Известие об участи брата Юрия напугало князя Старицкого, и, когда Елена пригласила его в Москву якобы для совещания по казанским делам, он не поехал, сказавшись больным. Овчина-Телепнев не поверил ему и отдал приказ схватить некоторых его бояр. Андрей Иоаннович понял, что в Москве ему готовится участь брата, и принял решение с отрядом детей боярских искать поддержки в Новгороде. Но Овчина-Телепнев предвидел его ход: он уже отдал распоряжение воеводе Бутурлину из Новгорода выступить против взбунтовавшегося князя Старицкого. На помощь Бутурлину Овчина выслал отряд под начальством воеводы Никиты Васильевича Хромого-Оболенского, а сам во главе большого отряда зашел в тыл отряду Старицкого и настиг его возле села Тюхоля.
В Московских списках летописи говорится, что Андрей Иоаннович не захотел «бой поставите», а вступил с Овчиной-Телепневым в переговоры. Он был согласен сложить оружие и решить дело мирным путём, если Елена простит его и не отправит его в тюрьму. Овчина-Телепнев, не имея возможности быстро согласовать это с Еленой, дал клятву, что Андрею Иоанновичу не нанесут никакого вреда. Князь Старицкий поверил этой клятве и поехал с Овчиной в Москву с повинной головой. Но Елена при боярах сделала выговор Овчине-Телепневу за то, что он дал клятву без её согласия, и отдала приказ заковать в оковы князя Старицкого и бросить его в тюрьму, «чтобы больше такой смуты не было».
В других летописях говорится, что Овчина-Телепнев-Оболенский первый стал посылать к князю Старицкому предложение не проливать крови, а мирным путём решить вопрос Он давал клятву, что Великий князь Иоанн Васильевич пожалует его всякими милостями, в том числе и вотчинами, что никакого вреда князь Старицкий не получит.
Какие бы версии ни были, а факт остаётся фактом: Овчина-Телепнев нарушил свою клятву. Андрей Иоаннович по прибытии в Москву был схвачен, брошен в тюрьму, где через полгода, в 1537 году, он умер, измученный пытками. Ему, сыну Великого князя Иоанна III Васильевича и Великой княгини Софьи Палеолог, было тогда 47 лет. Не избежали его участи ни его жена, ни дети. Так были уничтожены все возможные претенденты на престол «всеа Руссии».
Эти злодеяния объяснялись необходимостью сохранить для малолетнего Великого князя Иоанна престол, завещанный ему Василием III Иоанновичем. Но бояре стали ждать своего часа.
Но и в другой своей ипостаси, как государственный деятель и воевода, Овчина-Телепнев-Оболенский проявил себя достойно. Когда в 1534 году истёк срок перемирия между Москвой и Литвой, литовский король Сигизмунд I не стал продлевать мира. Уверенный в слабости русского государства, возглавляемого малолетним князем и его матерью, всего лишь ребёнком и женщиной, он двинул войска на Русь, чтобы завоевать Смоленск. И сначала имел успех, но, встреченный Овчиной-Телепневым с войском, начал терпеть одно поражение за другим: Овчина-Телепнев, дойдя с полками почти до самой Вильны (ныне Вильнюс), опустошил на своём пути несколько литовских волостей.
В начале следующего, 1535 года пришло известие, что Сигизмунд снова идёт походом на Смоленск. Во главе передового полка опять выступил воевода Овчина-Телепнев-Оболенский, но ему не удалось встретиться с войсками Сигизмунда на поле брани, потому что литовцы пошли другим путём Однако московские воеводы под началом Овчины-Телепнева сожгли посад Мстиславского и опустошили его окрестности. Получив реальное сопротивление, Сигизмунд стал искать мира с Москвой.
Война с Литвой, благодаря действиям Овчины-Телепнева, окончилась удачно для Москвы. В 1537 году был заключен мирный договор сроком на пять лет. Переговоры с королем Сигизмундом велись как бы от имени Великого князя Иоанна Васильевича, но на самом деле переговоры вёл князь Иван Фёдорович Овчина-Телепнев-Оболенский.
В том же году Иваном Овчиной-Телепневым был заключён мирный договор со Швецией, по которому Густав Ваза обязался не помогать в войне с Московским государством ни Литве, ни Ливонскому ордену. Договор предусматривал взаимную свободную торговлю и выдачу беглецов с обеих сторон. Усилиями Телепнева-Оболенского были подтверждены прежние договоры с Ливонией, продолжение сношений с султаном турецким, который присылал в Москву грека для закупки разных товаров. Поддерживались отношения и с Польшей.
Вообще в конце правления Елены Глинской ни одно дело не проходило без участия Овчины-Телепнева-Оболенского.
Теперь все посольские и иные грамоты с предложениями шли Овчине-Телепневу, и иноземные короли получали ответ от Овчины-Телепнева, который умело вёл дипломатические переговоры и переписку, и в этих делах Овчина-Телепнев целенаправленно поддерживал достоинство Московского государства.
Во внутренних делах самым главным считалось, в целях безопасности государства, построение новых крепостей и новых сооружений. Этим делам Иван Овчина уделял большое внимание. Был построен новый деревянный город Устюг. В Новгороде Великом и в Вологде сооружены новые оборонительные укрепления. Заново отстроены сгоревшие города Тверь и Ярославль, во Владимире срочно починена городская стена, повреждённая пожаром. В Москве, вокруг обширной территории, прикрывавшей подступы к Кремлю, была сооружена каменная стена, укреплённая особой кладкой — «китой». Эта обнесённая стеной территория получила название Среднего города, или Китай-города (названного «китаем» по наименованию укрепления каменной кладки — «киты»). Закладка стены происходила 16 мая 1535 года. Строительство было поручено Петру Малому Фрязину.
Еще в 1533 году, незадолго до смерти Великого князя Василия III, обнаружились порча денежных монет путём их обреза и подмесь в них другого металла и, как следствие, обесценение денег. Из гривенки было принято выделывать 250 новгородских денег или 2 рубля 6 гривен московских. А дело дошло до того, что из гривенки стали делать 500, а то и больше фальшивых денег. В сентябре 1533 года Великий князь Василий III приказал казнить в Москве людей, виновных в порче денег. Так как явление это было повсеместное, то казнили многих людей из разных городов — из Москвы, Смоленска, Костромы, из Ярославля и других приволжских городов. Казнили страшной казнью: отрубали руки и ноги, четвертовали, лили в рот расплавленный металл. Довести дело борьбы с фальшивомонетчиками Василию III помешала смерть. В марте 1535 года Великая княгиня Елена по представлению её фаворита Ивана Овчины издала указ о полном запрещении обращения резаных и поддельных денег. Она приказала все деньги перелить и чеканить из них гривенки уже по 300 новгородских денег или по 3 рубля московских. При Великом князе Василии III на монете изображался князь на коне и с саблей в руке. На новых деньгах он изображался с копьём в руке, отчего, в отличие от «сабельных», монеты стали называться «копейными», а затем копейками.
Казалось, всё идёт хорошо, и Елена, а особенно её фаворит, торжествовали. Хотя все грамоты шли от имени Великого князя Иоанна IV Васильевича, который посольские дела решал как бы в совете с боярами, на самом деле (и это знали все) всё правление формально лежало на Великой княгине Елене, а реально посольства отправлялись к боярину конюшему, князю Ивану Фёдоровичу Овчине-Телепневу-Оболенскому; разрешения на какие-либо дела добивались, бив челом тому же князю Ивану Фёдоровичу. Разумеется, бояре (особенно могучий род Шуйских) считали, что они имеют более прав, чем Овчина-Телепнев, что нельзя допускать срама при московском престоле — правления «полюбовника Елены». За неимением прямых наследников престола, чтобы не поднимать смуты, было решено оставить на престоле малолетнего Ивана, впредь признав его права, и править до его совершеннолетия боярским правлением. А чтобы избавиться от фаворита и всего этого позора — порешить Елену. После её смерти с фаворитом расправиться — дело будет простое.
В ночь со 2 на 3 апреля 1538 года неожиданно, накануне весь день будучи здоровой, Великая княгиня Елена скончалась. В летописи было записано: «В лета 7046 апреля 2 день преставися великая княгиня Елена, со вторника на среду в 7 час нощи». По свидетельству Герберштейна, она была отравлена, предположительно, солями ртути.