В 1911 году «бессрочницу» Каплан из Мальцевской тюрьмы отправили в Акатуй, на Нерчинскую каторгу — самую страшную в России. И не просто отправили, а в ручных и ножных кандалах. В Акатуе она познакомилась с известной революционеркой Марией Спиридоновой и под ее влиянием из анархистки превратилась в эсерку. Однако вскоре незрячую узницу поместили в лазарет, где находились больные прогрессивным параличом, слабоумием и скоротечной чахоткой. Здесь уже было не до идей: полная безысходность. Положение стало меняться с 1912 года, когда врач, инспектировавший пенитенциарные учреждения Нерчинского края, осмотрел Фанни и, увидев, что ее зрачки реагируют на свет, посоветовал перевести Каплан в Читу. В следующем году в связи с 300-летием дома Романовых пребывание Фанни на каторге сократили до 20 лет, а затем положили ее в специальную лечебницу, где ее зрение стало улучшаться. Родители Каплан к тому времени эмигрировали в США, а она оставалась на каторге до Февральской революции 1917 года.
После освобождения Фанни некоторое время жила в Чите, а в апреле переехала в Москву. Здоровья не было, зрение не восстанавливалось. Товарищи по партии эсеров отправили ее подлечиться в Евпаторию, где Временное правительство, проявив заботу о жертвах царизма, открыло санаторий для бывших политкаторжан. Затем она приехала в Харьков, в клинику известного офтальмолога Л. Л. Гиршмана, где ей была сделана операция. Здесь Каплан и застало известие об Октябрьском большевистском перевороте. Из Харькова Фанни вновь переехала в Крым и некоторое время вела в Симферополе курсы по подготовке работников волостных земств.
А дальше была Москва. Как попала туда Каплан и чем занималась до 30 августа 1918 года, неизвестно. Здесь, пожалуй, уместно будет опять упомянуть о ее дружке по киевскому делу — Я. Шмидмане. В марте 1917 года он вышел из тюрьмы. Оказалось, что его настоящее имя — Виктор Гарский, родом он из молдавского местечка Ганчешты (ныне Котовск). После большевистского переворота этот бывший анархист вдруг стал комиссаром продотряда в Тирасполе и до 28 августа 1918 года находился в одном из одесских госпиталей на излечении после ранения. Здесь он пытался восстановить свои прежние связи, а 28 августа, оставив относительно сытую Одессу, вдруг рванул в Москву. До покушения на Ленина оставалось 48 часов. В Киеве Тарскому пришлось задержаться из-за каких-то проволочек в российском генеральном консульстве в Украине. Так что в Москву он приехал только после 17 сентября и сразу попал на прием к Я. М. Свердлову. Но так ли просто было попасть на прием к самому Председателю ВЦИК, к главе государства? Дальше — больше. Сразу последовало назначение Тарского комиссаром Центрального управления военных сообщений и вступление в РКП(б) без кандидатского стажа. Интересно, за какие это заслуги? Пережив все невзгоды и репрессии, Гарский благополучно дожил до 1956 года.
Но вернемся к августу 1918 года, когда произошло покушение на вождя мирового пролетариата. По официальной версии следствия, обстоятельства преступления выглядели следующим образом. В тот день, несмотря на то, что Московским комитетом партии большевиков было принято решение о том, чтобы Владимир Ильич временно воздержался от участия в массовых собраниях, он решил выступить сразу на двух митингах: перед рабочими в Басманном и Замоскворецком районах столицы. В обширном гранитном цехе бывшего завода Михельсона Ленин появился не позднее 18.30 вечера и, как всегда, без охраны. Его водитель С. К. Гиль развернул машину и поставил ее в десяти шагах от входа в цех. Обо всем, что произошло позднее, известно в основном по его показаниям. Он рассказал, что, в то время как начался митинг, к нему приблизилась женщина в коротком жакете, с портфелем в руке. Гиль смог хорошо рассмотреть ее и впоследствии составить довольно подробный портрет и точно передать содержание разговора с ней: «Молодая, худощавая, с темными возбужденными глазами, она производила впечатление не вполне нормального человека. Лицо ее было бледно, а голос, когда она заговорила, едва заметно дрожал. „Что товарищ Ленин, кажется, приехал?“ — „Не знаю, кто приехал“, — ответил я… „Как же это? Вы шофер и не знаете, кого везете?“ — „А я почем знаю? Какой-то оратор — мало ли их ездит, всех не узнаешь“, — ответил я спокойно. Я всегда соблюдал строжайшее правило: никогда никому не говорить, кто приехал, откуда приехал и куда поедем дальше. Она скривила рот и отошла от меня. Я видел, как она вошла в помещение завода».
Когда Ленин закончил речь и пошел к выходу из цеха, дорогу ему преградил сначала темноволосый юноша лет 16 в гимназическом пальто, который подал вождю записку. Тот ее взял и пошел дальше. Вместе с Лениным из цеха выходила большая группа рабочих.
Водитель завел машину, и через несколько минут во дворе появились люди, впереди которых шел Ильич, оживленно беседуя с рабочими. В двух-трех шагах от машины он остановился, продолжая разговор с двумя женщинами. Еще две женщины стояли рядом. Когда Ленин собирался сделать последние шаги к подножке машины, вдруг раздался выстрел. Люди, шедшие за ним, бросились врассыпную с криком: «Стреляют!» Началась паника. Водитель Гиль вспоминал: «Моментально повернул я голову по направлению выстрела и увидел женщину — ту самую, которая час назад расспрашивала меня о Ленине. Она стояла с левой стороны машины, у переднего крыла, и целилась в грудь Владимира Ильича. Раздался еще один выстрел». Ленин был ранен и упал на землю возле автомобиля. А водитель с наганом в руках бросился к стрелявшей женщине и прицелился в нее. Но кругом было очень много народа, и он не решился выстрелить. Тем временем женщина бросила браунинг ему под ноги и метнулась в толпу, а водитель склонился над раненым вождем.
Покушение произошло настолько внезапно, что от растерянности и испуга рабочие побежали к заводским воротам с криками: «Ленина убили! Ленина убили!» В этих условиях стрелявшей женщине было легко скрыться в толпе. Но ее все же вскоре задержали. Выбежавший на Серпуховку, по которой в одиночку и группами мчались перепуганные люди, помощник военного комиссара 5-й Московской пехотной дивизии С. Батулин остановился возле трамвайной стрелки. Его внимание привлекла стоявшая около дерева странная женщина с портфелем и зонтиком в руках. По его словам, странность состояла в том, что «она имела вид человека, спасающегося от преследования, запуганного и затравленного». В свидетельских показаниях комиссар указал следующее: «Я спросил эту женщину, зачем она сюда попала. На эти слова она ответила: „А зачем вам это нужно?“ Тогда я, обыскав ее карманы и взяв портфель и зонтик, предложил идти за мной. В дороге я ее спросил, чуя в ней лицо, покушавшееся на тов. Ленина: „Зачем вы стреляли в тов. Ленина?“, на что она ответила: „А зачем вам это нужно знать?“, что меня окончательно убедило в покушении этой женщины на тов. Ленина. Задержанную повели обратно на завод, где возмущенные рабочие едва не учинили над ней самосуд. Она закрыла лицо рукой, но ей сказали: „Нечего закрываться, умела стрелять, умей и людям в лицо смотреть“».
Активисты завода вызвали заводскую машину и доставили задержанную в Замоскворецкий военный комиссариат, где ее тщательно обыскали. В присутствии председателя Московского трибунала А. Дьяконова, комиссара Замоскворечья И. Косиора, комиссаров И. Пиотровского и С. Батулина, а также рабочего-михельсоновца А. Уварова она сделала официальное заявление: «Я — Фанни Ефимовна Каплан. Под этим именем отбывала каторгу в Акатуе. На каторге пробыла 11 лет. Сегодня я стреляла в Ленина. Я стреляла по собственному побуждению. Я считаю его предателем революции. Ни к какой партии не принадлежу, но считаю себя социалисткой». На вопросы о том, сколько раз выстрелила, какой системы ее пистолет, кто ее знакомые, были ли у нее сообщники и каковы ее политические взгляды, она отказалась отвечать. Не пожелала и подписать протокол (он был подписан Батулиным, Пиотровским и Уваровым, как свидетелями). По окончании допроса Каплан отправили на Лубянку в ВЧК.
Первый допрос в ВЧК проводил Нарком юстиции Д. И. Курский. Поздно ночью к нему присоединился член коллегии Комиссариата юстиции Козловский. На этом допросе Каплан держала себя растерянно, находилась в подавленном состоянии, производила впечатление нервно-возбужденного, истеричного человека, говорила несвязно. Свою причастность к партии эсеров и петербургским убийствам Володарского и Урицкого отрицала. Допрос ее (в нем участвовали заместитель председателя ВЧК Я. X. Петерс и заведующий отделом ВЧК Н. Скрипник) продолжался до половины третьего утра. Каплан упорно отказывалась отвечать на вопросы о том, по чьему поручению она выполнила этот акт, какая парторганизация стояла за ее спиной и кто был ее сообщником. Лишь на второй день она объявила, что причисляет себя к эсерам группы В. Чернова. На последующих допросах обвиняемая заявила, что решение о покушении на Ленина она приняла еще в феврале 1918 года в Симферополе, что она отрицательно относится к захвату большевиками власти, стоит за созыв Учредительного собрания (разогнанного большевиками), считает Ленина предателем революции, уверена, что его действия «удаляют идею социализма на десятки лет». Однако все это были только слова, а вот с доказательствами, как выяснится позднее, у следствия было туговато.