Судя по позднейшим дневниковым записям и по другим документам, к этому времени могла быть закончена только первая половина второй части. 26 июля Толстой уехал к П. П. Новосильцеву в его имение Орловской губернии, оставив жене рукопись для копирования. 29 июля С. А. Толстая писала ему: «...я все списывала, но дело идет тихо. Начну списывать, то дети помешают, то мухи кусали ужасно, а то станет интересно, и я читаю дальше, и начинаю думать и судить сама себе о всех лицах и действиях твоего романа. Мне очень Долохов нравится. Но я чувствую себя все-таки действительно пошлой читающей публикой».¹⁶⁸ Два дня спустя: «Нынче переписывала и прочла вперед немного, что я еще не видала и не читала, а именно, как жалкий повязанный старичок Мак приехал сам признаться, как его разбили, а кругом его любопытные адъютанты, а он почти рыдает, и его свидание с Кутузовым. Мне ужасно это понравилось, оттого и пишу об этом тебе».¹⁶⁹ Приведенные письма С. А. Толстой подтверждают, что работа шла над первой половиной второй части (рукописи №№ 77 и 78).

С 21 по 25 сентября Толстой с семьей провел у Дьяковых в имении Черемошня, где он читал отрывки из романа. «Их не занимает, — записал Толстой в Дневнике 24 сентября. — Но мне показалось настолько недурно, что не стоит переделывать. Nicolas надо придать любовь к жизни и страх смерти на мосту. А Андрею — воспоминания сраженья в Брюнне».¹⁷⁰ В числе прочитанных у Дьяковых отрывков были гл. VIII—X. Конец сентября и весь октябрь были посвящены работе над окончанием второй части и отделке ранее написанного. 15 октября отмечено в Дневнике: «Две главы совсем обдумал. Брыков и Долохов не выходят. Мало работаю».¹⁷¹ Речь идет об описании эпизода из Шенграбенского сражения: героического подвига роты капитана Брыкова, в которой состоял разжалованный Долохов.¹⁷² Текст был позднее переработан, и Брыков переименован в Тимохина. 17 октября Толстой записал в Дневнике: «Писать не хотелось очень. A se battre les flancs¹⁷³ ни за что не хочу. Для Долохова видел на охоте местность, и ясно». 20 октября: «Перечитывал, переправлял, идет дело. Долохова сцену набросал». 21 октября: «К вечеру обдумывал Долохова».¹⁷⁴ Судя по этим записям, ко второй половине октября 1865 г. относятся рукописи, содержащие описание именно Шенграбенского сражения.¹⁷⁵

Дальнейших точных сведений ни о работе над рукописями, ни о дате отсылки второй части в набор, ни о правке корректур нет.

Около девяти месяцев Толстой был занят второй частью. Черновые рукописи показывают, что именно потребовало наибольшего труда.¹⁷⁶ Толстой стремился на протяжении всей части показать возможно рельефнее невыгодное положение и серьезные трудности для русского главнокомандующего с самых первых моментов войны, когда «кутузовскому 40-т[ысячному] войску, необутому, плохо кормленному, предстояло не только отступать перед вдвое сильнейшим победителем, хорошо продовольствованным неприятелем, среди чужой, дурно расположенной страны, готовой к предательству как в своих низших, так и высших представителях, но и удерживать этого неприятеля по дороге в Вену уничтожением мостов и арьергардными сражениями, о чем каждый день писал к Кутузову австрийский император». Неоднократно Толстой подчеркивал, что, сохраняя вид подчинения главному командованию, Кутузов старался даже в тех сложных условиях действовать по своему обдуманному плану (пути отступления от Кремса, Кремское сражение и т. д.).

Много внимания уделил автор характеристике австрийских военных сфер и австрийского придворного круга. Для обличительной характеристики этого общества, а также русских дипломатов (кружок Билибина) использован приезд князя Андрея в Брюнн с донесением о победе под Кремсом.¹⁷⁷ Общее настроение австрийского двора показывало, говорит Толстой, что «войною, собственно, мало занимались в Брюнне. Жизнь с придворной обстановкой, щегольством, праздниками и женщинами шла так же, как будто не было никогда в государстве ни гошпиталей с тяжелым запахом, наполненных стонущими, бледными ранеными, ни выжженных и покинутых деревень, ни Вены, в которой уже командовал Мюрат». Почти сатирически изображены «низшие придворные лица», старавшиеся вступить в разговор с князем Андреем после аудиенции у императора. Толстой сравнил их с «алчущими животными у колодца», которые, «ежели не могут достигнуть до самого источника драгоценной влаги, то жадно рвутся высосать ту влагу, которая выливается на доступное им корыто». Соответственно представлено состояние в этот момент князя Андрея, который «почувствовал себя этой бадьей, выходящей из колодца, перед столпившимся стадом, когда он вышел из двери кабинета императора».

Работая над образом князя Андрея в создаваемой второй части произведения, Толстой как бы подготавливал своего героя к подвигу под Аустерлицем, уже описанным в ранее законченной части. Он постепенно сталкивал князя Андрея с различными кругами людей, создавал вокруг него такую обстановку, вследствие которой взгляды князя Андрея на войну, на военное дело, высказанные им в первой части романа, постепенно изменялись. Причем среда, в которую попал князь Андрей, и события, в которых ему пришлось участвовать (штаб Кутузова, сражение под Кремсом, встреча с обозом русских раненых по дороге в Брюнн, прием у австрийского императора, лагерные сцены в Грунте, Тушин и, наконец, Шенграбенское сражение) обрисованы в черновых редакциях с бòльшими деталями, местами более подробно, а порою более резко. В черновых вариантах, в отличие от журнального текста и особенно от завершенной редакции, вместо художественных сцен значительно больше повествования от лица автора, слишком явно выступает авторская оценка событий и лиц. К преодолению описательности были направлены усилия автора.

Много раз перерабатывались главы, посвященные князю Андрею и Тушину перед Шенграбенским сражением. Вместо краткого разговора в балагане, вернее лишь отрывочных фраз о страхе смерти (гл. XVI окончательного текста), услышанных князем Андреем, в черновых вариантах большое место отведено сценам в шалаше и пространным беседам, особенно на темы о бессмертии, в которых принимал участие сам князь Андрей.¹⁷⁸ Подробнее рассказано, как в результате впечатлений на войне изменялось отношение князя Андрея к солдатам. «Несмотря на свое философское воспитание конца 18-го века и несмотря на свою любовь к военному делу, князь Андрей никогда не думал, что в военном деле что-нибудь значат люди, как солдаты и мелкие офицеры, никогда не думал, что от них зависит что-нибудь в военном деле». Такова первоначальная позиция князя Андрея. После Брюнна, вернувшись в армию и объезжая позиции перед Шенграбенским сражением, князь Андрей уже иначе относился к войску, причем особенно сильное впечатление произвел на него разговор с капитаном Тушиным,¹⁷⁹ к мыслям которого о войне и военном деле приблизится постепенно князь Андрей. К этому вел автор своего героя.

Пространнее и с сохранением большего количества деталей и фактических данных изображены канун Шенграбенского сражения и самое сражение. В описании Аустерлицкого сражения упоминался эпизод с батареей Тушина. Теперь же, создав вторую часть и тесно связав капитана Тушина с князем Андреем, Толстой ввел, как один из центральных эпизодов Шенграбенского сражения, батарею Тушина и затем заступничество князя Андрея за Тушина. И в черновом варианте последней главы, закончившемся пока только конспектом, уже содержатся мысли князя Андрея после Шенграбенского сражения: «Я всё могу. Могу найти смысл в этих толпах и мысль» и далее: «Князь Андрей в избе записывает, ему мелькает мысль, что Тушин прав, но он стремится разумом обнять всё».