Нагумо предстояло принять критическое решение. Следует ли ему немедленно бросить все имевшиеся наготове бомбардировщики в атаку на американский авианосец? Сложность проблемы заключалась в следующем: (1) Против кораблей торпеды были гораздо более эффективным оружием, чем бомбы. (2) У него не было истребителей для сопровождения (все они находились в воздухе, и бензин у всех был на исходе), а он только что лично видел, как гибли вражеские самолеты без эскортирующих истребителей. (3) Немедленный приказ о начале атаки мог привести к тому, что около 100 самолетов первой волны, израсходовав остатки горючего, упадут в воду.

Было альтернативное решение: очистить палубы авианосцев, спустив самолеты вниз (это также даст возможность оснастить всех их торпедами), посадить самолеты первой волны, заправить их горючим и боеприпасами, затем нанести массированный воздушный удар и сокрушить возникшую угрозу.

Нагумо принял это казавшееся логичным решение. Палубы были очищены от самолетов с лихорадочной быстротой, и в 08.37 была отдана команда: «Начать посадку». На авианосцах закипела работа. Внизу на ангарной палубе усталые матросы снимали с самолетов 800-килограммовые бомбы, складывая их тут же на палубе, вместо того чтобы спустить в артпогреба. «Акаги» и «Кага» должны быть готовы к запуску самолетов к 10.30, «Хирю» и «Сорю» — не позднее 11.00. Нагумо просигналил всем кораблям: «После завершения приема самолетов мы планируем найти и уничтожить ударные соединения врага».

Затем в 09.01 он получил еще одно сообщение от разведывательного самолета: «Вражеские торпедоносцы приближаются к вам».

Нагумо принял теоретически безупречное решение, но оно оказалось ошибочным.