В своих показаниях 25 апреля 1866 года Худяков сообщил, что еще в декабре 1865 года Ишутин информировал его о тайном революционном обществе в Москве и поручил организовать такое же общество в Петербурге, указав на А. И. Никольского и Н. Д. Ножина как на его участников. Он говорил, что организация в Петербурге еще не составилась, что было «только начало общества, и далее оно не распространилось».
Помимо Ножина, Худяков назвал еще Андрея Фортакова, а также Ведерниковых (мужа и его гражданскую жену Е. В. Гололобову), Лебедевых, Комарову, Зайцева, Печаткина. Он заявил: «Лица эти, хотя и разделяют революционные убеждения (кроме А. Лебедева), но о существовании общества (за исключением Ножина) не знали».
О принадлежности Ножина к революционному обществу Худяков мог говорить смело, без опасения подвести его: он умер 3 апреля 1866 года, за день до покушения на царя. Если верить медицинскому заключению, которое делали его же товарищи, Ножин умер от тифа. В черновой рукописи «Опыт автобиографии» Худякова, где рассказывается об ожидании ареста после выстрела Каракозова, есть загадочная фраза: «Н. отравился. Склянка». В обстоятельствах внезапной смерти Ножина до сих пор много загадочного. В обстоятельствах его жизни также далеко не все ясно. Бесспорно одно: революционность убеждений этого «известного нигилиста» той поры. «Ножин был фанатик, человек, порвавший ради своих убеждений с семьей, с блестящей карьерой, со своим кругом, — характеризует Ножина его современник. — Оп был одним из тех людей, которые знают одной лишь думы власть, одну, но пламенную страсть». Этой страстью для Ножина была революция.
Ножин учился за границей, в Гейдельберге, где был дружен с известным гарибальдийцем Львом Мечниковым, с будущим мужем сестры Зайцева Якоби, который во время Польского восстания был командиром отряда повстанцев, с сыном Герцена, с Николаем Курочкиным, встречался с А. И. Герценом и Бакуниным. «Мы почти поголовно были социалистами и даже коммунистами, мечтали об обращении крестьянской общины в фаланстер, ненавидели всей душой русское правительство, зачитывались «Колоколом», «Полярной звездой», боготворили Герцена», — вспоминает один из друзей Ножина по Гейдельбергу. Таковы были убеждения Ножина, когда он в конце 1864 года вернулся из-за границы. Будучи человеком «брызжущего ума, сверкающей фантазии, огромных способностей к труду и обширных знаний (по биологии)», — так характеризовал его будущий публицист «Отечественных записок» Михайловский, сотрудничавший вместе с Ножиным в «Книжном вестнике», Ножин сразу же занял главенствующее положение в дружеском кружке.
В правительственном сообщении по делу Каракозова, написанном лично Муравьевым, Худякову вменялось в вину и то, что он «состоял в сношениях с социалистическим кружком крайнего нигилиста Ножина (умершего в апреле этого года), который находился в связи и переписке с заграничными агитаторами». III отделение детальнейшим образом исследовало круг знакомых Ножина — в фондах его хранится объемистое дело «О кружке знакомых Ножина», в котором говорится: «Что касается лиц, из которых состоял круг друзей и знакомых Ножина, то по следствию оказалось, что в более близких с ним отношениях находились: бывший студент Варфоломей Зайцев, вольнопрактикующий врач Николай Курочкин, сотрудники «Книжного вестника» Николай Михайловский, корректор Иосиф Згоржельский, дворянин Иван Ведерников, слушатель технологического института Александр Лебедев и бывший студент Филитер Орлов… С начала января месяца 1866 года Зайцев жил с Ножиным в одном доме по Итальянской улице и был с ним очень дружен, виделся очень часто, особенно последнее время».
Допросы Зайцева, когда он сидел в Петропавловской крепости (он был арестован 28 апреля 1866 года), были подчинены одной задаче: выяснению его взаимоотношений с Ножиным и через последнего — с революционным подпольем конца шестидесятых годов. Собственно говоря, и арестован-то он был, равно как и Н. Соколов, Н. Курочкин, Ф. Орлов, «по случаю знакомства и сношений его с коллежским советником Ножиным, который подозревался в преступных сношениях с бывшим домашним учителем Ив. Худяковым».
Особенно интересовал III отделение такой факт: в январе 1866 года на квартире у Ножина был вечер, на котором присутствовало около тридцати гостей. В их числе Н. Курочкин, В. Зайцев, Ведерников, Михайлов, Згоржельский, Лебедев и двадцать с лишним кадетов Морского корпуса. Муравьев был уверен, что это сборище не было случайным и имело конспиративные цели. Однако показания Зайцева, Курочкина, Ведерникова и всех остальных арестованных были таковы, что комиссия Муравьева так и не получила никаких фактов, которые уличали бы Зайцева, Н. Курочкина и других в принадлежности к подпольной революционной организации. Вот почему комиссия кн. Муравьева была вынуждена 28 августа 1866 года освободить В. Зайцева и его товарищей из-под ареста, оставив тем не менее «под бдительным негласным наблюдением полиции». В нашем распоряжении нет данных, которые позволяли бы документально утверждать, что Зайцев принадлежал к кружку ишутинцев в 1865–1866 годах. Но круг его друзей этой поры и, в частности, тесная дружба с Ножиным, который, бесспорно, был членом худяковского кружка, так же как дружба с Сулиным и Гольц-Миллером в студенческие годы, говорит о многом. Характер отношений Зайцева с Ножиным был таков, что невозможно предположить, будто Зайцев не знал о подпольной революционной деятельности своего самого близкого друга тех лет. Я уверен, что дальнейшее исследование деятельности ишутинцев даст в отношении Зайцева, Ножина и Сулина, равно как и в отношении библиотеки Яковлева и Голицына, много неожиданного.
Разгром революционных кружков в 1866 году, плотная завеса реакции, опустившаяся после каракозовского выстрела на страну, приводили Зайцева в отчаяние. Оп выразит эту свою боль, свою ненависть к самодержавию в блистательной статье «Положение русской прессы», которую напишет сразу же после того, как ему удастся вырваться в эмиграцию в 1869 году.
Статья эта, написанная по свежим впечатлениям последних лет жизни на родине, беспощадно правдива. По словам критика, Россия шестидесятых годов представляет собой «невиданное нигде явление самой кровавой и дикой реакции, наступившей без предшествовавшей революции». Он рассказывает читателям об арестах, ссылках и преследованиях, которые безостановочно продолжаются все пореформенные годы в России, — и за все эти девять лет, за исключением каракозовского выстрела, «никому не случилось слышать ни о каком малейшем факте, который можно было бы считать побудительной причиной хотя бы к одному из тех бесчисленных гонений… последовательный ряд которых уже 9 лет составляет всю историю русского общества. По всем дорогам российского царства непрерывно скачут тройки с жандармами, уносящие нашу молодежь гибнуть в разных захолустьях. Все тюрьмы, казематы, кутузки, остроги постоянно переполнены несчастными, большею частью тщетно ломающими себе голову, чтобы догадаться о причине своего томления. Всякие полгода назначаются новые следственные чрезвычайные комиссии, и члены каждой расторопностью и проницательностью затмевают славу своих предшественников…».
За этими полными горечи словами стоит трудный личный опыт Зайцева.
Особенно тяжелыми были для критика последние годы пребывания в России, когда печататься стало практически невозможно, когда он лишился своих самых близких друзей — Ножин погиб, Соколов и Сулин были в ссылке, мать и сестра за границей. Из тюрьмы он вышел с тяжелым ревматизмом, отозвавшимся вскоре на сердце, и болезнью глаз. Больной и разбитый физически и нравственно, он по выходе из крепости был обречен на ужасную жизнь. Как свидетельствует жена, по освобождении из крепости полиция не желала оставлять его в покое и отравляла ему жизнь постоянными обысками и вызовами по малейшему поводу. Статьи его либо запрещались цензурой, либо просто не принимались в редакциях. Да и журналов, в которых Зайцев мог бы печататься, не существовало: «Современник» и «Русское слово» были закрыты — «с нарушением всех, собственного изделия, правил», как писал Зайцев в статье «Положение русской прессы»; «Книжный вестник» умер естественной смертью, в «Дело» после ссоры с Благосветловым дорога Зайцеву была закрыта. Лишенный возможности пропагандировать свои мысли в прессе, преследуемый полицейским надзором, разбитый физически и нравственно, он вынужден был эмигрировать. Еще накануне ареста Зайцев подал свое первое прошение о выезде за границу. Он был арестован 28 апреля 1866 года, а 29 апреля санкт-петербургский генерал-губернатор граф Суворов обратился в III отделение с запросом «о выдаче заграничного вида Зайцеву». Естественно, в «заграничном виде» Зайцеву было отказано.