Екатерине, во-первых, выполнявшей условия договора, а во-вторых, по религиозным соображениям не считавшей возможным допускать угнетение православных христиан, конечно, не понравилась точка зрения Понятовского. Она думала, что речь идёт о реакции диссидентов, а на самом деле была страшна реакция католического большинства польского населения, не желающего равняться в правах с православными и греками-неуниатами. И императрица высказалась весьма определённо: «Если король так смотрит на это дело, то мне остается чувствительное сожаление о том, что я могла обмануться в дружбе короля, в образе его мысли и чувств».

Н. И. Репнин, который боялся народных волнений в Польше в связи с диссидентским вопросом, но полагал, что в такой ситуации ему остаётся только «исполнить волю всемилостивейшей государыни касательно до гражданских диссидентских преимуществ», а потому все свои силы употребил на достижение цели и где подкупом, где интригами, где угрозами, а то и арестом наиболее активных противников, а главное — введением русских войск в предместья Варшавы, добился желаемого: 13 февраля 1768 года Польский сейм утвердил закон о свободе вероисповедания польских граждан и об уравнении политических прав диссидентов с католиками. Екатерина II была довольна, не подозревая, что это событие станет началом большой религиозной войны, разорительной как для Польши, так и для России. Не успели члены сейма разъехаться, как на всей территории Польши стали возникать антидиссидентские конфедерации, и первыми против решения сейма подняли восстание подкоморий ружанский Красинский и адвокат Пулавский, которые захватили город Бар и призвали к восстанию другие конфедерации. В защиту православных в 1768 году был поднят гайдамацкий бунт, а к гайдамакам (беглым крестьянам, ушедшим из России в степи) примкнули запорожские казаки во главе с атаманом Железняком и крепостные крестьяне с сотником Гонтой.

Восстание не приобрело народного характера, но принесло смуту, углубило религиозную рознь. Появились шайки грабителей, потому что на призыв «за веру и свободу» в основном стекались те, кто не хотел работать, а хотел наживаться на грабеже, то есть голь перекатная. Такая же голь — гайдамаки и запорожские казаки — выступили против конфедератов, как бы защищая веру православную, а для этого грабя и убивая и католиков, и мусульман, и всех, кто попадётся под горячую руку.

Король Станислав-Август тяготился своими обязательствами перед Россией, но продолжал заискивать перед Екатериной II, потому что весьма нуждался в деньгах: конфедерации забирали всё, что предназначалось ему. В конце октября 1767 года Репнин писал: «„Дерзость и наглость возмутителей во всех частях умножается, а в Великой Польше ежедневно грабежи делаются, и час от часу разные вновь партии сих грабителей показываются. Доходов государственных ни одного злотого“. Королю месяца через два опять есть нечего будет, ибо доходы везде разграблены и к нему не доходят». Тем не менее Понятовский продолжал гнуть свою линию на преобразования, на изменение конституции, затем, побуждаемый канцлером Хребтовичем, примкнул к Тарговицкой конфедерации. Поддерживая движение против диссидентов, а следовательно, против России, польский король в то же время постоянно просил денег то у Панина, то у Репнина, то у самой императрицы. И получал желаемое, всё более и более попадая в зависимость от российской императрицы. Он пробовал найти поддержку со стороны Франции, просил совета у госпожи Жоффрен как хозяйки великосветского салона в Париже, пытался найти контакты с Австрией. Но тщетно. Его судорожные попытки вырваться из круга зависимости от русской императрицы не увенчались успехом.

Вместе с Чарторыйскими король обращался к Панину с просьбой отменить постановление о диссидентах. Но Панин, зная мнение Екатерины по этому вопросу, им отказал. Попытки Понятовского провести преобразования, изменить конституцию взволновали Фридриха И, и он 30 октября 1764 года отправил Екатерине послание, в котором, в частности, писал: «Многие из польских вельмож желают уничтожить liberum veto и заменить его большинством голосов. Это намерение очень важно для всех соседей Польши. Согласен, что нам нечего беспокоиться при короле Станиславе, но после него? Если ваше величество согласитесь на эту перемену, то можете раскаяться, и Польша может сделаться государством, опасным для своих соседей, тогда как, поддерживая старые законы государства, которые вы гарантировали, у вас всегда будет средство производить перемены, когда вы найдете это нужным Чтоб воспрепятствовать полякам предаваться их первому энтузиазму, всего лучше оставить у них русские войска до окончания сейма». Это письмо поразило Екатерину, она послушалась совета прусского короля и отказала Понятовскому в согласии на преобразования в Польше.

А в это время в Европе ходили «достоверные» слухи о предполагаемом брачном союзе короля Станислава-Августа с императрицей Екатериной II. На самом же деле российская императрица перестала доверять Понятовскому. Ей была известна двойственная политика Станислава-Августа, а потому теперь польский король проживал в Гродно под присмотром Репнина и на иждивении Российской империи. Клану Чарторыйских, игравшему весьма заметную роль в Польше, было предложено: старику-канцлеру оставить добровольно свой пост, а двум молодым сыновьям отправиться в Петербург для службы российской короне. И Чарторыйские повиновались. Один их этих сыновей, князь Адам Чарторыйский, впоследствии в своих записках вспоминал о польском короле: «В декабре 1764 года мы простились с родителями и тронулись в далекий путь. По дороге мы посетили Гродно, где в это время проживал злополучный король Станислав-Август, под надзором князя Репнина. Здесь алы пробыли до весны и за эти несколько месяцев часто посещали короля, были свидетелями его горя и горьких упреков, которые он себе делал, не будучи в состоянии спасти отечество или по крайней мере погибнуть, сражаясь за него».

Не только он, но и конфедераты ничего не могли сделать для сохранения Польши как независимого, свободного государства и противостоять разделу Польши между Пруссией, Россией и Австрией. Франция под видом борьбы против России также подрывала стабильность Польши изнутри: один из главарей конфедератов Красинский получил от французских борцов против России, во главе которых стоял французский министр Шуазель, 200 тысяч ливров, чтобы свергнуть короля Станислава-Августа и выбрать королём французского принца Конде или саксонского принца Альберта с условием, что новый король должен жениться на австрийской эрцгерцогине.

Во время восстания один из гайдамацких отрядов переправился через речку Кодыму, которая считалась границей между Россией и Турцией, и разграбил татарское местечко Галту, а в ходе сражения с турками и татарами несколько раз то отступал, то снова переправлялся через речку Кодыму. Стамбул тотчас же отреагировал на нарушение границы и нападение на население Османской державы и отправил к границе с Россией 20-тысячный турецкий корпус Русский посол Обрезков 25 сентября 1768 года пытался уладить это дело путём переговоров, но был арестован, дипломатические отношения Турции с Россией были разорваны, и Турция объявила России войну. Россия оказалась в состоянии не одной, а двух войн. Но императрица Екатерина II не растерялась. В письме к графу Чернышеву она обрисовала своё положение в аллегорической форме: «Туркам и французам заблагорассудилось разбудить кота, который спал; я сей кот, который им обещает дать себя знать, дабы память не скоро исчезла». И действительно, уже 4 ноября в 10 часов утра она собрала своих приближенных на Совет, который с тех пор стал постоянным учреждением По повелению Её Императорского Величества ко двору собрались в Совет лица, назначенные накануне: граф Алексей Кириллович Разумовский, генерал-аншеф князь Александр Михайлович Голицын, граф Никита Иванович Панин, бывший любовник Екатерины граф Захар Григорьевич Чернышёв, граф Пётр Иванович Панин, князь Михаил Никитич Волконский, вице-канцлер князь Александр Михайлович Голицын, фаворит императрицы граф Григорий Григорьевич Орлов и князь Андрей Вяземский.