Екатерина II немедля замечает: «Имена семинаристов нужно знать, паче же тех, кои постриглись, дабы не попались в кандидаты епархиальные для епископства».

В ноябре 1791 года Н. И. Новиков, испытывая финансовые затруднения и чувствуя, что над ним сгущаются тучи, был вынужден подписать «Акт уничтожения типографической компании», Однако масонские книги, запрещенные Екатериной II, продолжали выходить. Они печатались в «тайной типографии», расположенной в доме, где жил Шварц, близ Меньшиковой башни. Рабочие здесь были особые — немцы. Это роняло еще большую тень на Новикова, так как книги, печатаемые в этой типографии, выходили под маркой новиковской типографии и часто без указания года. Таким образом, эти книги могли в любое время приписать Новикову, обвинив его в злостном нарушении государевых указов.

Политическая атмосфера в 1791 году еще больше накалилась. Произошел разрыв со Швецией, сопровождавшийся военными действиями. К границам Курляндии двинула свои войска Пруссия. Грозила выступлением Польша. В Англии шли приготовления к выходу флота в Балтийское море. В экономике России, как и во Франции накануне революции, наступил застой. В правительственном аппарате царили разногласия, подогреваемые вельможами-масонами, кои были недовольны действиями императрицы и страшились возможных последствий. Весной 1791 года Екатерина II, по свидетельству приближенного ко двору масона Лопухина, подписала указ о производстве следствия над «мартинистами». Она передала его графу Безбородко. Но последний не торопился пускать указ в ход, так как «не видел повода» и считал, что преследование масонов «не соответствует славе Екатерины».

Зимою 1791/92 года Баженов, выполняя волю масонов, нанес очередной визит Павлу. Наследник престола встретил на сей раз архитектора не очень дружелюбно. Но, узнав, что зодчий прибыл предупредить его о надвигающейся опасности, Павел весьма подобрел. Цесаревич тут же уничтожил все компрометировавшие его документы. Затем он счел возможным отблагодарить Баженова.

— Я, как ты знаешь, определен матушкой генерал-адмиралом русского флота. Не желаешь ли ты, друг любезный, быть со мною рядом? Я предлагаю тебе поступить на службу в Адмиралтейство по архитектурной части.

Друг зодчего Каржавин писал, что Баженов «вступил в оную службу на 700 рублей жалованья, продав свой дом в Москве, а в Петербурге, заводясь всем нужным, снова пришел до совершенного разорения, когда государь-наследник, выпрося его из ведения императрицы, принял под свое покровительство и поправил состояние его, определив его к разным местам и детей его в собственный свой штат…».

13 апреля 1792 года Екатерина подписала указ Прозоровскому, в котором она велела подобрать «надежных» людей и произвести обыск у Новикова, как в московском его доме, так и в деревне. Одновременно с осмотром имения Новикова Прозоровский подверг обыску и книжные лавки. Запрещенных ранее книг было найдено немало. Имел ли к ним отношение Новиков? Трудно сказать. Ведь многие книги печатались в «тайной типографии» без его ведома. Но их наличие у торговцев и на складах было достаточным основанием для обвинений, ибо объективно складывалось впечатление, что Новиков знал об их существовании, но умышленно молчал.

25 апреля в Москве началось следствие.

На основании масонских бумаг Прозоровский в период следствия делает вывод, что «вольные каменщики» отрицают существующую организацию государства и церкви. Их цель — создание особой космополитической организации, членам которой «в присягу вмещено, что повиноваться они безмолвно должны главному начальнику, но кто он таков, об нем не спрашивать». Прозоровский замечает: «О государстве и отечестве нигде в розовых кавалерах (т. е. у розенкрейцеров) не видно; да, кажется, отечества быть у них и не может, как они братья со всеми в свете масонами» и стремятся «ввести единозаконие в свете». От таких людей, по мнению Прозоровского, немалый вред, «ибо которые вошли и привязались к ним, те все удаляются от всякаго государственнаго служения». Прозоровский предложил не передавать дело в обычный суд, чтобы лишить возможности масонов и обывателей «замешать оное дело». Екатерина прислушалась к этому совету и 10 мая 1792 года приказала А. А. Прозоровскому переправить Новикова в Шлиссельбургскую крепость, «а дабы оное, — писала она, — скрыть от его сотоварищей, то прикажете везти его на Владимир, а оттуда на Ярославль, а из Ярославля на Тихвин, а из Тихвина в Шлюшин, и отдать тамошнему коменданту; везти же его так, чтоб его никто видеть не мог, и остерегаться, чтоб он себя не повредил».

Далее допросное дело было передано С. И. Шешковскому.

Разбирая масонские бумаги, Прозоровский наткнулся на записку о Павле, составленную Баженовым. Это был отчет архитектора о его очередном визите к цесаревичу. По этому поводу Новикову были представлены вопросные пункты. Из показаний следовало, что это не первоначальный вариант записки. Отчет значительно отредактирован. Однако на основании первоначального варианта, как выяснилось на допросе, была сделана выписка «о образе мыслей той особы и по переводе отдана барону Шредеру, который хотел об этом писать в Берлин…».

Императрица, пришедшая в негодование и считавшая, что это есть свидетельство заговора, была вынуждена обратиться за разъяснениями показаний масонов к великому князю.

Но Павел все отрицал и даже, кажется, сумел убедить Екатерину, что это все наветы и «клеветническо-лакейские намерения». Императрица решила этот вопрос не заострять, чтобы не давать поводов для лишних разговоров. Однако подозрения остались, о чем свидетельствуют ее возражения на показания Новикова, найденные в следственном деле.

В. Баженов остался нетронутым. На сей раз ему повезло. Государыня сочла, что архитектор был слишком мелкой пешкой в этой игре, что он оказался игрушкой в руках масонов-заговорщиков, за что в достаточной степени и поплатился. Что же касается известного книгоиздателя и литератора Новикова, то императрица решила серьезно отомстить ему и тем самым устрашить других масонов. Формальных оснований для этого было достаточно. Имелись в том числе и дополнительные секретные донесения о сомнительных целях берлинских масонов, с коими поддерживались связи, о подозрительной переписке с зарубежными «мастерами» и т. п.

Кое-какие сведения и факты, представленные Новикову во время следствия, действительно были для него новостью. И если это каким-то образом затрагивало интересы отечества и роняло тень на его гражданскую честь, то издатель искренне каялся и не менее искренне заявлял о том, что был в неведении и никогда не помышлял о том, что его действия и причастность к масонству могут быть направлены супротив государства.

Решение императрицы — проучить масонов — было непреклонным. 1 августа 1792 года она подписала указ, в коем говорилось: «…И хотя поручик Новиков не признается в том, чтобы противу правительства он и сообщники его какое злое имели намерение, но следующие обстоятельства обнаруживают их явными и вредными государственными преступниками».

Екатерина в указе отмечала, что масоны «делали тайные сборища, имели в оных храмы, престолы, жертвенники; ужасные совершались там клятвы… которыми обязывались и обманщики и обманутые вечною верностию и повиновением ордену Злато-розового креста, с тем чтобы никому не открывать тайны ордена, и если бы правительство стало сего требовать, то, храня оную, претерпевать мучения и казни». В документе масонов обвиняли в том, что «дерзнули они подчинить себя герцогу Брауншвейгскому, отдав себя в его покровительство и зависимость», что «имели они тайную переписку с принцем Гессен-Кассельским и с прусским министром Вельнером изобретенными ими шифрами и в такое еще время, когда берлинский двор оказывал нам в полной мере свое недоброхотство». В числе прочих провинностей указывалось и на то, что масоны практикуют обряды и ритуалы, «вне святой нашей церкви непозволительные…».

Словом, приписывая Новикову все масонские грехи, которые, возможно, и были, но в коих повинен был не столько книгоиздатель, а сколько его ловкие орденские руководители, императрица повелела в указе «запереть его на пятнадцать лет в Шлиссельбургскую крепость».