Японцы не знали точно места главного удара американских сил и разработали несколько частных планов: «Сё-1» — оборона Филиппин, «Сё-2» — Тайваня, «Сё-3» — островов Кюсю, Сикоку, Хонсю и «Сё-4» — оборону Хоккайдо. Ради выполнения этих планов японское командование было готово пожертвовать даже всем флотом Адмирал Тоёда впоследствии заявил: «Поскольку без участия нашего Объединенного флота у сухопутных сил на Филиппинах не было вообще никаких шансов на отражение американских сил, решено было пойти на риск и послать весь флот. Если бы дела пошли хорошо, мы могли бы добиться неожиданно хороших результатов, но если бы случилось худшее, мы рисковали потерять весь свой флот… Если бы мы проиграли Филиппинскую операцию, а флот остался целым, морские пути были бы полностью отрезаны и флот… был бы лишен возможности получить необходимое ему топливо… Не было никакого смысла спасать флот за счет потери Филиппинских островов».
К моменту начала Филиппинской операции японский флот значительно уступал американскому и численно и качественно (особенно в авианосных кораблях) и не мог рассчитывать на благоприятный исход морского сражения. Единственно, что ему оставалось, это «израсходовать себя в самоубийственной атаке» и окупить свою гибель по возможности более высокой ценой. Это положение легло в основу плана «Сё-1» — японцы считали Филиппины наиболее вероятным местом высадки десанта и сосредоточили свои усилия на их обороне. Для этого они привлекли к операции все основные силы флота.
Японский флот состоял из ряда соединений, каждое из которых имело свою задачу. Первое ударное соединение под командованием вице–адмирала Курита считалось главным и предназначалось для решающего удара по американским десантным силам. Не имея в достаточном количестве палубных самолетов, а главное, подготовленных летчиков, японское командование надеялось мощными артиллерийскими кораблями решить эту задачу. Первое ударное соединение разделялось на Северное — под командованием непосредственно вице–адмирала Курита и Южное — под командованием вице–адмирала Нисимура. Северное соединение включало линкоры «Ямато», «Мусаси» и «Нагато», шесть тяжелых крейсеров, легкий крейсер и девять эсминцев (соединение «А»), а также линкоры «Конго», «Харуна», четыре тяжелых крейсера, легкий крейсер и шесть эсминцев (соединение «В»). Южное соединение включало линкоры «Фусо» и «Ямасиро», тяжелый крейсер «Могами» и четыре эсминца. Это соединение в ходе операции должно быть усилено двумя тяжелыми и одним легким крейсерами и семью эсминцами. Этим соединением командовал вице–адмирал Сима. К операции было привлечено также и Охранное соединение южного района — тяжелый крейсер «Аоба», легкий крейсер и пять эсминцев.
Ударное авианосное соединение под командованием вицеадмирала Озава имело специальное задание. Оно должно было отвлечь на себя основные авианосные и линейные силы американцев и заманить их как можно дальше на север с тем, чтобы максимально облегчить задачу соединению адмирала Курита. Впоследствии адмирал Озава так определил свою задачу в этом сражении: «Мы должны были быть потопленными…» Это соединение включало тяжелый авианосец «Дзуйкаку», три легких авианосца — «Дзуйхо», «Читосэ» и «Чиода», два линкора–авианосца, «Исэ» и «Хьюга», три легких крейсера, восемь эсминцев и корабли снабжения. На всех авианосцах было немногим более ста самолетов. Линкоры- авианосцы их вообще не имели. Квалификация японских летчиков не позволяла производить взлет–посадку с коротких палуб этих кораблей. (В истории Второй мировой войны нигде больше не было кораблей подобной конструкции. После поражения у Мидуэя японское командование приняло решение переоборудовать эти два корабля. На них оставили четыре башни, а на месте двух кормовых расположили полетную палубу. Эксперимент вышел неудачным, и корабли в качестве авианесущих так и не были использованы.)
Американский флот, предназначенный для обеспечения десантной операции на Филиппины, значительно превосходил силы японцев. 3–й американский флот под командованием адмирала Хэлси включал Оперативное соединение 38 (ОС-38) под командованием вице–адмирала Митшера и Оперативное соединение 77 (ОС-77) под командованием вице–адмирала Кинкейда. Каждое из этих соединений подразделялось на несколько оперативных групп. ОС-38 включало четыре группы кораблей.
1–я оперативная группа (командующий контр–адмирал Маккейн) включала тяжелые авианосцы «Уосп», «Хорнет» и «Хэнкок», легкие авианосцы «Монтерей» и «Каупенс», четыре тяжелых и два легких крейсера и четырнадцать эсминцев. 2–я оперативная группа (командующий контр–адмирал Боган) состояла из авианосцев «Интрепид» (тяжелый), «Кэбот» и «Индепендс» (легкие), линкоров «Айова» и «Нью–Джерси», трех легких крейсеров и шестнадцати эсминцев. 3–я оперативная группа (командующий контр–адмирал Шерман) состояла из тяжелых авианосцев «Лексингтон» и «Эссекс», легких — «Принстон» и «Лэнгли», двух линкоров — «Массачусетс» и «Саут Дакота», четырех легких крейсеров и тринадцати эсминцев. 4–я оперативная группа (командующий контр–адмирал Дэвисон) состояла из тяжелых авианосцев «Энтерпрайз» и «Франклин», легких — «Сан–Хасинто» и «Бело Вуд», линкоров «Вашингтон» и «Алабама», двух тяжелых крейсеров и пятнадцати эсминцев.
В задачу всей этой армады входило прикрывать десантные силы от возможной атаки японских артиллерийских и авианосных кораблей.
ОС-77 включало корабли артиллерийской поддержки десанта в составе шести старых линкоров, большинство из которых стали первыми целями и жертвами нападения японских самолетов на Пёрл–Харбор. Теперь им представился шанс сквитаться за прошлое поражение, и они, как будет видно из дальнейшего, его не упустили. Это были: бывший флагман Тихоокеанского флота «Пенсильвания», «Калифорния», «Теннеси», «Миссисипи», «Мэриленд» и «Вест Вирджиния», четыре тяжелых и четыре легких крейсера и двадцать эсминцев.
Авиационное прикрытие и поддержку десанта обеспечивали три соединения эскортных авианосцев из восемнадцати кораблей. Их прикрывали девять эсминцев и четырнадцать эскортных миноносцев.
Еще большим было превосходство американцев в авиации. Японцы располагали всего 116 самолетами палубной авиации и 600 самолетами берегового базирования, при этом часть их была неисправна. Эскортные авианосцы несли на своих палубах 540 самолетов, а ОС-38 располагало 1280 самолетами.
Таким образом, по числу задействованных в операции и участвовавших в боях кораблей и самолетов с обеих сторон это было самое масштабное (с учетом и размеров территории, охваченной этой операцией) сражение на море во Второй мировой войне.
Японский флот вышел из баз 20 октября и разными путями направился к месту высадки американского десанта — острову Самар и заливу Лейте. С самого начала операции японцев преследовали неудачи. Первой из них стала гибель двух тяжелых крейсеров, потопленных подводными лодками. Это начало операции напомнило предыдущее сражение в Филиппинском море, когда американские подводные лодки потопили два японских авианосца, в том числе флагманский «Тайхо». Ситуация, которая сложилась на этот раз, разительно напоминала прошлую, только на этот раз целью были не авианосцы, а тяжелые крейсера из соединения адмирала Курита. Ночью 21 октября подводные лодки «Дейс» и «Дартер» обнаружили японское соединение из 11 тяжелых кораблей, идущее двумя колоннами.
«Дартер» взял на себя западную колонну, а «Дейс» — восточную (лодки располагались на расстоянии голосовой связи). Обе лодки находились впереди японского соединения, что позволило им занять удобные позиции для атаки. В начале седьмого часа утра «Дартер» оказался в выгодной позиции и произвел шеститорпедный залп из носовых аппаратов по головному кораблю, затем развернулся и выпустил еще четыре торпеды по второму в колонне. В результате первого залпа флагманский тяжелый крейсер «Атаго» получил четыре торпеды и затонул через 20 минут. Адмирала Курита выловили из воды, и он перенес свой флаг на линкор «Ямато». Прямо скажем, не самое лучшее начало для грядущего сражения. Второй крейсер, «Такао», также получил попадания двух торпед, но остался на плаву и сумел дойти до Сингапура (позже он был потоплен там же английской сверхмалой подводной лодкой). Через 20 минут после атаки «Дартера» «Дейс» выпустил шесть торпед по второму в колонне тяжелому крейсеру, принимая его за линкор типа «Конго». Через две минуты японский корабль, тяжелый крейсер «Мая», получил четыре торпеды и пошел ко дну быстрее чем за пять минут. Несмотря на столь неудачное начало, операция продолжалась.