По кончине директора корпуса И. Л. Голенищева—Кутузова, на его место в 1802 году назначен член Адмиралтейств–коллегий вице–адмирал Петр Кондратьевич Карцов, опытный, боевой моряк, много плававший в наших и заграничных водах и участвовавший в сражениях Гогландском, Эландском и даже Чесменском, где он был в чине мичмана. Корпусная служба также была ему знакома, потому что он некоторое время заведывал штурманской ротой в Кронштадте и более трех лет служил офицером Морского корпуса. По личным своим достоинствам он пользовался заслуженным уважением всего флота. В первые годы своего директорства, может быть под влиянием энергичного Чичагова, Карцов принялся весьма деятельно за улучшение по разным частям своего управления: при нем решительными мерами уничтожена многие годы существовавшая между воспитанниками отвратительная, малоизвестная в настоящее время болезнь чесотка, происходившая от нечистоты одежды и помещений, исправлено все здание корпуса и построены новые флигели для служащих. Отличившимся на выпускных экзаменах давались хорошие награды – прекрасные секстаны английской работы и пр. В 1803 году около 20 гардемаринов для лучшего практического изучения морского дела отправлены волонтерами на английский флот, и впоследствии из числа их вышло несколько замечательных морских офицеров.
Более важными событиями этого времени, касающимися Морского корпуса, были: введение фронтовой службы в 1811 году и новая форма, при которой прежние шляпы заменили киверами; в 1812 году, по случаю нашествия неприятеля, воспитанники были перевезены в Свеаборг, откуда возвратились в Петербург уже по зимнему пути; в 1816 году присоединили к корпусу и перевели в его здание Училище корабельной архитектуры и в том же году зимой один за другим были два пожара, причинивших значительный убыток. В 1817 году утвержден новый штат корпуса, по которому число воспитанников увеличено до 700 человек, и в находящейся при корпусе учительской гимназии положено иметь 35 гимназистов. С введением нового штата офицеры корпуса стали именоваться не корпусными чинами, как прежде, а общими флотскими, в каких они действительно состояли.
Карцов управлял корпусом до 1824 года; ближайшими помощниками его по учебной части были: инспектор классов Платон Яковлевич Гамалея, а потом помощник его Марк Филиппович Гарковенко, а по хозяйственной и распорядительной частям – старший из корпусных штаб–офицеров. Гамалея, благодаря предоставленной ему самостоятельности, довел учебную часть или, вернее, преподавание математических и морских наук до возможного по тому времени совершенства. Вполне преданный своему делу и обладающий глубокими научными сведениями и редким талантом передавать их своим ученикам, он составил превосходный курс высшей математики и морских наук по кораблевождению и кораблеправлению, изложенный прекрасным языком и в строгой системе. Гамалея преподавал не только гардемаринам, но и воспитанникам гимназии, готовящимся быть корпусными учителями. Деятельный и усердный помощник его Гарковенко, по оставлении Гамалеем службы, был самым строгим и ревностным продолжателем системы его преподавания, и под руководством Гарковенко комиссией преподавателей составлены учебные руководства по арифметике, геометрии и тригонометрии плоской и сферической.
По прилежанию, а главное по способностям гардемарины разделялись на теористов и астрономистов; первыми проходился высший анализ, астрономия, теоретическая механика и теория кораблестроения; вторыми – только навигация и необходимые для кораблевождения сведения из морской астрономии. Лучшие из теористов пользовались между товарищами почетным титулом зейманов (Seeman – морской человек), и из них–то впоследствии вышли знаменитые адмиралы, капитаны, кругосветные плаватели и хорошие гидрографы. Из астрономистов же в большинстве выходили заурядные служивые, а иногда, смотря по характеру и способностям, выдавались не только хорошие, но и отличные практические моряки. Подобные примеры, а их было не мало, служили наглядным доказательством, что, несмотря на книжную, учебную малоуспешность юноши, практическая жизнь может выработать из него отличного практика–специалиста или полезнейшего общественного деятеля.
Кадеты, достигнувшие в корпусе совершеннолетия и желавшие поскорее освободиться от учения и быть офицерами, по окончании «кадетского» курса могли изъявить желание поступить в морскую артиллерию. Тогда их переводили в особый артиллерийский класс, где, получив скромные научные сведения по избранной ими специальности, они через год, следовательно ранее своих товарищей, производились в офицеры – констапели морской артиллерии.
Кроме математики и морских наук, на другие предметы, называвшиеся тогда «словесными», к которым принадлежали русский и иностранные языки, история и география, обращали очень мало внимания, и при переводах из класса в класс они не имели значения. Преподавание этих «словесных» наук шло в корпусе так же или немногим лучше того, как в восьмидесятых годах прошедшего столетия, когда из истории давались только краткие хронологические таблицы; а географии приказано было, не задавая уроков, стараться обучать «через затвержение при сказывании по очереди всех в классе».
Хорошее преподавание «словесных» предметов было редким явлением еще и потому, что для них учителей назначали из воспитанников гимназии, не по склонности или знанию предмета, а по открытии вакансии и необходимости дать место ученику, окончившему курс. Тяжело было положение этих молодых учителей из гимназистов. Кадеты и гардемарины были все из столбовых дворян, гимназисты – из разночинцев. В классах они учились вместе; но последние были во всем, сравнительно, принижены: стол их был хуже кадетского, в классах на их обязанности лежало приносить мел, губку и т. п. Вообще держали их в таком положении, которое не могло возбуждать уважения к будущим наставникам, и чтобы заслужить его, со стороны их требовалось много ума, такта и терпения. Но несмотря на такие невыгодные условия, в числе преподавателей корпуса, вышедших из гимназистов, бывали люди высоко достойные, сведущие и оставившие добрую память у своих учеников. В числе учителей были некоторые и корпусные офицеры; но из них о знании предмета и успехах воспитанников редко кто заботился; были и такие, которые почти не показывались своим ученикам, и это оставалось незамеченным. Приемного экзамена не было; поступали иные вовсе не знающие грамоты, и таких набиралось около полусотни, которые составляли особенный класс, на языке воспитанников характерно называвшийся «точкою». Воспитанники неспособные или ленивые в этой точке пребывали по году, по два, а иногда и долее.
В классах сидели по восьми часов в сутки; утром от 7 до 11 часов проходились математические и морские науки и иностранные языки; вечером от 2 до 6 часов все другие предметы. Кроме учебников математических и морских наук и катехизиса, других печатных руководств не было. Преподавание происходило без программ и правильных переводных экзаменов, и предоставлялось добросовестности учителя. Поэтому, например, случалось, что весь курс всеобщей истории ограничивался только частью древней, русская грамматика оканчивалась именами прилагательными и т. п.
Хозяйственная часть, по взглядам того времени, шла удовлетворительно, потому что давала экономию, конечно, в ущерб многому, а главнейше, здоровью воспитанников. Но в воспитательном отношении, в главных чертах, сохранились те же порядки, какие существовали за пятьдесят лет назад, при основании корпуса. Одним из таких порядков было соединение возрастов: в одной роте, в одних комнатах, жили молодые люди 19, 20 лет и юноши и дети 16 и даже 10 лет. При таком смешении воспитанников естественно между ними господствовало право сильного, и младшие, как слабейшие, поставлены были в необходимость беспрекословно исполнять все требования старших. Исключение составляли только гардемарины, у которых все кадеты, несмотря на возраст и силу, находились в полном подчинении и послушании. Корпусные офицеры дежурили по неделям, и при воспитанниках были только во время обеда, ужина и привода в классы.