Отрицательное влияние на развитие книжной торговли в первой половине 1990–х годов оказывало снижение реальных доходов населения, бюджетного финансирования библиотек. В этой ситуации особенно актуальной стала проблема установления цен на книжную продукцию.
В советский период неоправданно низкие цены на книжную продукцию были одной из основных причин накопления невостребованных книг в личных и общественных библиотеках, существования "черного" рынка, где цены назначались в соответствии со спросом и были в несколько раз выше.
В 1987 г. Госкомиздат СССР утвердил дополнительный прейскурант, где впервые предусматривалась возможность для издательств назначать цену исходя не только из себестоимости книги, но и с учетом спроса. В 1989 г. было разрешено применять договорные цены на букинистические книги, а негосударственная торговля уже использовала свободное ценообразование, ориентированное на спрос.
В 1991 г. наряду с негосударственными издательствами было разрешено использоватьсвободные цены и государственным издательствам. В этом же году произошел отказ от "твердых" цен (когда одно и то же издание продается по одинаковой цене по всей стране), которые указывались на книгах. Центральные оптовые фирмы, получая на все издания стандартную торговую скидку (25 процентов от розничной цены), дифференцировали ее по региональным книготорговым организациям в зависимости от их отдаленности от центра (то есть от транспортных расходов на доставку книг). Так, например, московская книжная торговля получала самую маленькую скидку — 12 процентов, Урал — от 20 до 25 процентов, Дальний Восток — до 70 процентов. Таким образом, система торговых скидок обеспечивала финансовую поддержку книготорговой сети отдаленных регионов, работающих с большими издержками обращения.
Особенностью книжной торговли является то, что она нуждается в хорошо развитом оптовом звене. Это связано с широким ассортиментом книжной продукции, а также с тем, что основная масса издательств и полиграфических предприятий расположена в центральном регионе страны. В 1990 г. централизованные поставки книжной продукции с оптовых баз "Союзкниги" и "Роскниги" обеспечивали 87 процентов товарооборота розничной книжной торговли. Мощная система оптовых баз обеспечивала закупку основной массы тиражей книжной продукции и их поставку книготорговым предприятиям по всей стране. Однако в начале 1990–х годов единая ранее система оптовых книжных баз, в которую входили структуры разного уровня (всесоюзные, республиканские, областные), распалась на самостоятельные предприятия, основная масса которых пострадала от экономических и организационных трудностей, связанных с неплатежеспособностью получателей, отказом от системы твердых цен, сбора предварительных заказов и т. д.
Перспективой развития оптовой книжной торговли в нашей стране является образование мощных концернов. В этом направлении идет процесс создания крупных оптовых предприятий при ведущих издательствах, однако этот процесс еще не начал оказывать определяющего влияния на положение оптовой книжной торговли. Неудовлетворительное состояние оптового звена является одной из основных причин того, что до 50 процентов всех книг государственных издательств и до 70 процентов негосударственных продаются в центральном регионе. Такая концентрация способствовала насыщению и усилению конкуренции на книжном рынке центрального района и снижению книгообеспеченности регионов.
Резкое сокращение ассортимента книг в книжных магазинах произошло не только в результате сокращения выпуска книжной продукции, но и вследствие нарушения традиционных путей товародвижения. Книготорговая сеть работает с ограниченным кругом издательств. Большая часть изданий попадает в розничную торговую сеть, минуя оптовое звено. Некоторые издательства продают свою продукцию преимущественно близлежащим книготорговым предприятиям. Крупные издательства создают свои книготорговые предприятия, мелкие стремятся создать объединенные предприятия. Одна из прогрессивных тенденций — объединение усилий издающих и книготоргующих предприятий для решения общих задач.
В книжные магазины, работающие на периферии, большая часть книжной продукции попадает, пройдя через несколько посреднических организаций. Каждое звено товародвижения несет свои собственные затраты и увеличивает цену книжной продукции. Таким образом, конечная розничная цена книг в разных регионах или даже в одном и том же регионе отличается в несколько раз, в зависимости от того, через сколько и через какие посреднические организации прошли книжные товары.
В начале 1990–х годов в книжной торговле широкое распространение получили книжные лотки, которые предлагали издания повышенного спроса в многолюдных местах, причем по достаточно высоким ценам. Именно лоточная книжная торговля, возникшая как сфера частного предпринимательства, первой перешла на свободные цены
К середине 1990–х годов в России насчитывалось свыше семи тысяч книготорговых предприятий различных форм собственности. Сохранилась в том или ином виде региональная система книготоргов. Более 40 процентов книготорговых звеньев являлись государственными предприятиями, около трети — акционерными обществами, остальные — товарищества с ограниченной ответственностью. По организационному составу бывшие книготорги разнообразны: книготорговая база, библиотечный коллектор и книжные магазины; книготорговая база и книжные магазины; книготорговая база и библиотечный коллектор; книготорговая база.
К началу 1992 г. около 60 процентов книжных магазинов вышли из состава книготоргов. Получив экономическую и юридическую самостоятельность, книжные магазины столкнулись с проблемами, связанными с ликвидацией централизованного товароснабжения, кредитования, управления, представления интересов в органах власти. На начальном этапе существования приватизированных книжных магазинов их экономическое положение оказалось значительно хуже новых книготорговых структур, поэтому показатели книготорговой деятельности в 1992–1993 гг. резко снизились. В целях улучшения экономических результатов работы широкое развитие получило открытие в книжных магазинах отделов, реализующих более экономически выгодные промышленные товары. Вновь созданные частные книготорговые структуры сразу начали действовать в соответствии с новыми законодательными актами по либерализации экономических отношений, поэтому имели в начале своей деятельности ряд преимуществ.
С 1994 г. положение книжных магазинов стало стабилизироваться. Однако доля книжного ассортиментаостается по–прежнему незначительной. Так, если в 1980–е годы товарное предложение в специализированных магазинах научно–технической книги Москвы и Ленинграда доходило до 8 тысяч названий, то в середине 1990–х годов — сократилось до двух тысяч.
Резко увеличилось число поставщиков, с которыми работают сотрудники книжных магазинов, что значительно усложнило коммерческие связи, финансовые расчеты.
В новых условиях легче адаптировались в первую очередь крупные розничные предприятия, которые могли напрямую работать с издательствами, имели более широкие финансовые возможности, что обеспечивало им разнообразный ассортимент товарных запасов, низкие расходы. Стабильно работают муниципальные книжные магазины, которым местные власти предоставили на первых этапах льготные ставки арендной платы. Основная задача муниципальных книжных магазинов — выполнение городского (областного) заказа по реализации школьных учебников и отдельных видов социально значимых изданий.
Перспективным направлением развития книжных магазинов являлось создание издательствами книжных магазинов–клубов, ориентированных на группы покупателей с определенными интересами (издательство "Терра" — любителей классики, исторической литературы, "Стожары" — любителей фантастики). Новым было открытие в книжных магазинах специализированных отделов книг конкретных издательств. Это способствовало выявлению спроса покупателей, обеспечивает доведение книг до покупателей по максимально низким ценам.