В 1911 году Разведочные отделения были преобразованы в Контрразведывательные отделения (КРО), которые были сформированы при штабах военных округов. КРО занимались закордонной деятельностью по приобретению источников в разведывательных органах противника или их окружении, то есть внешней контрразведкой. В их функции входила также разработка на территории Российской империи дипломатических представительств и вызывающих подозрение в проведении шпионажа иностранных фирм, контрразведывательное обеспечение штабов и других важных военных учреждений. Начальниками КРО назначались офицеры Отдельного корпуса жандармов; помощниками их могли быть как строевые армейские, так и жандармские офицеры. Особый статус получило Петербургское КРО, занимавшееся обеспечением безопасности центральных учреждений империи.
В отличие от сотрудников Департамента полиции и жандармов, многие из которых вербовали агентов на идейной основе, сотрудники КРО предпочитали действовать прямолинейно.
В качестве методов вербовки агентов чаще всего использовались отказ от уголовного преследования за совершенные преступления и материальное вознаграждение.
Когда началась Первая мировая война, борьбу с иностранными разведками вели контрразведывательные отделения и Департамент полиции. Однако отдельные подразделения КРО были сформированы только в 1915 и 1916 годах, и процесс организации этой структуры затянулся до конца 1916 года. В конце 1916 года в систему военной контрразведки Российской империи входили КРО Ставки Верховного главнокомандующего (было создано в январе 1916 г.), КРО Генштаба, КРО штабов военных округов, штаба главнокомандующего армиями фронта, штабов армий и военно-морских флотов. Контрразведывательным отделениям подчинялись контрразведывательные пункты корпусов и дивизий.
На эффективность работы КРО повлияло то, что, несмотря на возросшую активность иностранных разведок, их штаты не были увеличены, а контрразведка в тыловых военных округах оказалась ослабленной из-за мобилизации сотрудников в действующую армию.
При Временном правительстве были ликвидированы Отдельный корпус жандармов и охранные отделения, при этом все кадровые сотрудники, занимавшиеся военной контрразведкой, оказались не у дел, а многие из них были арестованы. В пылу демократических преобразований новые власти рассекретили агентурный аппарат Департамента полиции, который использовался при политическом сыске. В результате имена большинства агентов и осведомителей попали на страницы газет, а те, кто избежал публичной огласки, предпочли прекратить сотрудничество с правоохранительными органами. Однако Временное правительство понимало необходимость существования военной контрразведки, и в апреле—мае 1917 года были утверждены «Временное положение о контрразведывательной службе во внутренних районах» и «Временное положение о контрразведке на театре военных действий». Тыловые округа обслуживало Контрразведывательное управление (КРУ), которое занималось внешней контрразведкой, разработкой иностранных дипломатических миссий и контрразведывательным обеспечением центральных военных и государственных учреждений. В штабе Верховного главнокомандующего также было создано КРУ. Были созданы отделы КРУ на фронтах, в армиях и в военных округах на театре военных действий, а в августе 1917 года — контрразведывательные пункты военных корпусов и дивизий. Деятельность военной контрразведки на территории Российской империи была частично восстановлена лишь к концу августа 1917 года.
Новый этап в работе органов военной контрразведки начался после октябрьского переворота с постановления Бюро ЦК РКП (б) от 19 декабря 1918 года. Этим постановлением фронтовые и армейские ЧК были объединены с органами военного контроля, и на их основе образован новый орган — Особый отдел ВЧК при СНК РСФСР, основной задачей которого стало обеспечение безопасности в Рабоче-Крестьянской Красной Армии. Большевиками была создана эффективная централизованная система органов безопасности в войсках, включающая особые отделы фронтов, военных округов, флотов, армий, флотилий и особые отделы при губернских ЧК.
В 1920 году на заседании Оргбюро ЦК РКП (б) было принято обращение к коммунистам, работающим в армии, обязывающее их быть осведомителями особых отделов, а также требующее «распространить» это партийное поручение и «на коммунистов, работающих по транспорту». С 1920 года ЦК РКП (б) систематически направлял на места циркуляры, которыми «вменял в обязанность всем комиссарам и коммунистам, работающим в армии, быть постоянными осведомителями Особых отделов»{206}. После образования ГПУ СССР осведомительная сеть в армии была реорганизована. В особых отделах вводилось три категории осведомителей. Первая группа формировалась из числа военнослужащих коммунистов, находившихся на связи у военкома. Выполняя требование «сделать всех коммунистов армии в большей или меньшей мере нашими сотрудниками», в обязанности военкома вменили сбор и передачу в особые отделы сводок о политическом и экономическом состоянии части, боеспособности и настроениях военнослужащих. Во вторую группу вербовались беспартийные красноармейцы, служащие и специалисты. Руководство ими осуществлял уполномоченный особого отдела. Эту категорию осведомителей перепроверяли через осведомителей-коммунистов. Третья группа осведомителей набиралась из специалистов, занимающих ответственные должности в военных организациях и крупных армейских штабах. В 1925 году II Всесоюзный съезд особых отделов ОГПУ СССР перестроил структуру агентурного аппарата, который разделили на две группы: осведомителей и агентов. Осведомители в свою очередь делились натри категории. Первая категория изучала настроение красноармейской массы, вторая — отслеживала работу учреждений Красной Армии и их личного состава. К третьей категории относились высококвалифицированные осведомители — эксперты в наиболее важных отделах и штабах Красной Армии. Агентов, так называлась другая категория секретных сотрудников, привлекали к участию в конкретных важных операциях армейской контрразведки{207}.
В 1934—1938 годах военная контрразведка как Особый, затем 5-й, отдел входит в состав Главного управления государственной безопасности (ГУГБ) НКВД СССР. В марте 1938 года с упразднением ГУТБ, на базе 5-го отдела создается 2-е Управление (особых отделов) НКВД СССР, а в сентябре 1938 года Особый отдел воссоздается как 4-й отдел ГУТБ. В его подчинении находились особые отделы в армии, военно-морском флоте и войсках НКВД.
В 1937—1938 годах особые отделы вместе с территориальными органами НКВД внесли свою лепту в организацию репрессий в Рабоче-Крестьянской Красной армии (РККА).
В июне 1937 года состоялся суд над группой высших офицеров РККА, включая Михаила Тухачевского по делу так называемой Антисоветской троцкистской военной организации. Обвиняемым вменялось планирование военного переворота на 15 мая 1937 года. Этот процесс стал сигналом к развертыванию истребительного похода против военных кадров. Уже через девять дней после расстрела подсудимых было арестовано 980 командиров и политработников{208}.
21 июня 1937 года был подписан секретный приказ Ворошилова и Ежова, призывавший всех военнослужащих, «замешанных в деятельности контрреволюционных фашистских и вредительских организаций или знавших об их существовании», явиться с повинной, за что была обещана амнистия. Тот факт, что никто не принес повинную, разжег ярость Сталина, потребовавшего усиления репрессий в армии. Летом 1937 года Ежов на совещании в НКВД сообщил, что Сталин считает, что: «военно-фашистский заговор должен иметь ряд ответвлений»{209}.
Значительная часть арестов высших военачальников производилась по непосредственным указаниям Сталина. Так, ознакомившись в августе 1937 года с протоколом допроса заместителя начальника разведуправления РККА Александровского, Сталин отослал его Ежову, сделав пометки «взять», «арестовать» против 30 фамилий, названных подследственным{210}.