По приказу губернатора Нагасаки российские документы, в том числе копия грамоты Александра I сегуну, были незамедлительно направлены с курьером в Эдо. Однако время шло, а указаний из центра не поступало. Начались томительные месяцы ожидания. Лишь через 76 дней пребывания на неудобном, продуваемом сильными ветрами внешнем рейде после ухода из нагасакской гавани китайских и голландских кораблей было позволено перевести «Надежду» ближе к городу. Но сходить на берег офицерам и команде без разрешения не позволялось. Посещавшие «Надежду» японские чиновники объясняли это указанием губернатора о том, что «до тех пор, пока не будет разрешения из Эдо, приобретение товаров и выгрузка людей на берег запрещены». Исключение было сделано лишь для заболевшего Резанова — на берегу был огорожен крошечный клочок земли, где под неусыпным и мелочным наблюдением японской охраны посол мог совершать прогулки. Правда, затем условия пребывания на берегу были улучшены. Хотя японцы обращались с Резановым исключительно вежливо, он описывал свое пребывание в Нагасаки как «почетное заключение». Послу потребовались большая выдержка и немалое самообладание, чтобы не вспылить и демонстративно покинуть Японию. Он понимал, что именно на это и надеются японские власти. В то же время Резанова предупредили, что в случае выражения резкого недовольства со стороны русских или действий, которые можно было признать оскорбляющими японцев, не исключалось даже нападение на российский фрегат и физическое уничтожение посольства и команды «Надежды». Поэтому пришлось смириться.

Задержка указаний из Эдо была вызвана и тем, что среди членов влиятельного совета старейшин не было единого мнения о том, как поступить с прибывшим русским посольством. Определенные разногласия по этому поводу существовали и между сегуном и императором. Император фактически дезавуировал выданную десять лет назад Лаксману лицензию, сославшись на то, что его разрешения на это не испрашивали. В конце концов, было решено направить в Нагасаки инспектора тайного надзора К. Тояму с инструкцией отклонить предложение русских об установлении торговых отношений. Он имел предписание при общении с русскими показать им, что «мы не чувствуем к ним ни недоброжелательства, ни расположенности».

Первая официальная встреча Резанова с Тоямой, а также с новым и старым губернаторами Нагасаки состоялась 23 марта 1805 г., спустя полгода после его прибытия в Японию. Тояма вел себя надменно, выговаривая российскому послу за то, что он позволил себе без предварительных переговоров прибыть на корабле в страну, да еще передавать послание о желании России торговать с Японией. При этом грамота русского царя и другие документы были неуважительно названы «непонятными бумагами». Резанов, с трудом сдерживая раздражение, ответил, что никто не вправе воспрепятствовать русскому императору писать и направлять письма. Главным же из того, что было произнесено японским представителем, стало требование незамедлительно покинуть японские воды и впредь к берегам Японии не приближаться… Обстановка накалилась настолько, что посол и его свита демонстративно отказались от предложенного протокольного угощения.

На следующий день вместо переговоров Резанову был зачитан ответ сегуна Иэнари, смысл которого сводился к тому, что связь и торговля с иностранным государством приносит ущерб, а не пользу Японии, а потому она отвергает все сделанные российской стороной предложения. Ответ завершался словами: «Не тратьте напрасно усилий и расходов, приходя с этим вновь. Отплывайте немедленно!» Так как царские подарки сегуну были отвергнуты, русские также отказались принимать от японцев дары. Однако затем обмен подарками все же произошел, но не на официальном, а личном уровне между местными чиновниками и командой «Надежды». Дипломатическая же миссия Резанова завершилась провалом. Примененная японскими властями оскорбительная форма обращения с русским посольством в Японии именуется «мондзэн бараи», что по-русски означает «от ворот поворот». Ситуация усугублялась тем, что японцы своим поведением, желая того или нет, нанесли оскорбление российскому монарху, а в его лице и всей Российской империи.

Со своей стороны российский посол счел необходимым без каких-либо дипломатических экивоков и со всей определенностью и строгостью предупредить японские власти от посягательств на южные Курилы. На встрече с японским уполномоченным Тоямой был официально передан меморандум, в котором, в частности, говорилось: «Я, нижеподписавшийся, всепресветлейшего государя императора Александра I действительный камергер и кавалер Николай Резанов объявляю японскому правительству… (4) Чтобы Японская империя далее северной оконечности острова Матмая отнюдь владений своих не простирала, поелику все земли и воды к северу принадлежат моему государю»^{27}. Трудно сказать, была ли это личная инициатива Резанова, или текст был заранее составлен в Петербурге в виде меморандума, который надлежало вручить японскому правительству на переговорах в Эдо.

Не удержался посол и от завуалированной угрозы, заявив, что такой необоснованный отказ на «самые искренние, доверительные намерения соседней Империи» оскорбителен для ее правительства и императора, который, чтобы не потерять свою репутацию в глазах других стран, знающих силу русских, оставить это без ответа не сможет. И это оказалось не просто словами. В ответ на столь неуважительное отношение японцев к официальному посланнику российского императора Резанов вознамерился преподать им урок.

Некоторые заинтересованные в открытии торговли с Россией японцы во время бесед в Нагасаки давали Резанову понять, что для изменения позиции Эдо достаточно небольшого силового воздействия с севера, с тем, чтобы «потеснить» оттуда японских промышленников. А это-де вызовет дополнительное недовольство населения и вынудит правительство сегуна — бакуфу — согласиться на торговлю с Россией^{28}. Однако предпринимать против японцев какие-либо меры силового воздействия без позволения правительства было неосмотрительно. Поэтому Резанов 18 июля направляет Александру I письмо, в котором пишет: «Я не думаю, чтобы Ваше Величество вменили мне в преступление, когда, имев теперь достойных сотрудников, каковы Хвостов и Давыдов, и с помощью которых, выстроив суда, пущусь на будущий год к берегам японским разорить на Матмае селение их, вытеснив их с Сахалина и разнести по берегам страх, дабы, отняв между тем рыбные промыслы и лиша 200 000 человек пропитания, тем скорее принудить их к открытию с нами торга… Накажите меня как преступника, что, не дождав повеления, приступаю я к делу: но меня еще совесть более упрекать будет, ежели пропущу я понапрасну время… а особливо, когда вижу, что могу споспешествовать исполнению великих Вашего Императорского Величества намерений»^{29}. Лейтенант Н.А. Хвостов и мичман Г.И. Давыдов, о которых говорилось в письме императору, были на службе у Российско-Американской компании и находились в Петропавловской гавани на Камчатке. Вернувшись из Японии, Резанов приказывает этим морским офицерам на фрегате «Юнона» и тендере «Авось» после соответствующей подготовки совершить плавание к берегам Сахалина и Курил. В задачу офицеров входило выяснить, действительно ли японцы, проникнув на эти острова, притесняют приведенных в русское подданство курильцев. В случае подтверждения этих сведений офицерам надлежало японцев «прогнать»^{30}. Иными словами, речь шла о защите принадлежавших Российской империи территорий от незаконных действий японцев.

Во исполнение приказа Хвостов и Давыдов в 1806—1807 гг. совершили экспедицию на Сахалин и Курилы. О результатах этой экспедиции в одном из российских исследований сообщается: «Сахалин. Хвостов и Давыдов посетили Южный Сахалин дважды — в 1806 и 1807 годах, где ими в заливе Анива было ликвидировано описанное Резановым японское поселение, сожжено два небольших судна и взято в плен несколько купцов из Мацумаэ. Кроме того, местному айнскому старшине Хвостов выдал грамоту о принятии жителей Сахалина в подданство России и под защиту русского императора. Одновременно Хвостов водрузил на берегу залива два русских флага (РАК и государственный) и высадил несколько матросов, которые основали поселение, просуществовавшее до 1847 года.