учения проходили, как правило, под руководством начальника Соединенных отрядов Н.О. Эссена.