Греция не протянула Грузии руку помощи. Во-первых, она сама была утомлена беспрерывными войнами, и, во-вторых, вспыхнувшие в то время богословские споры на всем Востоке далеко отодвинули греческие власти от вмешательства в дела Грузинского царства и Церкви. Нечестивый Македоний 72 не признававший третье лицо Св. Троицы равночестным и равносильным первым двум лицам Всепресвятейшей Троицы, смутил всю Православную Церковь. Возникли смуты и волнения, охватившие собой все пределы империи.
Император для водворения мира созвал в 381 году II Вселенский Собор под председательством св. Григория Богослова. Несмотря на все несчастья и государственные перевороты, Грузинская Церковь отрядила от себя на этот Собор своего епископа Пантофила, епископа Иверского, подписавшего семь правил этого Собора. Определив и выяснив догматы Церкви и подтвердив правила св. Никейского Собора, отцы Собора занялись епархиальным распределением того или другого епископа. В числе прочих и Грузинская Церковь, как церковь восточных окраин христианского мира, изъята была из-под власти Константинопольского патриарха и поставлена в зависимость от Антиохийского первоепископа. Таким образом, Вселенский Собор снова водворил церковный мир.
Окончив дела империи, император обратил наконец свое внимание на восточные провинции своего царства. Такая близость персов совсем не нравилась бдительному Феодосию, — это могло причинить как ему, так и целой империи огромные хлопоты.
И без того недовольный поведением Вараз- Бакара, император расторг с ним все отношения; царство его сделал театром ужасных войн, на котором столкнулись две противоположные веры тогдашнего мира: христианство и огнепоклонничество — первое взяло вверх, так как Грузия всецело примкнула к христианству. — Поэтому как эту, так и последующие войны греков с персами нужно считать борьбой за религию.
Военачальники Феодосия против Бакара подняли его подданных кларджетцев и с помощью их заняли грузинскую территорию Тухарис, поставив правителем области Савромата, начальника греческих легионов. Подобное отношение императора к Грузинскому царству имело целью спасение Церкви, но оправдали ли греки свое назначение, об этом летописцы ничего не говорят. Сапор, поставивший Грузию под свое влияние, вскоре вооружился против греков, отрядил войско и выгнал из пределов Грузии Савромата, восстановив права Вараз-Бакара, а вместе с тем и свое влияние. Тогда император, боясь за подобное сближение, немедленно отправил своего полководца Теренция с приказанием возвести на престол Грузии Савромата. Бакар, встретившись с этим последним, предложил раздел Грузии, по которому на его долю должны были остаться только северные области, с включением Албании. Сапор, весьма недовольный поведением греков, требовал удаления Савромата и признания единственным царем Грузии Бакара II, и для этого отправлен был первый сановник, министр Персии, Сурен.
Император соглашался вывести войска из Грузии, если Сапор согласится на утверждение раздела. Сапор, видя упорство императора и пользуясь нападением на империю готов, напал на греческие войска, расположенные в Грузии, разбив их, выгнал Савромата и восстановил снова права Бакара II.
Происходившие смуты ограничили Грузинскую Церковь до такой степени, что весьма трудно было рассчитывать на ее существование. С одной стороны греки с запада со дня на день двигали свои границы вперед на восток в ущерб Грузии и ее Церкви, с другой стороны персы со своим огнепоклонничеством отнимали одну провинцию за другой; с юго-востока на долю Грузинской Церкви остались только одни разоренные Карталиния и Кахетия. Вершины же гор и северные долины и ущелья, прилегающие к правому берегу Терека, недоступны были христианству и его миссионерам. Однако, несмотря на подобное унижение своей страны, царь стал еще недружелюбнее смотреть на христианство, по его мнению, причинившее ему столько вреда и несчастий. К счастью Церкви и народа, по выражению Картлис Цховреба, царь умер почти врагом Церкви в 393 году.
Трое малолетних детей — его наследников, не были в состоянии управлять страной. Грузинская знать, посоветовавшись между собой, управление страной поручила тестю Вараз-Бакара, старику Тиридату II, человеку мудрому и благочестивому. Став опекуном престола, он всю оставшуюся жизнь употребил на устройство и восстановление св. храмов и самой Церкви, всем грузинам повелел открыто вернуться к поклонению св. кресту. Под мудрым управлением его христианство стало снова оживать.
В правление его паства грузинская лишилась своего пастыря, епископа Иова, и на Мцхетскую кафедру возведен был Илия — человек весьма достойный и благочестивый. Церковь под управлением этих лиц наслаждалась спокойствием, тишиной и восстановлением своих святилищ. Персы, в ущерб Церкви, ежегодно получали известную дань. Таким образом, Грузия дорогой ценой выкупала свое спокойствие.
Город Рустави с прилежащей местностью снова вошел в управление Тиридата, который немедленно выстроил в нем храм, сделавшийся впоследствии кафедрой руставских епископов. Город Некреси, в приалазанской Кахетии, с прекрасным его храмом, относится к трудам благочестивого Тиридата, основавшего тут некресскую епископию для горских жителей Верхней Кахетии.
К несчастью для Церкви и самой Грузии, Тиридат скончался в 405 году, оставив престол своим внукам — детям своего зятя. По прямому престолонаследию вступил в управление страной старший сын Вараз-Бакара Парсман IV, человек, воспитанный благочестивым Тиридатом и благодаря своему воспитанию весьма расположенный к христианству. Он постоянно ревновал о славе храмов.
Видя стесненное положение своего царства и Церкви, юный царь предложил грекам мир, зная, что соседство единоверцев даст ему возможность свергнуть с себя тяжелое и унизительное для христиан-грузин иго персов, — в чем, конечно, и не ошибся. С помощью греческих войск он отказался платить персам дань, что способствовало миру и церковному благолепию.
В правление его умер деятельный и энергичный сотрудник его архиепископ Илия и на упраздненный престол возвели Симеона, человека, достойного своего сана, содействием которого Парсман возобновил все храмы, разоренные персами во время нашествия их на Грузию. В Болнисах основал великолепный храм, именуемый Сиони — известный в свое время необыкновенным богатством и роскошью.
Приведя в порядок расстроенные дела своего царства, он, к несчастью для Грузии, недолго царствуя, умер в 408 году, оставив престол брату своему Мирдату IV — человеку опрометчивому и самонадеянному.
Когда Мирдат вступил на престол, Церковь Грузинскую снова потрясли тяжелые бедствия от небрежности юного царя, одаренного дурными качествами и по природе мечтательного и неустрашимого никакими опасностями жизни. Потеряв из-за самонадеянности близких союзников своих греков, он был вынужден уступить военачальнику персидского царя Иездигерда I, Убарабу, почти все провинции своего царства, за исключением весьма немногих. Церковь лишилась своих прав в тех провинциях, где снова зажглись костры Зоры. Убараб, напав на Грузию, предал все, принадлежащее Церкви, полному опустошению; большую часть храмов обратил в капища огнепоклонников. Духовенство с большей частью святынь, вместе с семейством царя, скрылось в кахетинской долине.
Мирдат, не имея возможности противостать полчищам персов-огнепоклонников, захвачен был и в оковах отведен в Багдад, где был убит в 410 году.