После того как 13 апреля 1943 года германское радио заявило, что в Катынском лесу под Смоленском найдены тысячи трупов польских военнослужащих — офицеров, захваченных в советский плен в сентябре 1939 года и убитых НКВД, в ответ на это московское радио передало «Заявление ТАСС», в котором всю вину возложили на немцев. 17 апреля этот же текст был опубликован в газете «Правда» с добавлением информации о наличии в тех местах древних захоронений: «В своем неуклюжем и наспех состряпанном вранье о многочисленных могилах, якобы открытых немцами около Смоленска, Геббельсовские лжецы упоминают деревню Гнездовую, но они умалчивают о том, что именно близ деревни Гнездовой находятся археологические раскопки исторического „Гнездовского могильника“».
Правительство СССР, отказавшись признать справедливым обвинение в массовых расстрелах, в свою очередь обвинило немцев в том, что фашистская Германия пытается замести следы своих преступлений за счет Советского Союза. Вследствие этих пререканий в немецких и русских газетах появились две, полностью противоречащие друг другу версии об описанных выше событиях. Первая принадлежала немецкому пропагандисту Геббельсу. Опираясь на результаты расследования, представленные Международной комиссией, он заявил, что польские военнопленные офицеры, будучи приговоренными специальной тройкой НКВД к смертной казни, были вывезены в лес возле поселка Катынь и там расстреляны советскими солдатами. Так называемая «сталинская» версия, появившаяся сразу же вслед за версией Геббельса, не отрицала того, что пленные поляки были осуждены судом НКВД, но утверждала, что приказа о расстреле никто не давал. По официальным данным СССР, польские офицеры были приговорены советским судом к пяти годам ссылки и отправлены в исправительно-трудовые лагеря под Смоленском, где и находились вплоть до начала войны с Германией. Уже в начале военных действий немцы оказались под Смоленском, который вскоре был ими взят. Все попытки вывезти заключенных-поляков были обречены на провал. Кроме того, сами пленные якобы взбунтовались и решили сменить исправительно-трудовой лагерь в СССР на лагерь военнопленных у «цивилизованных немцев». Не видя другого выхода, русские вынуждены были оставить пленных поляков на Смоленщине и поспешно отступить. Захватив брошенные лагеря, немцы приступили к планомерному уничтожению военнопленных. Спустя два года после этих трагических событий немецкому командованию потребовалось произвести операцию по прикрытию массового уничтожения евреев в Польше. Кроме того, необходимо было внести разлад в стан союзников (союз между СССР и Польшей был заключен в 1941 году). И немцы предприняли следующие действия. В феврале 1943 года советские военнопленные под руководством немцев свезли в Катынский лес со всех мест трупы польских офицеров. После тщательного обыска и сортировки документов трупы были уложены в заранее приготовленные могилы. И в апреле этого же года доблестные немецкие войска «случайно» обнаружили в Катынском лесу массовые захоронения поляков. Это дало возможность Геббельсу начать свою пропагандистскую кампанию.
В подтверждение этой версии Сталин в том же 1944 году, после освобождения Смоленска от немецко-фашистских захватчиков, приказал провести расследование Катынского дела, для чего и была отправлена в маленький поселок научно-исследовательская комиссия во главе с Н. Н. Бурденко.
Таким образом, ни одна из стран не пожелала (по вполне понятным причинам) взять на себя ответственность за совершение массового убийства польских офицеров. Постепенно шум вокруг «Катынского дела» начал стихать — все-таки шла война, которая ежедневно уносила не один десяток человеческих жизней. Ставки с каждым днем повышались, и вскоре обеим странам стало не до расследования Катынского детектива. А после окончания войны мало кого вообще трогала участь нескольких тысяч поляков, ведь после войны речь шла о миллионах погибших. О них попросту забыли, и на тот момент казалось, что эта страшная история навек погребена в Катынском лесу.
Такая ситуация длилась более сорока лет. После прихода к власти в СССР М. Горбачева к «Катынскому делу» возвратились снова. В 1987 г. после подписания советско-польской Декларации о сотрудничестве в области идеологии, науки и культуры была создана советско-польская комиссия историков для расследования этого вопроса. 6 апреля 1989 г. состоялась траурная церемония передачи символического праха с места захоронения польских офицеров в Катыни для перенесения в Варшаву. В апреле 1990 г. М. Горбачев передал президенту Польши В. Ярузельскому списки польских военнопленных, отправленных по этапу из Козельского и Осташковского лагерей, а также убывших из Старобельского лагеря, которые считались расстрелянными. Он публично заявил, что СССР берет на себя вину за расстрел поляков под Катынью. Однако оппоненты Горбачева поспешили раскритиковать это заявление, поскольку оно было сделано до окончания работы следственной бригады, что лишний раз, по их мнению, доказывало: расследование носило заказной характер и результат его был известен заранее. Между тем, в это же время были открыты дела в Харьковской и Калининской областях. 27 сентября 1990 года оба дела Главной военной прокуратурой РФ были объединены в одно. В октябре 1992 года личный представитель президента России Б. Ельцина передал президенту Польши Л. Валенсе копии архивных документов о судьбе польских офицеров, погибших на территории СССР. Среди переданных документов, в частности, был протокол заседания Политбюро ЦК ВКП(б) от 5 марта 1940 года, на котором было принято решение предложить НКВД рассмотреть дела польских граждан и применить к ним высшую меру наказания.
4 июня 1995 года в Катынском бору, на месте расстрелов польских офицеров, был установлен памятный знак. В 1995-м, который был объявлен в Польше годом Катыни, между Украиной, Россией, Белоруссией и Польшей был подписан протокол, по которому каждая из этих стран самостоятельно расследует преступления, совершенные на их территории. Главной военной прокуратуре СССР (а потом — РФ) было поручено расследование, которое велось одновременно с польским прокурорским расследованием. Белоруссия и Украина предоставили российской стороне свои данные, которые были использованы при подведении итогов расследования Главной военной прокуратуры РФ. В рамках расследования были установлены и допрошены более 900 свидетелей, проведены 18 экспертиз, в ходе которых исследованы тысячи объектов; эксгумировано более 200 тел. Из 183 томов «Катынского дела» 116 содержат сведения, составляющие государственную тайну. Осенью 2005 года с остальными 67 томами, «не содержащими сведений, составляющих государственную тайну», были ознакомлены польские прокуроры.
21 сентября 2004 года Главная военная прокуратура РФ прекратила расследование «Катынского дела» на основании пункта 4 части 1 статьи 24 УПК РФ (за смертью виновных). Публично имена виновных названы так и не были — прокуратура засекретила их на том основании, что «в деле содержатся документы, составляющие государственную тайну».
В марте 2005 г. сейм Польши потребовал от России признать геноцидом массовые расстрелы польских граждан в Катынском лесу в 1940 году. После этого родственники погибших при поддержке общества «Мемориал» включились в борьбу за признание расстрелянных жертвами политических репрессий, но им было отказано. В мае 2008 г. родственники жертв Катыни подали жалобу в Хамовнический суд Москвы на необоснованное, с их точки зрения, прекращение расследования. 29 января 2009 года Верховный суд РФ поддержал решение Хамовническош суда.
Наконец 26 ноября 2010 года Госдума России приняла заявление «О Катынской трагедии и ее жертвах», в котором признала массовый растрел польских граждан в Катыни преступлением сталинского режима.
К сожалению, 10 апреля 2010 года Катынская трагедия 1940-го года обрела дополнительное скорбное измерение: авиакатастрофа под Смоленском, унесшая жизни президента Польши Леха Качиньского, его супруги и членов польской делегации, летевших в Россию для участия в мемориальных мероприятиях, посвященных 70-летию трагических событий в Катынском лесу, стала потрясением для всего мира.