Затихшая было борьба между сторонниками и противниками Гогенштауфенов после отъезда Ричарда (1241 г.) вспыхнула с новой силой. Особо напряженный характер она приняла в связи с участием в ней госпитальеров и тамплиеров, контролировавших почти половину королевства. Тамплиеры, недовольные договором с Египтом, ущемлявшим их права, предприняли ряд военных акций против иоаннитов — основных вдохновителей соглашения.
Египетский султан ас-Салих трезво оценил обстановку в стане крестоносцев и в июле 1244 г. во главе десятитысячной хорезмийской конницы ворвался в Иерусалим. Местный гарнизон, засевший в крепости и получивший подкрепление от госпитальеров и иоаннитов, безуспешно пытался оказать сопротивление, и 23 августа 1244 г. Иерусалим был потерян для европейских захватчиков вплоть до XX в., когда там ненадолго обосновались англичане.
Но настоящая трагедия для крестоносцев была еще впереди. 17 октября 1244 г. объединенное войско Иерусалимского королевства и Дамаска, самое сильное со времен третьего крестового похода, потерпело при Харбийахе сокрушительное поражение от египтян, возглавляемых молодым способным военачальником Рукн ад-Дином Бейбарсом, которому еще суждено будет вписать немало печальных страниц в историю разгрома крестоносцев на Востоке. Из 6—7 тыс. христиан, принявших участие в битве, в живых осталось меньше сотни: 33 тамплиера, 27 госпитальеров и 3 тевтонца. 800 человек попали в плен, и среди них — великий магистр ордена иоаннитов Гийом де Шатонёф (1243—1258).
Масштабы катастрофы при Харбийахе можно сравнить лишь с той, которая постигла Иерусалимское королевство при Хиттине. Но по ряду внутренних причин ас-Салих не сумел развить операцию столь же стремительно, как в свое время Салах ад-Дин, и франки получили необходимую передышку. Однако и она их не спасла — в 1247 г. египтяне захватывают часть Галилеи и г. Аскалон, защиту которого взяли на себя госпитальеры.
Все эти политические и военные невзгоды на далеком Востоке оставили Европу равнодушной. Только Рим по-прежнему не замечал перемен и призывал рыцарей к участию в новом сомнительном предприятии. Седьмой крестовый поход (1248—1254) под началом французского короля Людовика IX Святого ничего в расстановке сил в Палестине и Сирии не изменил: в руках у крестоносцев остались лишь жалкие осколки от некогда довольно обширного Иерусалимского королевства.
В то время как Египет накапливал силы, в Акре, которую европейцы пока еще удерживали, развернулась настоящая гражданская война. Она была вызвана давней борьбой за преобладание на море и на Востоке между двумя растущими торговыми державами Средиземноморья — Венецией и Генуей. Обосновавшиеся в городах крестоносцев общины генуэзских и венецианских купцов находились в состоянии постоянной вражды, зачастую какая-нибудь незначительная причина могла привести к конфликтам и даже вооруженным столкновениям.
Вот и в этом случае роль детонатора сыграл спор из-за того, кому обладать имуществом монастыря св. Сабаса. Постепенно словесные баталии переросли в кровавые побоища на улицах Акры, в которые оказались втянуты все жители города. Вмешались в борьбу и ордены: госпитальеры, как и во многих схватках ранее, поддержали генуэзцев, а тамплиеры — венецианских купцов.
Акра тех дней — важный и оживленный торговый центр, резиденция орденов госпитальеров и тамплиеров, владевших здесь целыми кварталами, своего рода столица франкских владений на Востоке, куда сотнями продолжали прибывать пилигримы, искатели приключений, а то и просто преступники, стремившиеся избежать наказания. И вся эта масса людей с 1256 г. была вовлечена на протяжении нескольких лет в жаркие схватки друг с другом, доходившие до применения стенобитных машин. Всего в ходе стычек погибло 20 тыс. человек.
В 1258 г. удалось достичь шаткого мира. Генуэзцы, потерпевшие поражение в борьбе с венецианцами, переселились в Тир, но война на море между Венецией и Генуей продолжалась еще не один десяток лет (до 1379 г.), а вместе с ней — и вражда между духовно-рыцарскими орденами.
Все эти события вкупе с военными неудачами значительно ослабили позиции крестоносцев; желающих покинуть Европу ради «спасения Гроба Господня» оставалось все меньше. Единственные, кто не испытывал недостатка в новобранцах, были ордены, ставшие прибежищем для младших отпрысков знатных семейств, которым приходилось самим пробивать себе дорогу в жизни. К ним-то и перешла полностью функция защиты земель, оставшихся от Иерусалимского королевства. Именно они приняли на себя последние удары Египта, покончившие с мечтой о господстве европейских феодалов в Святой земле.
За четыре военных кампании, первая из которых состоялась в 1265 г., а последняя в 1271 г., Бейбарс, ставший к тому времени султаном, свел владения франкских баронов до нескольких укрепленных пунктов вдоль побережья Средиземного моря. В 1268 г. он захватил Антиохию, а затем, в 1271 г., убедившись, что восьмой крестовый поход, организованный Людовиком IX, направился в Тунис и Египту ничем не угрожает, Бейбарс разгромил крепость рыцарей-тевтонцев Монфор и цитадель иоаннитов Крак де Шевалье, считавшуюся самой важной и мощной в Сирии.
Несмотря на нависшую над ними грозную опасность, владетельные сеньоры так и не смогли найти общий язык и выдвинуть из своей среды одного сильного лидера. Чехарда правителей, последовавшая в 70-е годы XIII в., никак не способствовала укреплению их положения, а продолжавшиеся конфликты между орденами, между торговыми общинами и самими баронами обостряли внутренние неурядицы.
В 1285 г. после месячной осады пал последний бастион госпитальеров крепость Маргаб. В знак уважения к мужеству ее защитников новый египетский султан Калаун позволил рыцарям покинуть замок верхом, в доспехах и с оружием, а укрывавшемуся в нем населению сохранил жизнь. За Маргабом последовали Латакия (1287 г.), сдавшаяся без сопротивления, Триполи (1289 г.), на защиту которого были стянуты отряды госпитальеров и храмовников, Ботрон и Нефин. Тучи сгущались над последним оплотом крестоносцев — городом Акра.
В начале апреля 1291 г. сын Калауна аль-Ашраф Халил сосредоточил под стенами города огромную армию. По свидетельству современников, в ней насчитывалось 60 тыс. всадников, 160 тыс. пехотинцев и около 100 тяжелых стенобитных машин. Вполне вероятно, что эти данные несколько преувеличены, однако не вызывает сомнения тот факт, что силы египтян во много раз превосходили число оборонявшихся.
Попав в отчаянное положение, феодальная верхушка бросилась за помощью к Европе, но, уставшие от бесплодных попыток завоевать и удержать «землю обетованную» и погрязшие в своих конфликтах, европейские державы весьма вяло откликнулись на эти горячие просьбы. Лишь из Англии и с Кипра прибыли небольшие контингенты рыцарей, да орденам удалось собрать под свои знамена всех боеспособных их членов из европейских командорств. Больше охотников воевать за иллюзорные цели не нашлось.
Осада Акры началась 6 апреля, а 18 мая город сдался на милость победителя. Основную роль в обороне города сыграли тамплиеры и госпитальеры, стеной стоявшие за жизненно важный рубеж франкского государства, но личного мужества защитников было недостаточно, чтобы спасти их от разгрома. Египтяне, захватив город, почти поголовно истребили его жителей, а саму крепость сровняли с землей. Спастись удалось лишь избранным, и среди них — великому магистру ордена иоаннитов Жану де Вилье (1285—1293).
С падением Акры Второе Иерусалимское королевство навсегда исчезло с карты истории. Эпоха крестовых походов, принесших неисчислимые бедствия европейским народам и приведших к разорению и упадку стран Восточного Средиземноморья, подошла к концу. Казалось бы, «историческая» миссия рыцарей-монахов также исчерпала себя. Однако орден госпитальеров твердо решил выжить и, сплотив ряды, двинуться опять на завоевание Востока.