В это время также появляются «Леда и Лебедь» и «святой Иоанн Креститель». «Леда» единственный женский акт, не представлявший угрозы и вышедший из-под кисти Леонардо. Вероятно, его пленила история, взятая из греческой мифологии, о том, что бог Зевс, превратившись в лебедя, овладел Ледой, матерью Диоскуров. Об этом Леонардо прочитал в «Метаморфозах» Овидия. К сожалению, эта картина утрачена, и представление о ней мы можем составить только по многочисленным копиям, а также по рисунку Рафаэля. Впрочем, Ломаццо якобы видел это произведение: «Обнаженная Леда, заключенная в объятия лебедя, стыдливо опускает взгляд». Некоторые критики также хотели увидеть в этом произведении нечто вроде душевного возбуждения, и Серж Брамли пишет об: «Картина рассказывает о таинственности процесса рождения, о генетическом заблуждении, о сильно выраженных внутренних потребностях тела и земной бездне». Но более тщательно рассмотрим трактовку картины Куртом Айсслером, который признал в ней как «чарующую эротическую силу притяжения», так и «трагический аспект сексуального вожделения». Изображение близнецов Кастора и Поллукса Айсслер связывает с аллегорией «добродетель и зависть» и устанавливает: «Кастор и Поллукс являются символическим знаком, сублимирующим гомосексуальную дружбу, определенным типом отношений, который зафиксирован в Леонардо».
В изображаемой Леонардо теме «Леды и лебедя» не случайно отсутствует та похотливость, которую можно было бы выразить, всякий раз меняя содержание (подумайте о подобной картине во времена третьего рейха). Элементарная чувственность, наслаждение, которые могли бы даже неосознанно выразиться, по своей сути глубоко отталкивали художника. «Причиной несчастий являются разнообразные наслаждения… Если ты должен предаваться удовольствиям, то знай, что они содержат в себе то, что приведет тебя к мучениям и раскаянию», — записал он в своей рабочей тетради. Такая укоренившаяся и четко выраженная травматическая позиция, которую могли бы здесь заметить не только Фрейд, но и все психоаналитики, определялась гетеросексуальностью, вытекающей из детского опыта Леонардо, и из промискуитета отца, сыгравшего огромную роль в его жизни и определившего, таким образом, его отношение к матери. Сам по себе гетеросексуальный коитус является средством для удовлетворения определенных потребностей, как следует из его записей, сделанных в 1506 году во время его тяжбы по поводу наследства: «Кто с усилием и неохотой осуществляет коитус, тот порождает вспыльчивых и задиристых детей (его сводные братья?). Но кто занимается этим с великой любовью и сильным желанием, тот получает ребенка с сильным интеллектом, живого, остроумного и преисполненного любви».
Одновременно с работой над Ледой Леонардо интенсивно занимался различными анатомическими исследованиями, ибо хотел оформить свое учение об анатомии. «Я надеюсь, — писал он, — зимой 1510 года окончить свою „Анатомию“». Нет сомнения в том, что рвение в изучении анатомии, продолжавшемся уже больше 20 лет, особенно возросло, когда зимой 1509–1510 годов состоялось его знакомство с Маркантонио делла Торре, доктором медицины, преподававшим в университете города Пизы и посвящавшим себя с особым усердием «изучению трупов». И хотя Леонардо пренебрегал врачами и всячески остерегался их, Маркантонио составил исключение — видимо, потому, что занимался препарированием трупов. Если Леонардо ограничил себя изучением строения человеческого тела и его физиологии, равно как и функций его отдельных частей, то только потому, что впервые встретил необыкновенно одаренного, блистательного тридцатилетнего врача Маркантонио, который проводил исследования на животных, сравнивал полученные результаты, а также изучал тело в процессе его развития от зародыша до взрослого состояния. По личным свидетельствам, прямо-таки с лихорадочным воодушевлением, он расчленил около 30 мертвых тел, которые при свете свечей в ночной секции отпугивали своим ужасным видом: «…разорванный на куски или вскрытый труп». При этом существовала очень большая опасность заражения. Насколько она была велика, свидетельствует тот факт, что уже в 1511 году скончался его учитель Маркантонио делла Торре, заразившийся чумой при обследовании больных.
Чтобы наиболее полно проиллюстрировать то, как Леонардо развивал свою технику рисования, изображая каждую часть человеческого тела, его органы, кости и мускулы, необходимо передать или воспроизвести под различным углом зрения то, как он об этом говорил: «Вид такого рисунка должен быть приравнен к личному присутствию „нотомии“ (как Леонардо называл анатомию)». Так появились более двухсот листков с анатомическим изображением человеческого тела, выполненным с невероятной точностью и научной аккуратностью, которые вплоть до окончания XVIII столетия никем не были востребованы.
Между тем оформившиеся было отношения между Леонардо и Миланском герцогством ухудшились. Прежде всего оттого, что вновь грянула война, ибо французы продолжили свою экспансию на Апеннинском полуострове. В августе 1508 года Людовик XII заключил союз с Максимилианом I и двинулся в направлении Венеции. Надежду на завоевание венецианской территории питал прежде всего папа Юлий II, один из бессовестных и агрессивных мужей папского престола, избравшего себе имя в честь Юлия Цезаря. Однако уже тремя годами позже, а именно в 1511 году, он изменил направление своих действий: для городов дожей отменил интердикт. Сделал он это, чтобы только предать анафеме французов и с помощью «Святой лиги» (Ватикан, Венеция и Испания) изгнать с итальянского полуострова «врагов христианства». В этой военной неразберихе Леонардо должен был оказаться на некоторое время на стороне французских войск, действовавших против венецианцев, но в военных действиях участия никогда не принимал, разумеется настолько, насколько это возможно для человека, одержимого деятельностью военного инженера. Но прежде чем Людовик XII потерпел ряд поражений от союзнических наемных войск и, пройдя через Альпы, вернулся во Францию, Леонардо покинул Милан и отбыл в Фаприо к семье Мельци, где вынашивал планы по расширению загородного дома хозяев и упорядочению собственных анатомических исследований. Тем временем в Милане процветал Максимилиане Сфорца, сын Людовико иль Моро, который жестоко мстил всем, кто сотрудничал с французами.
После того как Леонардо потерял могущественного покровителя в лице французского короля, он стал подыскивать себе нового мецената, потому что художник без финансовой помощи не смог бы существовать. Тем временем ему исполнился 61 год, и он решил попытаться найти счастье в Риме, где 11 марта 1513 года на должность папы был избран Джованни де Медичи. Торжественную литургию по этому поводу совершил Лев X. Получив приглашение от Джулиано де Медичи, брата святого отца и, вероятно, заказчика «Моны Лизы», Леонардо отважился на новый переезд. В своей рабочей тетради он записал: «24 сентября я в обществе Джовано Франческо Мельци, Салаи, Лоренцо отбыл из Милана в Рим». К сожалению, ожидания Леонардо в Ватикане не оправдались. Почти все Медичи, в отличие от чрезмерно прожорливого толстого папы, были ярко выраженными поклонниками искусства и очень щедро одаривали художников, что привлекало в вечный город большое количество представителей искусства. При папском дворе вынуждены были приспосабливаться не только такие художники как Микеланджело, Браманте, Рафаэль или Синьорелли, но и люди, желавшие просто услужить первосвященнику, потому что они решили, что их жизнь создана для наслаждений. Для Леонардо борьба за достойное место при папском дворе была невозможна, так как это общество погрязло в коррупции и интригах. Более того, ему были глубоко ненавистны все шумные мероприятия, так что биографы, вероятно, правы, считая, что для Леонардо годы, проведенные в Риме, были самыми несчастными в его жизни.
Правда, Джулиано де Медичи дал возможность мастеру и его ученикам обустроить большинство покоев в своем роскошном доме, находившемся в непосредственной близости от папского дворца; там Леонардо в первые дни своего пребывания встретил большинство своих старых друзей, таких как Рафаэль, Синьорелли, Фра Бартоломео и Донато Браманте, но все-таки мастер уже не скрывал, что он стар, и относил себя к ушедшему поколению. Он больше не задавал вопросов без сомнения талантливым, проворным и усердным молодым коллегам, находившимся рядом с ним при папском дворе. Кроме того, он видел, как ежемесячно тридцатитрехлетний флорентиец, выплачивал щедрые гонорары Рафаэлю и другим художникам, и в то же время жаловался и глубоко оскорблял известных мастеров.