14 декабря 1917 года Чапаев официально становится командиром 138-го полка. Но ненадолго: вскоре полк был распущен, а вместо него Чапаев создал отряд Красной гвардии численностью до 800 бойцов. Этот отряд поначалу занимался подавлением антиреволюционных восстаний в Николаевском уезде. Но 29 марта 1918 г. офицеры белой армии и члены партии эсеров разогнали в Уральске областной Совет и арестовали его членов. Было решено направить в эти края помощь. Командиром одного из отрядов, посланных на борьбу с белогвардейцами, стал Чапаев. Он подошел к своей задаче нестандартно: предложил реорганизовать войска, объединив их в батальоны и полки. В этом был смысл: небольшие отряды не могли оказать сопротивления обученным белогвардейским частям, потери были очень большими. Инициатива Чапаева была поддержана. Отряды Бубенца, Кутякова, Степанова, Чуркина и Киндюхина влились в отряд Чапаева, составив в целом 2-й полк, а отряды Плясункова, Рязанцева, Потапова и Баулина влились в отряд Топоркова, образовав 1-й полк. Полки были объединены в бригаду (она получила название Пугачевской), а Чапаев стал ее командиром.

24 июня командующий 4-й армией Ржевский отдал приказ о наступлении на Уральск. Оно далось нелегко: казаки упорно сопротивлялись, каждый населенный пункт приходилось брать с боем… Положение осложнилось, когда на помощь казакам направился чехословацкий полк. Красные войска оказались на грани разгрома. И тут Ржевский заболел (по другим данным — симулировал болезнь), и армия осталась без командующего. Командармом назначили Василия Ивановича Чапаева. Новый командир разработал план отхода и сумел вывести армию из смыкавшегося кольца, при этом нанеся врагу ощутимые потери. 21 августа Чапаев овладел Николаевском, затем разгромил врагов под Орловкой и Ливенкой. Ему удавалось то, что считалось невозможным. Например, в 1918 году он буквально за 3 дня создает дивизию. Он лично проверяет состояние полков, вооружение. Требует от командиров дисциплины и интереса к нуждам солдат, организует разведку. Все это не могло не сказаться на боеспособности 2-й Николаевской дивизии (ею Чапаев командовал вплоть до отъезда на учебу в академию).

Во время наступления на Самару главной задачей дивизии было прикрыть тыл и правый фланг 4-й армии от уральских казаков. Но это не означало, что ему предстояло только держать оборону: Чапаев должен был наступать на Уральск. Казачьи войска были серьезным противником, но, несмотря на это, Чапаеву удалось овладеть деревней Таловой. Эта победа едва не стала для дивизии последней. В ночь с 12 на 13 октября 1918 года главные силы Уральской казачьей армии под командованием генерала Мартынова окружили чапаевскую дивизию. У казаков было 3600 штыков, 1200 сабель и 77 пулеметов. Чапаев не располагал такими силами. Создается впечатление, что в этот период Чапаева сознательно стремились уничтожить. Иначе трудно объяснить, почему ему систематически «забывали» прислать подкрепление, обеспечить дивизию продовольствием, а ответы на его донесения порой задерживались. В донесениях этого времени сохранились свидетельства катастрофического положения, в котором дивизия оказывалась не раз: не хватало патронов, оружия, временами — продовольствия. Но комдив и в таких условиях воевал, да еще как! Вот небольшой отрывок из его донесения: «Наша батарея открыла огонь по противнику из двух орудий. Наша цепь залегла. Противник получил еще два полка подкрепления и бросился в атаку, но был остановлен. Противнику еще прибыло около полка подкрепление, и (он) бросился на наши два батальона пехоты и на кавалерийский полк в атаку, где завязался неописуемый рукопашный бой, который продолжался около одного часа.

Противник оставил на поле убитыми и ранеными неподобранными более 300 человек. С нашей стороны 7 убитых и 6 раненых. Преследовать противника не пришлось, так как (к) противнику ещё пришло подкрепление около 4 полков при 6 орудиях, после чего отступили обе стороны».

Описанному нельзя не удивляться. Соотношение потерь казаков и чапаевцев — следствие таланта Чапаева и его бережного отношения к солдатам. Для своих бойцов он был легендарной фигурой. За ним готовы были идти в огонь и в воду. Это вызывало зависть и опасение: а не слишком ли выросла его популярность? И не пора ли принять соответствующие меры?

Не все знают, что незадолго до направления в академию Чапаеву был вынесен смертный приговор. Его собирались отстранить от должности и расстрелять. Особенно настаивал на необходимости таких мер командир 4-й армии Хвесин, которого в одном из донесений Чапаев открыто назвал предателем и мерзавцем. Было за что: Хвесин обещал начдиву поддержку, говорил, что к чапаевцам придет на помощь конница Уральской дивизии и Малоузенский полк, однако помощи дивизия так и не дождалась. Именно из-за Хвесина Чапаев попал в окружение, из которого не должен был выйти. Однако Чапаев все же избежал расстрела. В штаб армии поступила разнарядка выбрать из числа лучших командиров и комиссаров кандидатов для направления их на ускоренный курс Академии Генерального штаба РККА. В их числе оказался и Чапаев.

Обучение было коротким: с ноября 1918 по январь 1919 года. А затем Чапаев вновь отправился на фронт. В апреле он принял под свое командование 25-ю стрелковую дивизию. Эта дивизия сыграла важную роль при проведении контрнаступления Красной армии против войск Колчака. В ходе сражений чапаевская дивизия освобождала один населенный пункт за другим. Весной 1919 года она прорвала фронт Колчака, уничтожила три отборных корпуса, затем были взяты Белебей и узловая станция Чишма. А 9 июня чапаевцы вошли в Уфу. С этого момента началось отступление остатков колчаковской армии. А Чапаев за блестящее руководство дивизией и проявленную храбрость был представлен к ордену Красного Знамени.

В том же 1919 году Чапаев знакомится с Фурмановым. Нельзя сказать, что их отношения с самого начала складывались гладко. После одной из стычек Фурманов написал в донесении в политуправление Восточного фронта: «Недавно на совещании он с пеной у рта кричал о комиссародержавии. Чапаева считаю беспринципным и опасным карьеристом, способным на авантюру». Но в дневнике Фурманова можно найти записи, которые свидетельствуют о глубочайшем уважении, которое он испытывал к Чапаеву: «Такой цельной и сильной натуры я еще не встречал… На него много клевещут, его понимают даже наши „лучшие“ как авантюриста и только. Ему мало доверяют. И этот товарищ Смирнов, например, сообщил мне, что „лишь только Чапаев немного покачнется, мы его живо уберем“… В защиту от клеветников и узколобых я уже неоднократно писал дорогому Фрунзе про истинного, про настоящего Чапая». Такое противоречие становится понятным, если сопоставить даты этих записей. Трения между Фурмановым и Чапаевым обострились после приезда к Дмитрию Андреевичу жены. Чапаев был категорически против присутствия в армии жен командиров. Одни считают, что причиной этого была неудавшаяся личная жизнь самого Василия Ивановича, другие пытаются представить конфликт между комиссаром и начдивом как обычную ревность. Но более вероятно другое: Чапаев просто-напросто заботился о дисциплине. Тем временем из штаба поступали распоряжения о наступлении. Чапаев, прекрасно разбиравшийся в тактике, некоторые из них пытался опротестовывать. Как военный, он не имел права не выполнить приказ, однако давал понять, к каким последствиям может привести его исполнение. Во время телефонного разговора с начальником штаба Южной группы B.C. Лазаревичем он говорил: «Мною был издан приказ по группе 16 июля занять хут. Железнов 2-й, Чернухин, Железной 3-й и форпост Чеганский. По полученному приказу командарма свой приказ отменяю, но ставлю в известность, что наступление на Лбищенск по большой дороге нецелесообразно, где каждый шаг противником закреплен. Если выполнять приказ в точности, то до подхода к Лбищенску дивизия вся будет разбита. По моему соображению, маневр [следует] произвести через Железнов 3-й обходом на Чеганский, чтобы не брать Круглоозерный, где неприступная позиция, а главные силы пустить со ст. Деркул и Шипово обходным путем на Лбищенск, дабы противник сдал укрепленные позиции по большому тракту без боя. На что прошу ответа».