Разделяя теорию самозарождения, Прокопович, как и многие другие сторонники ее в конце XVII — начале XVIII в., вовсе не считал, что самозарождаться могут сложные организмы, животные и человек.
Размножение путем воспроизведения родителями потомства философ относит к наиболее существенным особенностям живого. Оно существует для сохранения видов: «Способность к рождению на тот конец имеют твари врожденную, чтобы место погибающих другие подобные заступали и таким бы образом их вид сохранялся…» (9, 71). Вместе с тем от самого рождения живое имеет «внутрь себя причины своего разрушения, то есть разногласие своих частей, между собою воюющих и взаимно самих себя разрушающих» (там же, 50). Болезнь он рассматривает как частичное разрушение внутренней гармонии в организме, а смерть — как «всеобщее повреждение». Эти разрушительные силы существуют наряду с объединяющими организм в одно целое созидательными силами. Если Аристотель основным объединяющим механизмом в теле животного считал сердце, то к началу XVIII столетия в киевской академии утверждается мысль, которую разделял и Прокопович, что им является мозг. Эта мысль соединялась в воззрениях Прокоповича с господствующими в физиологии того времени гуморалистическими представлениями, согласно которым нормальное функционирование живого тела связано с равновесием его жизненных соков. Последние, будучи особенно тонкими и чувствительными, становятся жизненными духами (spiritus vitalis), которые по нервам текут к мозгу. Учение Прокоповича о живом, впитавшее в себя все предрассудки своего времени, интересно тем, что оно подходит к идее самодвижения природы, раскрывающейся в многообразных формах.
Говоря о причинах движения и пытаясь объяснить их из самой природы, Прокопович касается проблемы соотношения движения и покоя. И здесь он приближается к пониманию их связи и противоположности. Для натурфилософии, пишет он, «более необходимым считаем познание движения, так как объяснение при его помощи включает почти все познание природы» (61, 103 об.). Прокопович отмечает, что «движению противостоит состояние покоя» (там же, 103 л.) и вместе с тем «состояние покоя одного тела всегда связано с движением другого тела, благодаря которому состояние покоя измеряется» (там же, 123 л.). При этом Прокопович считает, что состояние покоя может рассматриваться двояко — как отрицательное, если оно рассматривается как отсутствие движения в теле, и как положительное, если оно берется как определенное бытие движущегося тела. В этой мысли содержится приближение к пониманию относительности покоя. Это приближение становится все более явным, если принять во внимание, что состояние покоя тел Прокопович считает временным, таким, в котором они пребывают благодаря действию внешних сил, и, наоборот, состояние движения физических тел он считает постоянным, непреходящим. «Можно доказывать, что тяжелые и легкие тела, — говорит он, — даже при отсутствии творца и в том случае, когда насильственно приостанавливают свое движение, снова начинают двигаться», ибо тела «до тех пор пребывают в состоянии покоя, пока удерживаются какой-то внешней силой, и, если ее устранить, немедленно приходят в движение» (там же, 143 об.). Отсюда становится очевидным, что взгляды Прокоповича на соотношение движения и покоя существенно отличаются от аристотелевских. Для Стагирита естественным движением является только движение тела к состоянию покоя. Состояние движения выступает у него как временное, преходящее, а состояние покоя — как постоянное и непреходящее. У Прокоповича, напротив, естественное и непреходящее — движение, а временное и преходящее — покой.
В отличие от Аристотеля, которому была знакома только инерция покоя, Прокопович близок к пониманию инерциальности движения. Само содержание понятия «инерция» Прокоповичем существенно расширяется, при этом приоритет состояния покоя устраняется. Понимание им инерции близко к пониманию инерции Галилеем, который уже вполне сознательно пользовался принципом инерции, хотя и не дал его полной формулировки, как это позже сделал Ньютон.
При рассмотрении движения Прокопович значительное внимание уделяет пространственно-временным отношениям, в истолковании которых весьма заметна материалистическая тенденция. И прежде всего он рассматривает их как характеристики бытия самих природных тел. «Каждому физическому телу, — говорит Прокопович, — с необходимостью присуще бытие в каком-то времени и пространстве. Ибо то, что не имеет бытия никогда и нигде, не существует в природе вещей. Бытие во времени и пространстве есть их наиболее общее свойство, а потому его изучение входит в общее учение о физическом теле. При этом философы познают пространство и время не ради их самих, а для более полного понимания движения» (61, 121 об.).
Прокопович отрицает, что пространство может существовать вне тела. «Не может быть никакого места без какого-нибудь тела» (там же, 132 об.), — утверждает он. «Ничье могущество, — продолжает мыслитель, — не может сделать так, чтобы тело было телом и не занимало места» (там же, 128 л.). К числу свойств места (пространства) Феофан относит следующее: 1) то, что вмещается, вмещается в себе, 2) не может быть вне вмещаемого тела, 3) не может быть больше или меньше его, 4) не может быть без никакого тела, хотя может быть без того или другого и т. д. Из перечисления этих свойств, характеризующих пространство как протяженность, неотделимую от тел, видно, что в решении данного вопроса Прокопович был продолжателем линии Аристотеля — Декарта — Лейбница и противником линии Демокрита — Ньютона, которые признавали существование пустоты.
Научная жизнь начала XVIII столетия ознаменовалась полемикой по вопросам, связанным с пониманием пространства и времени, между Лейбницем, который считал, что пространство неотделимо от движущихся тел, и Кларком, выразителем взглядов Ньютона. Хотя эта полемика была облечена в теологическую форму (которая была присуща многим научным диспутам и работам того времени), она касалась вопросов первостепенной научной важности. «Вопрос, таким образом, состоит в том, — писал Прокопович, размышляя над теми проблемами, вокруг которых шла дискуссия, — является ли длительность и протяженность какой-то позитивной вещью, отличной от вещи, которая есть в пространстве и времени» (61, 126 л.). Сам он отрицательно отвечает на этот вопрос, настаивая на неотделимости пространства от движущегося тела. Мысль эта находит подтверждение и в его решительном отрицании пустоты. Конечно, при этом он был далек от утверждения, что «природа боится пустоты». Известно, что уже Галилей показал ограниченность «боязни пустоты» в природе, наблюдая работу всасывающего насоса, который выкачивает воду из колодца, если глубина не превышает примерно 10 метров. Эти наблюдения известны Прокоповичу, он называет цифру — 32 фута, что приблизительно совпадает с данными Галилея. Галилей принципиально не допускал существования атмосферного давления, Прокопович же при изложении этого вопроса опирается на работы Торричелли и Паскаля. Он приводит также идею Декарта об уменьшении атмосферного давления с высотой и результаты ее опытной проверки на горе Арвернии, ссылается на исследования Герике и Бойля, на данные Борелли о том, что удельный вес воды относится к весу воздуха, как 1175 к 1. Говоря о весе и упругости воздуха, Феофан отмечает, что «новейшие ученые на основании этих двух свойств воздуха объясняют отсутствие пустоты» (там же, 137 об.). Этот вывод, по его мнению, закономерно вытекает как из того, что пространство неотделимо от тел, так и из принципа «близкодействия», отрицания возможности действия силы через пустоту. Подобные взгляды, основанные на отрицании пустоты и, следовательно, пространства как вместилища тел, а также дальнодействия, в первой половине XVIII столетия были господствующими в России.
Время, подобно пространству, по мнению Прокоповича, неотделимо от природных тел. Оно является мерой их движения относительно предыдущего и последующего или «самой последовательностью частей движения» (61, 122 об.). Так же, как и пространство, время существует реально, объективно, будучи характеристикой движущегося тела.